Anfänge

Der Verein wurde am 1. März 1932 von bulgarischen Einwanderern gegründet. 1941 trat der Verein der Asociación Uruguaya de Fútbol (AUF) bei. In jenem Jahr erreichte man die Vize-Meisterschaft des Torneo Preparación Extra. Im Folgejahr gewann man ungeschlagen diese Meisterschaft. 1943 folgte der Sieg beim Torneo Preparación Intermedia und wurde – wiederum ungeschlagen – uruguayischer Meister der Intermedia. Auch entschied Danubio das Torneo Honor Intermedia zu seinen Gunsten.

Zugehörigkeit zum Profifußball und erste Meisterschaft

Seit 1944 der Segunda División angehörig, der zweithöchsten Spielklasse Uruguays, wurde der Klub 1946 Vizemeister des Torneo Preparación B. Zudem konnte man die Meisterschaft des Torneo Honor B gewinnen. Im Jahr darauf erreichte man jeweils die Meisterschaft im Torneo Preparación B und dem Torneo Honor B, wurde uruguayischer Zweitliga-Meister und stieg in die Primera División auf. Dort gelangte die Erfolgskurve von Danubio an ihren bis dato höchsten Punkt, als man 1954 den zweiten Platz der uruguayischen Meisterschaft belegte. Vier Jahre später wurde man 1958 Zweiter beim Torneo Competencia. Einem Abstieg folgte die erneute Meisterschaft in der Segunda División im Jahre 1960. Nachdem man abermals die höchste Spielklasse Uruguays verlassen musste, konnte man 1970 die abermalige Rückkehr in die Primera División mit der nun zum drittenmal gewonnenen Meisterschaft der Segunda División verbinden. Seither gehört der Verein ununterbrochen der höchsten uruguayischen Spielklasse an. Der Vizemeisterschaft des Jahres 1983 schloss sich 1988 der bis dato größte Erfolg der Vereinsgeschichte an, als die Mannschaft Danubios nach dem gewonnenen Torneo Competencia erstmals auch die uruguayische Meisterschaft zu ihren Gunsten entschied. Zur Jahrtausendwende begann eine äußerst erfolgreiche Phase für die Montevideaner. 2001 verbuchte man erstmals die Apertura-Meisterschaft und schon im Folgejahr legte man mit dem Gewinn des Rückrundentitels nach.

Meisterschaft 2004

2004 wurde man zum zweitenmal Uruguayischer Meister. In jenem Jahr sicherte man sich auch die Trophäen des zuvor ausgespielten Torneo Clasificatorio, ohne dabei auch nur eine einzige Niederlage zu kassieren, und ebenfalls diejenige der Clausura.

Die Meistermannschaft des Jahres 2004 bestand aus den folgenden Spielern:
Erste Elf: Luis Barbat, Luciano „Cafú“ Barbosa, Jádson Viera, Guillermo Rodríguez, Bruno Silva, Omar Pouso (Kapitän), Walter Gargano, Pablo Lima, Ignacio González, Ignacio Risso und Juan M. Salgueiro
Auswechselspieler: Diego Rariz, Jorge Anchén, Jorge Artigas, Diego Perrone und Juan M. Ortiz
Sonstige Ersatzspieler: Sandro Franco, Damián Malrechauffe, Damián Álvarez, Rubén da Silva und Gonzalo Gutiérrez
Trainergespann: Gerardo Pelusso (Trainer); Ruben Salnitro (Preparador fisico); Co-Trainer: Carlos Vázquez und Mario Viera

Jadson Viera war dabei der einzige Spieler, der alle 39 Partien bestritt.

Meisterschaft 2006/07

Nachdem sich der Meistertrainer Pelusso mit seinem Trainerteam zum Jahresende 2005 aus Montevideo verabschiedete, verpflichtete Danubio Gustavo Matosas als neuen Coach, dem anfangs der später zur Nationalmannschaft abgewanderte José Óscar Herrera (preparador físico) zur Seite stand. Der im anschließenden Torneo Clausura erreichte dritte Platz führte in der Saisongesamttabelle ebenfalls, allerdings lediglich aufgrund der schlechteren Tordifferenz, zum dritten Tabellenplatz. Die Saison 2006/07 bildete dann den bisherigen Höhepunkt, als man unter der Ägide von Matosas dem Apertura- auch den Clausura-Titel folgen ließ und letztlich Landesmeistertitel Nummer drei sicherstellte. Dies sollte der vorerst letzte Triumph Danubios bleiben.

Die siegreiche Mannschaft des Torneo Apertura 2006 bestand aus:
Esteban Conde, Damián Malrechauffe, Jadson Viera, Sergio Rodríguez, Leonardo Abelenda, Walter Gargano, Carlos Grossmüller, Jorge García, Ignacio González, Edinson Cavani, Juan Manuel Salgueiro, Pablo Lima, Raúl Ferro, Hámilton Ricard, Pablo Iglesias, Ribair Rodríguez, Damián Santín, Gary Kagelmacher, Jorge Anchén, Marcos Tora, Cristiano Gomes, Daley Mena, Diego Martiñones und Miguel Ximénez.
Das Trainerteam komplettierte nun: Esteban Gesto als preparador físico und die Co-Trainer Jorge Giordano und Luis Matosas. Absolute Stammspieler der Hinrunde waren Torhüter Conde sowie Viera, Grosmüller, Cavani und Salgueiro, die allesamt keine Partie verpassten. Als Rekordtorschütze der Apertura zeichnete „Nacho“ González mit zehn Treffern verantwortlich.

Zur Sommerpause verließen dann zwar die Spieler Anchén, Luciano Barbosa, Ximénez, Cavani und Salgueiro den Club, allerdings wurden im Gegenzug Torwart Martín Góngora sowie die beiden kolumbianischen Stürmer Jeffrey Díaz und Eudalio Arriaga verpflichtet. In der Rückrunde, in der sich Hamilton Ricard als erfolgreichster Torjäger des Clubs (acht Treffer) hervortat, wiesen wieder Conde und Viera die meiste Spielzeit aller Akteure auf. Torhüter Conde sollte auch der einzige Spieler sein, der in allen Saisonbegegnungen zum Einsatz kam. Ignacio González erzielte über den gesamten Saisonverlauf gesehen mit 13 Treffern das Maximum.

Dem Meisterkader gehörten somit folgende Spieler an:
Esteban Conde, Jadson Viera, Sergio Rodríguez, Marcelo González, Pablo Lima, Walter Gargano, Carlos Grossmüller, Jorge García, Ignacio González, Hamilton Ricard, Eudalio Arriaga, Damián Malrechauffe, Raúl Ferro, Jeffrey Díaz, Marcos Tora, Diego Martiñones, Daley Mena, Marcel Román, Martín Góngora, Damián Santín, Alvaro Noble, Willians Peralta, Enzo Scorza, Nicolás Gentilio, Guillermo Reyes, Edinson Cavani, Gary Kagelmacher, Juan M. Salgueiro, Leonardo Abelenda, Ribair Rodríguez, Pablo Iglesias, Jorge Anchén und Miguel Ximénez

Insgesamt zählt der Verein, abgesehen von den beiden deutlich dominierenden Nacional und Peñarol, zu den erfolgreichsten Mannschaften seit Einführung des Profifußballs in Uruguay. In der Ewigen Tabelle der Primera División belegte man nach Abschluss der Spielzeit 2011/12 den fünften Rang. 2012/13 befand sich der Verein in einer sportlich schwierigen Lage, als man nach dem Ende des Torneo Apertura 2012 nur den letzten Tabellenplatz belegte. In der Clausura 2013 erkämpfte man jedoch einen fünften Rang, so dass man in der Jahresabschlusstabelle auf Position 11 klassierte.

Meisterschaft 2013/14

Auch in der Folgesaison setzte man die positive Entwicklung fort und gewann die Apertura 2013 mit einem Punkt Vorsprung vor River Plate Montevideo. In der Clausura 2014 wurde man Fünfter. Damit belegte Danubio in der Jahresgesamttabelle der Saison 2013/14 den 4. Platz. Als Apertura-Sieger qualifizierte man sich zudem für das Halbfinalspiel um die uruguayische Meisterschaft gegen den Clausura-Sieger Montevideo Wanderers, die bei einer Niederlage Danubios bereits ohne ein auszuspielendes Finale Meister gewesen wären.

Im sodann am 25. Mai 2014 ausgespielten Halbfinale gegen Danubio unterlagen die Wanderers mit 0:3. Damit kam es schließlich zu zwei die Meisterschaft 2013/14 entscheidenden Finalspielen. Nachdem das erste Finale am 3. Juni 2014 im Estadio Luis Franzini 0:0-Unentschieden endete, gewann Danubio das zweite, von vier Platzverweisen begleitete Finalspiel am 8. Juni 2014 im Gran Parque Central schließlich nach Elfmeterschießen, nachdem es 2:2 nach Verlängerung gestanden hatte. Somit wurde Danubio zum vierten Mal Uruguayischer Meister. Zum Held der Partie avancierte Torhüter Salvador Ichazo, der im Elfmeterschießen vier Elfmeter parierte.

Internationale Wettbewerbe

Bislang sechsmal qualifizierte sich Danubio auch für die Copa Libertadores und nahm an diesem internationalen Vereinswettbewerb teil. Der Premiere im Jahre 1978 unter Trainer Pedro Cubilla, bei der man in der Gruppenphase scheiterte, folgte ein zweiter Auftritt 1984. Auch bei dieser Gelegenheit gelangten die Spieler von Óscar Tabárez nicht in die nächste Runde. Den bislang erfolgreichsten internationalen Auftritt gestaltete Danubio im Rahmen der Copa Libertadores 1989. Bei dieser dritten Teilnahme stieß man bis ins Halbfinale vor. Atlético Nacional, der spätere Sieger der Copa, erwies sich dort jedoch als zu starker Gegner. Als Trainer zeichnete in jener Zeit Ildo E. Maneiro bei den Montevideanern verantwortlich. 2005 (Aus in der Gruppenphase), trainiert von Gerardo Pelusso, 2007 (gescheitert in der Qualifikationsrunde) unter Gustavo Matosas und 2008 (Aus in der Gruppenphase) mit Gustavo Dalto auf der Trainerbank, konnte man an den 1989er Erfolg nicht anknüpfen.