Administrator von Passau

Mit Unterstützung des Kaisers Maximilian I. gelang es 1514 den Brüdern Wilhelm und Ludwig, Ernst zum Koadjutor des Passauer Bischofs Wiguleus Fröschl von Marzoll durchzusetzen. Die päpstliche Bestätigung erfolgte am 28. Januar 1517.

Obwohl Ernst keine höheren Weihen empfangen hatte, wurde er nach dem Tod des Bischofs Fröschl 1517 zum Administrator des Fürstbistums Passau bestellt. Trotzdem gab er seine Ansprüche auf die Mitregentschaft im Herzogtum Bayern nicht auf. Seine Erbansprüche wurden von Erzherzog Ferdinand I. unterstützt. Schließlich gelang mit dem Linzer Vertrag von 1534 eine Einigung und Aussöhnung zwischen den Herrscherhäusern Habsburg und Wittelsbach. 1536 erfolgte der Erbverzicht durch Ernst. Daraufhin erhielt er eine Abfindung von 275.000 Gulden.

Als Passauer Administrator wandte sich Ernst gegen die Anhänger Luthers und gegen die Täufer. 1522 nahm er an der Provinzialsynode in Mühldorf und 1527 an der Salzburger Konferenz teil. 1524 schloss er sich dem Bund süddeutscher Bischöfe mit den Herzögen von Bayern und dem Erzherzog Ferdinand an, um das Wormser Edikt durchzusetzen. Auf Ernsts Veranlassung wurde 1527 der Reformator Leonhard Kaiser an die weltliche Gewalt ausgeliefert und in Schärding, damals Teil des Rentamts Burghausen, auf dem Scheiterhaufen verbrannt. 1530 war Ernst beim Augsburger Reichstag, 1532 beim Regensburger Reichstag anwesend.

Als Unternehmer beteiligte sich Ernst an böhmischen Bergwerken und am Handel mit Edelmetallen. Er führte Transaktionen nach Wien, Prag, Leipzig und Antwerpen durch und unterhielt enge Beziehungen zu den süddeutschen Handelsstädten.

Administrator von Salzburg

Entsprechend einer Vereinbarung von 1516 bemühten sich die Brüder Wilhelm und Ludwig, für Ernst die Regierungsübernahme des Erzbistums Salzburg sicherzustellen. Schon 1525 schlossen sie mit dem Salzburger Domkapitel einen Vertrag, wonach Ernst als Entschädigung für die bayerische Hilfe im Bauernkrieg Koadjutor des Salzburger Erzbischofs werden sollte. Obwohl Ernst vom Domkapitel am 27. September 1526 für dieses Amt vorgeschlagen wurde, verweigerte der Papst seine Zustimmung. Um eine neuerliche Koadjutorwahl zu ermöglichen, gab Ernst Anfang 1540 die Administration des Bistums Passau auf.

Nach dem Tod des Salzburger Bischofs Matthäus Lang von Wellenburg wurde Ernst vom Domkapitel am 21. April 1540 als Administrator von Salzburg gewählt. Mit der päpstlichen Bestätigung vom 21. Mai des Jahres wurde die Auflage verbunden, dass sich Ernst binnen zehn Jahren zum Priester weihen lassen oder andernfalls das Erzbistum wieder aufgeben müsse. Am 12. Oktober 1540 nahm er das Bistum in Besitz.

Auch in Salzburg zeigte Ernst gegenüber den protestantischen Strömungen im Land eine milde Haltung. Dabei mag das Verständnis für die geistigen und sozialen Ursachen der Reformation eine Rolle gespielt haben. Zu einer geistigen und geistlichen Erneuerung des Katholizismus trug er wenig bei, erkannte jedoch die gesellschaftliche und wirtschaftliche Entwicklung seiner Zeit. 1541 nahm er am Regensburger Reichstag teil, 1544 und 1553 hielt er Provinzialsynoden ab. Als guter Wirtschafter ordnete er die Landesfinanzen neu und führte Verwaltungsreformen durch.

Wie schon in Passau galt seine Vorliebe den wirtschaftlichen Unternehmungen. Er engagierte sich im alpinen Bergbau, im Vieh- und Getreidehandel sowie im Münzhandel.

Auch als designierter Erzbischof hatte Ernst die Annahme der höheren Weihen stets hinausgezögert. Noch in seinem Testament vom 25. September 1550 erklärte er, dass er niemals beabsichtigt habe, Priester zu werden. Wiederholt suchte er beim Papst um Dispens von den höheren Weihen an, die ihm jedoch 1554 endgültig verweigert wurde. Der Papst stellte ihn vor die Wahl, sich unverzüglich weihen zu lassen oder zurückzutreten. Ernst entschied sich am 16. Juli 1554 für den Rücktritt. Danach beschloss das Salzburger Domkapitel, dass fortan kein Angehöriger der bayerischen oder österreichischen Herrscherfamilie das fürsterzbischöfliche Amt mehr übernehmen dürfe. Nachfolger wurde Michael von Kuenburg.

Pfandherr der Grafschaft Glatz

Nachdem sich schon länger das Scheitern seiner geistlichen Karriere abzeichnete, erwarb Herzog Ernst von Johann von Pernstein 1549 die damals zu Böhmen gehörende Grafschaft Glatz. Mit ihr zusammen erwarb er die Herrschaft Hummel, die er am 10. Dezember 1549 an seinen Sohn Eustach verlieh. Dieser wurde 1550 vom Papst Julius III. als adliger Nachkomme Ernsts legitimiert. Bereits 1546 war Ernst von den böhmischen Landständen als Landsasse aufgenommen worden.

In Glatz, wo sich Ernst 1556 endgültig niederließ, nahm er seine ehemaligen wirtschaftlichen und unternehmerischen Aktivitäten nicht wieder auf. Ab 1556 erwarb er die Besitzungen Reichenau, Solnitz, Pottenstein und Lititz in Ostböhmen. Sie lagen an der südwestlichen Grenze zum Glatzer Land im Adlergebirge und gehörten zum altböhmischen Königgrätzer Kreis. Die Glatzer Verwaltung reformierte Ernst mit qualifizierten Beamten, die er aus Salzburg und Bayern mitgebracht hatte. 1557 wurde das Glatzer Schloss, auf dem er residierte, vom Hofarchitekten Lorenz Krischke im Renaissancestil umgebaut, das untere Schloss, das auch als „Niederschloss“ bezeichnet wurde, errichtet und die ältere Festung um mehrere Gebäude erweitert. Da ihm zugleich mit der Verpfändung auch das Privileg über die Glatzer Münze verliehen wurde, ließ er dort Münzen prägen, die auf einer Seite den böhmischen Löwen zeigen, während die andere Seite mit den Wappen der Pfalz, Baierns und der Grafschaft Glatz verziert ist.

Obwohl er kein kirchliches Amt mehr innehatte, setzte er sich für die Gegenreformation ein. 1558 berief er zusammen mit Kaiser Ferdinand I. eine Kommission ein, die den Religionszustand in der Grafschaft, vor allem den Glaubensstand der Geistlichen prüfen sollte. Der entsprechende Fragenkatalog wurde von den Zisterzienseräbten Johannes von Grüssau und Leonhard von Fürstenfeld erstellt. Der Kommission gehörten außerdem u. a. an: Der Administrator des Erzbistums Prag, der Burggraf der Prager Altstadt, der Propst von Heiligkreuz in Breslau, ein Vertreter der Johanniterkommende Glatz und der Archidiakon Magister Christophorus Naetius, der den Untersuchungsbericht verfasste.

Ernst von Bayern starb am 7. Dezember 1560 in Glatz. Sein Leichnam wurde zunächst in einer Gruft im Augustiner-Chorherrenstift beigesetzt. Auf dem Grabstein, mit dem die Gruft verschlossen wurde, befand sich folgende Inschrift:

Unterhalb der Inschrift befindet sich das Wittelsbachische Wappen.

1569 wurde der Leichnam des Herzogs Ernst nach München überführt, wo er in der Wittelsbacher Gruft der Frauenkirche seine letzte Ruhestätte fand. Die ehemalige Grabplatte verblieb im Glatzer Augustinerkloster. Nach dessen Zerstörung 1622 gelangte sie in die Marienkapelle (Heidenkirchlein) auf dem Schlossberg, welche nach dem Übergang der Grafschaft Glatz 1763 an Preußen im Zuge des Ausbaus der Festung Glatz devastiert wurde. 1771 wurde die Grabplatte in die Innenwand des damals errichteten Donjons neben dem Torweg eingemauert.

Seinen Bemühungen, die Bewohner des Glatzer Landes zum katholischen Glauben zurückzuführen, war kein bleibender Erfolg beschieden. Die Pfandschaft über die Grafschaft Glatz erbte sein Neffe Herzog Albrecht V., der sie 1567 an den böhmischen Landesherrn Maximilian II. verkaufte.