In der 2. Bundesliga

Mit 18 Jahren verließ Pohjanpalo im September 2013 Finnland und wurde für ein Jahr an den deutschen Zweitligisten VfR Aalen verliehen. Parallel dazu sicherte sich der Erstligist Bayer 04 Leverkusen eine mit einem Spielervertrag bis 2018 verbundene Kaufoption ab dem Juli 2014. Wegen einer Verletzung stieg Pohjanpalo erst im Oktober 2013 ins Mannschaftstraining der Aalener ein und kam daher bei den Schwaben bis zum Ende der Hinrunde nur zu Kurzeinsätzen nach Einwechslungen. In der Rückrunde entwickelte er sich zum Stammspieler und erzielte fünf Tore, womit er der zweiterfolgreichste Aalener Torschütze nach Robert Lechleiter war. In Helsinki wurde seine Vertragslaufzeit im April 2014 vorzeitig bis 2018 verlängert. Bayer Leverkusen nutzte seine Kaufoption nicht, durch die ausschließliche Verlängerung des Vertrags blieb sie aber bestehen.

Im Sommer 2014 wechselte Pohjanpalo für die beiden folgenden Saisons zu Aalens Ligakonkurrenten Fortuna Düsseldorf, ebenfalls auf Leihbasis. Für die Fortuna absolvierte der Finne 58 Pflichtspiele in der Liga sowie im DFB-Pokal und schoss 13 Tore. In seiner letzten Saison konnte er mit dem Verein mit drei Punkten Vorsprung auf den Relegationsplatz knapp die Klasse sichern.

Bei Bayer 04 Leverkusen

Im März 2016 nutzte Bayer Leverkusen schließlich seine Kaufoption und band Pohjanpalo ab der kommenden Saison bis zum 30. Juni 2018 an den Verein. Am 27. August 2016 (1. Spieltag) gab er bei der 1:2-Niederlage im Auswärtsspiel gegen Borussia Mönchengladbach sein Bundesligadebüt, als er in der 78. Minute für Charles Aránguiz eingewechselt wurde und gleich in der 79. Minute mit dem Treffer zum 1:1 sein erstes Tor für Bayer Leverkusen erzielte. Am Folgespieltag – seinem ersten Pflichtheimspiel für Bayer Leverkusen – wurde er beim Stand von 1:0 für den Hamburger SV in der 72. Minute für Admir Mehmedi eingewechselt. Innerhalb der letzten 15 Spielminuten bis zum Abpfiff erzielte Pohjanpalo drei Tore, wodurch ihm ein lupenreiner Hattrick – und damit der 100. der Bundesliga-Geschichte – gelang; seine Mannschaft gewann das Spiel mit 3:1. Anschließend kam Pohjanpalo in der Saison 2016/17 nur noch unregelmäßig zum Einsatz. Von wettbewerbsübergreifend insgesamt 44 möglichen Pflichtspielen absolvierte er nur 13 und erzielte in diesen sechs Tore. In der Folgesaison fand er in den Spielen noch weniger Berücksichtigung. In lediglich acht Pflichtspielen von möglichen 36 kam er zum Einsatz, wobei er zwei Tore erzielte.

In der Vorbereitung zur Saison 2018/19 wurde bei Pohjanpalo Mitte Juli 2018 eine Durchblutungsstörung im rechten Sprungbein diagnostiziert, wodurch er in dieser Saison kein Pflichtspiel absolvierte. Trotz dieser Diagnose wurde im Monat darauf seine Vertragslaufzeit bis Mitte 2022 verlängert. Während der Länderspielpause im März 2019 kehrte Pohjanpalo wieder ins Mannschaftstraining des Vereins zurück. Noch in der gleichen Woche absolvierte er ein Testspiel, in dem er 82 Minuten zum Einsatz kam. Ab Anfang April fiel er wegen starker Schmerzen an der behandelten Stelle, die laut Mitteilung des Vereins „eine nicht unerwartete Reaktion des Knochens“ auf die sportliche Belastung sind, erneut aus. Anderthalb Monate später kehrte Pohjanpalo ins Individualtraining zurück.

Zum Ende der Vorbereitung auf die Saison 2019/20 erlitt Pohjanpalo Anfang August erneut eine Belastungsstörung im rechten Sprungbein, wodurch er einen Monat pausieren musste. Nach der Rückkehr ins Mannschaftstraining stand er seit Ende September regelmäßig im Kader. Im Bundesligaspiel am 26. Oktober 2019 kam Pohjanpalo beim 2:2 gegen Werder Bremen zu einer Einwechslung am Spielende, wodurch er nach 587 Tagen wieder ein Pflichtspiel für die Leverkusener bestritt.

Leihspieler in diversen Vereinen

Pohjanpalo wechselte auf Basis einer Leihe am 24. Januar 2020 für ein halbes Jahr erneut in die 2. Bundesliga, diesmal zum Hamburger SV. Die Leihe sollte ihm mehr Spielpraxis ermöglichen, um sich auf eine eventuelle Teilnahme an der EM 2020 vorzubereiten, sowie den HSV bei seinen Bemühungen für einen Aufstieg unterstützen. In den 7 Spielen bis zur Saisonunterbrechung durch die COVID-19-Pandemie kam der Finne unter dem Cheftrainer Dieter Hecking hinter Lukas Hinterseer meist von der Bank ins Spiel und erzielte in 5 Einsätzen (einmal von Beginn) 2 Tore. Mit der Wiederaufnahme des Spielbetriebs nach mehr als zwei Monaten verdrängte Pohjanpalo Hinterseer aus der Startelf. Er kam in den letzten 9 Spielen stets in der Startelf zum Einsatz und erzielte 7 Tore. Der HSV, der sich vom 2. bis zum 33. Spieltag durchgängig unter den ersten Drei der Tabelle befunden hatte, verpasste auf dem 4. Platz den Aufstieg, woraufhin der Angreifer den Verein nach Ablauf seines Leihvertrags wieder verließ.

Zurück in Leverkusen setzte Trainer Bosz auch nach dem Abgang des bisher am häufigsten berücksichtigten Stürmers Kevin Volland weiterhin nicht auf Pohjanpalo. Stattdessen wurden der neu verpflichtete Patrik Schick wie auch Lucas Alario im Sturmzentrum eingesetzt. Nachdem der Finne an den ersten beiden Spieltagen der Saison 2020/21 einmal eingewechselt worden war, einigte man sich Ende September 2020 mit dem Ligakonkurrenten 1. FC Union Berlin auf eine Leihe bis zum Saisonende. Nach Ablauf der Saison verzichtete Union auf eine zuvor vereinbarte Kaufoption.

Auch nach seiner neuerlichen Rückkehr ins Rheinland konnte sich Pohjanpalo keinen Stammplatz erarbeiten. Anfang September 2021 verlängerte er seine Vertragslaufzeit mit Bayer 04 um ein Jahr bis Mitte 2023. Damit einhergehend wechselte er auf Basis einer Leihe in die Süper Lig zum türkischen Verein Çaykur Rizespor. Pohjanpalo zeigte sich in der Türkei treffsicher und erzielte in 33 Ligaspielen 16 Tore sowie war der vierterfolgreichste Torschütze der Saison. Er erzielte in drei Spielen je zwei Tore für seine Mannschaft sowie schoss beim 3:2-Sieg über den späteren Meister Trabzonspor im März 2022 einen Dreierpack, dabei alle Tore per Elfmeter. Trotz Pohjanpalos Torausbeute stand Çaykur Rizespor während der Saison fast ausschließlich auf einem Abstiegsplatz und musste am Saisonende mit neun Punkten Rückstand auf einen Nichtabstiegsplatz den Gang in die zweite Liga antreten. Der Finne kehrte schließlich zu Bayer 04 Leverkusen zurück.