1913 bis 1980

Maccabi Haifa wurde 1913 in der Hafenstadt gegründet. Der Verein war anfangs eher unbedeutend und bekam erst durch die Integration von österreichischen Immigranten Struktur. 1942 gelang der Einzug ins Pokalfinale, allerdings setzte es mit 1:12 eine deutliche Niederlage gegen Beitar Tel Aviv. 1946 gelang der Aufstieg in die erste Liga, allerdings pendelte man in der folgenden Zeit ständig zwischen erster und zweiter Liga hin und her. 1962 gelang der erste größere Erfolg, als man im Finale des State Cups, des nationalen Pokals, Maccabi Tel Aviv mit 5:2 schlug. Beinahe hätte der Titel verteidigt werden können, allerdings unterlag man im folgenden Jahr im Finale Hapoel Haifa mit 0:1. 1971 unterlag man bei der vierten Finalteilnahme Hakoach Ramat-Gan mit 1:2.

1980er

1981 gelang erneut der Aufstieg in die erste Liga. Seither ist Maccabi erstklassig. 1983/1984 schaffte der Verein den Titelgewinn, als man Beitar Jerusalem und Hapoel Tel Aviv in einer dramatischen Endphase überholte. Der Erfolg war umso überraschender, da das „Totale-Offensive“-Spielsystem mit vier Stürmern in den vorhergehenden Jahren oft eine schlechte Defensivarbeit und klare Niederlagen zur Folge hatte. Aber der junge Torhüter Avi Ran erwies sich als starker Rückhalt. Im folgenden Jahr konnte der Titel verteidigt werden, das „Double“ misslang jedoch. Im Finale des State Cups verlor man gegen Beitar Jerusalem 0:1. Der israelische Supercup ging jedoch nach Haifa, als Beitar Jerusalem mit 5:2 besiegt wurde. 1987 wurde das Pokalfinale gegen Maccabi Tel Aviv nach Elfmeterschießen verloren. 1989 gelang die dritte Meisterschaft. Das Pokalfinale im selben Jahr ging wieder im Elfmeterschießen verloren, dieses Mal gegen Beitar Jerusalem.

1990er

1991 gewann Maccabi das Double, als man neben dem Meistertitel auch das Pokalfinale gegen Hapoel Petach Tikwa mit 3:1 gewann. Ya'akov Shahar kaufte den Verein 1992. Das Management wurde verbessert, um es dem in Europas bedeutenden Profiligen anzupassen. 1993 wurde der State Cup zum dritten Mal gewonnen, 1:0 gegen Maccabi Tel Aviv. Im folgenden Jahr schaffte man im Europapokal den Einzug ins Achtelfinale. Gleichzeitig wurde Maccabi ungeschlagen israelischer Meister und gewann den Ligapokal.

1995 wurde erneut der Pokal geholt, als man den Ortsrivalen Hapoel Haifa mit 2:0 schlug. Nachdem einige Spieler nach Europa gingen, folgten drei Jahre ohne Titel, ehe 1998 wiederum der Pokalsieg gelang. Hapoel Jerusalem wurde mit 2:0 geschlagen. 1999 erreichte man wiederum das Viertelfinale des Europapokals, wobei unter anderen Paris Saint-Germain und die SV Ried geschlagen wurden.

2000er

2001 gelang nach sieben Jahren Durststrecke wieder der Gewinn der Meisterschaft. Die Feierlichkeiten wurden von einem Unglücksfall überschattet, als ein junger Fan gegen die Sicherheitsbegrenzung gedrückt wurde und ins Koma fiel. Der Titel konnte im folgenden Jahr verteidigt werden. 2002 schaffte Maccabi Haifa als erstes israelisches Team den Einzug in die Gruppenphase der Champions League. 2004 bis 2006 schaffte Maccabi den Titel-„Hattrick“ in der Meisterschaft von Israel. Zu Saisonbeginn 2006/07 scheiterte man in der letzten Qualifikationsrunde nur knapp gegen den englischen Rekordmeister FC Liverpool, obwohl man wegen des Libanonkrieges sein Heimspiel in Kiew austragen musste und das 1:2 aus dem Hinspiel mit einem 1:1 nicht mehr wettmachen konnte. Dafür erreichte man im UEFA-Pokal 2006/07 die K.-o.-Spiele der besten 32 Mannschaften. Erstmals waren hier mit Maccabi und Hapoel Tel Aviv zwei israelische Mannschaften vertreten. Im Unterschied zu Hapoel qualifizierte sich Maccabi für das Achtelfinale, in dem man gegen Espanyol Barcelona ausschied. In der israelischen Meisterschaft erreichte man am Saisonende jedoch nach den drei Meisterschaften in Folge nur den fünften Platz.

Ab 2009

In der Saison 2008/09 verlor die Mannschaft zwar das Pokalfinale gegen Beitar Jerusalem, gewann aber den elften Meistertitel was zur Teilnahme an der UEFA Champions League berechtigte. In der zweiten Qualifikationsrunde wurde der nordirische Club Glentoran FC bezwungen, in der dritten Runde der kasachische Meister FK Aqtöbe (0:0 und 4:3). In den Play-offs konnte sich Haifa gegen den österreichischen Meister FC Red Bull Salzburg in Hin- und Rückspiel mit 2:1 und 3:0 durchsetzen. Haifa wurde zusammen mit Juventus Turin, Girondins Bordeaux und dem FC Bayern München in Gruppe A gelost. Die Mannschaft verlor alle sechs Spiele, ohne dabei ein Tor zu erzielen.

In der Meisterschaft lief es für Haifa 2009/10 deutlich besser. Nach Abschluss der regulären Saison stand die Mannschaft mit 77 Punkten auf Platz 1. Nach den Play-offs lag die Mannschaft jedoch aufgrund der schlechteren Tordifferenz punktgleich mit Hapoel Tel Aviv nur auf Platz zwei. Das berechtigte zur Teilnahme an der dritten Qualifikationsrunde für die UEFA Europa League 2010/11. Das Hinspiel gegen FK Dinamo Minsk konnte zwar 1:0 gewonnen werden, aber nach der 1:3-Niederlage im Rückspiel schied die Mannschaft aus. In der Meisterschaft 2010/11 hingegen stand Haifa wie im Vorjahr nach der regulären Saison vor Tel Aviv auf Platz 1 (70 Punkte), konnte die Position diesmal aber auch in den Play-offs verteidigen und holte so den zwölften Meistertitel in der Vereinsgeschichte. Das Finale im Pokal verlor die Mannschaft allerdings 0:1 gegen Hapoel Tel Aviv.

In der Qualifikation zur UEFA Champions League 2011/12 konnte in der zweiten Runde der FK Borac Banja Luka aus Bosnien und Herzegowina besiegt werden, in der dritten Runde der slowenische Meister NK Maribor. In den Play-offs verlor Haifa allerdings gegen den KRC Genk. Die Auslosung zur Gruppenphase der UEFA Europa League 2011/12 platzierte Haifa in Gruppe J gemeinsam mit Steaua Bukarest, AEK Larnaka und dem FC Schalke 04.

2022 gelang dem Verein der Einzug in die Gruppenphase der UEFA Champions League 2022/23.