Als Spieler

Gaizka Garitano startete seine Karriere als Fußballer in der Reserve-Mannschaft von Athletic Bilbao. Dort stand er von 1992 bis 1999 sieben Jahre lang unter Vertrag, wurde jedoch auch zwei Mal ausgeliehen. Zunächst 1996/1997 an den Zweitligisten UE Lleida, wo er in 14 Spielen auflief, dann an den baskischen Club SD Eibar, für den er ebenfalls ein Jahr in Liga 2 aktiv war.

Im Sommer 1999 wechselte Garitano endgültig zum Zweitligisten Eibar. Dort wurde er in der Saison 2000/2001 an den Drittligisten CD Ourense ausgeliehen, wo er an seine Form aus der Zeit in Bilbao anknüpfen konnte. Die folgenden Jahre spielte Garitano stets als feste Größe im Mittelfeld Eibars ehe 2004/2005 erneut der Aufstieg in Liga 1 verpasst wurde.

Im Sommer 2005 ging Garitano zum Erstligisten Real Sociedad. Dort kam er schon in seiner ersten Saison regelmäßig zum Einsatz und erzielte drei Tore in 20 Spielen. Danach waren es schon 27 Einsätze, doch die Basken stiegen in die Segunda División ab. Auch dort war Gaizka Garitano Stammspieler. Nach Abstieg in die 3. Spielklasse beendete Gaizka Garritano 2009 mit 34 Jahren seine Fußballerkarriere, nach unter anderem über 300 Spielen in der spanischen zweiten Liga.

Als Trainer

Nach Ende seiner Profikarriere wechselte er als Assistenztrainer zum ebenfalls gerade in die 3. Liga abgestiegenen SD Eibar und wurde mit Beginn der Saison 2012/13 Trainer der ersten Profimannschaft, mit der 2013 in die 2. Liga und 2014 in die Primera División aufstieg.

Von Dezember 2018 bis Januar 2021 war er Cheftrainer von Athletic Bilbao. Zur Saison 2021/22 wurde er Trainer von SD Eibar und stand dort bis Juni 2023 an der Seitenlinie. Im Oktober 2023 übernahm er UD Almería.