Persien

Vom 1. Mai 1824 bis 4. Juni 1836 war er als Chirurg tätig.

Von 1824 bis 1835 war er bei der Gesandtschaft der britischen Ostindien-Kompanie in Teheran beschäftigt; zunächst als Arzt und später als politischer Berater des Gesandten John Macdonald Kinneir.

Am 30. Juni 1835 wurde er Botschaftssekretär in Teheran unter Henry Ellis und gratulierte Mohammed Schah zur Thronbesteigung, der ihn dafür mit dem Sonnen- und Löwenorden dekorierte.

Im Frühjahr 1836 reiste John McNeill nach London und veröffentlichte anonym Progress and Present Position of Russia in the East, in welcher er für Öffentlichkeitsarbeit für das Dogma des The Great Game die russische Bedrohung von Britisch-Indien machte. Die britische Ostindien-Kompanie sah Mohammed Schah vom Nikolaus I. beeinflusst.

1838 ließ Mohammed Schah mit russischen Militärberatern Herat belagern. Aus der Perspektive von Britisch-Indien nahm die Stadt an der Seidenstraße eine strategische Schlüsselposition ein, welche der Gouverneur von Britisch-Indien George Eden, 1. Earl of Auckland am besten durch die Installation eines unabhängigen Regenten unter britischen Schutz gesichert sah, woraus sich der erste anglo-afghanische Krieg entwickelte.

John McNeill wurde nach London abberufen und der Rest der britischen Mission mit Thomson zog in das osmanische Erzurum. 1840 wurde er zum Mitglied der Royal Society of Edinburgh gewählt.

John McNeill kehrte 1841 nach Persien zurück.

Von 1845 bis 1868 war John McNeill Vorsitzender des Ausschusses zum Scottish Poor Law Act, einer Sozialgesetzgebung in Schottland, die aus Anlass des Pilzbefalls von Kartoffelpflanzen wirtschaftliche Armut besteuerte.

Krimkrieg

1854 zu Beginn des Krimkrieges hatte McNeill sein Werk Progres et position actuelle de la Russie en Orient überarbeitet, ergänzt und warnte nun auch in französischer Sprache vor der russischen Gefahr für Großbritannien, das Christentum, die Autonomie des osmanischen und des persischen Reichs. Anfang 1855 wurde er mit Alexander Tulloch nach Balaklawa gesandt, um über die logistischen Ursachen des britischen Versagens in dieser Auseinandersetzung zu berichten. Ihr Untersuchungsbericht wurde zur Grundlage einer Neuorganisation des britischen Beschaffungswesens im Oktober 1858. Das House of Commons war begeistert von dieser Aufklärung und bat um eine Auszeichnung für McNeill, worauf dieser in den Privy Council aufgenommen wurde.