Bau und Eröffnung

Der Kanton Thurgau wollte die Konzession auf seinem Hoheitsgebiet anfänglich verweigern, da der Streckenverlauf den Thurgau nicht begünstigt hätte. So stand in einem Bericht: «Die Anstände mit Thurgau, welche die Collaudation der Strecke zwischen Rickenbach und Aadorf ohne hinreichende Gründe hinauszögern, sind wesentlich Schuld, dass die Probefahrten auf der St.Galler-Appenzeller-Bahn zwischen Winterthur und Wyl erst nach beiläufig 10 Tagen beginnen können.» Deutlich wird es am 27. September 1855: « … traf die Lokomotive St. Gallen in Wyl ein und wurde mit Böllerschüssen begrüßt. Dieselbe ist von neuester, sehr schöner Konstruktion und wesentlich verschieden von denjenigen der Nordostbahn.» Die Schweizerische Nordostbahn betrieb die durch den Thurgau verlaufende Konkurrenzstrecke Winterthur–Frauenfeld–Romanshorn.

Der Abschnitt Winterthur–Wil–Thur­brücke Schwarzenbach wurde unter der Leitung von Julius Herz erbaut. Das Teilstück Winterthur–Wil wurde am 14. Oktober 1855 eröffnet. Die Fahrzeit betrug damals 40 Minuten.

Der Streckenverlauf zwischen Wil und Flawil wurde heftig diskutiert. Die SGAE beantragte die Konzession für den leicht trassierbaren Streckenverlauf von Schwarzenbach aus südlich des Uzwiler Hausbergs Vogelsberg über den Bettenauer Weiher und Oberuzwil nach Flawil. Mit Blick auf die Industrie wurde ein Streckenverlauf nördlich des Vogelsbergs bevorzugt, damit Uzwil einen Bahnhof erhalten konnte. So musste eine enge S-Kurve am Rande des Vogelsberges, wo der spätere Bahnhof Uzwil zu liegen kam, angelegt werden. Das hatte zur Folge, dass diese S-Kurve heute einer der langsamsten Abschnitte der ganzen Strecke sowie die engste Kurve des Hochgeschwindigkeitsverkehrs in der Schweiz ist. Am 25. Dezember 1855 wurde der Streckenabschnitt Wil–Flawil eingeweiht.

Vom 14. Januar 1854 bis zum 10. Februar 1856 erfolgte der Bau der Stahlfachwerkbrücke über die Glatt bei Burgau zwischen Flawil und Gossau SG. Am 15. Februar 1856 wurden Gossau und Winkeln erreicht. Am 24. März 1856 schliesslich konnte die Strecke bis in die Stadt St. Gallen erweitert werden. Dazu wurde die von Karl Etzel entworfene eiserne Gitterbrücke über die Sitter gebaut, das erste Sitterviadukt.

Weitere Entwicklung

Am 31. Dezember 1879 entgleiste in Vonwil bei St. Gallen ein aus Winterthur kommender Zug. Die beiden Lokomotiven kamen links und rechts des Bahngleises zu liegen, die Wagen schoben sich ineinander. Das Unglück forderte zwei Todesopfer und mehrere, teils schwer Verletzte.

Die Strecke wurde bei der Verstaatlichung der Eisenbahnen am 1. Juli 1902 ein Bestandteil der Schweizerischen Bundesbahnen. Ab 1903 bauten die SBB die Strecke etappenweise auf Doppelspur aus und elektrifizierten sie im Jahr 1927 mit 15'000 Volt 16 ⅔ Hz. Zur gleichen Zeit wurde die Haltestelle Algetshausen-Henau eingeweiht und in Uzwil die Werkbahn der Gebrüder Bühler dem Betrieb übergeben. Im Zuge des Doppelspurausbaus erfolgte 1924/1925 der Neubau des Sitterviadukts und der Glattbrücke bei Burgau. Die Steinbogenbrücke über die Glatt mit einer Gesamthöhe von 30 Metern und einer Länge von 102 Metern wurde 1997 durch einen abermaligen Neubau ersetzt. Dank eines neu unten angehängten Steges für Velos und Fussgänger wurde der Weg von Gossau nach Flawil ebenerdig, und der Umweg über den 1988 von der Felddivision 7 errichteten Militärsteg entfiel.

Im Dezember 2006 wurde als Teil der dritten Ausbauetappe der S-Bahn Zürich die Haltestelle Winterthur Hegi eröffnet. 2013 wurden die Haltestelle Algetshausen-Henau und der Bahnhof Schwarzenbach SG geschlossen.