Oberlauf

Der Moorseebach entspringt auf etwa 326 m ü. NHN einer Quelle in einer kleinen Oberlaufbucht im Waldgebiet Kesselholz in der Hochebenengabel zwischen dem meist ähnlich hohen Schlossbergsattel sowie dem Weiler Neubauhof im Norden und dem Bergsporn Bühl (352 m ü. NHN) im Süden. In den dort kaum längeren Ablauf der Hauptquelle mündet ein kaum fünfzig Meter langer linker Quellarm. Schon nach hundert Metern tritt Wiesenflur auf dem anfänglichen Westlauf des Bachs ans Ufer, zunächst nur rechts.

Am Südfuß des Schloßbergs (420 m ü. NN) mit der Burgruine Speckfeld trifft er inzwischen in offener Flur auf die Verbindungsstraße vom Gutshof Neubauhof zum Marktdorf, speist einen Weiher rechts am Lauf, wechselt hier die Richtung und folgt nun der Straße nach Südwesten in noch wenig eingetiefter Talsenke. Am Nordrand des Höhenrückens Hasenbuck (309 m ü. NHN) passiert er ein kleines Wäldchen am linken Hang. Danach mündet von rechts ein kurzer, nur periodisch wasserführender Zufluss. Dicht am restlichen Oberlauf liegen insgesamt vier kleine Quellen und ein Weiher mal links, mal rechts, die alle in den Bach entwässern.

Mittellauf

Westlich des Iphöfer Dorfes Possenheim am linken Talhang queren erst die von dort kommende, auch Alte Reichsstraße genannte Verbindungsstraße der Dörfer, gleich darauf die B 8 den Moorseebach auf Einersheim zu, das etwas weiter abwärts auf dem rechten Talhang liegt. Dann teilt sich der Bach in zwei Äste, die beide bald inzwischen westwärts auf Markt Einersheimer Gebiet übertreten. Dem linken Arm läuft gegenüber dem östlichen Gewerbegebiet Markt Einersheims an einem kleinen Weiher ein von zwei Quellen gespeister Weggraben zu.

Kurz vor der Sekretariusmühle laufen die beiden Zweige wieder zusammen, doch an dieser rechts am Lauf stehenden ersten Mühle von Markt Einersheim teilt sich der Bach sogleich wieder, die parallelen Zweige zwischen dem Weiler Am Kühbuck auf dem linken Hang und Einersheim am rechten fassen insgesamt drei kleine Weiher ein und nehmen von links drei Quellabläufe auf, von rechts einen. Am Wiederzusammenlauf an der Eselsmühle quert die in Einersheim Mönchsondheimer Straße genannte Kreisstraße KT 1 den Moorseebach in Richtung auf den namengebenden Iphöfer Ort im Süden zu.

Danach passiert der Bach die Kläranlage von Einersheim, neben der ein wieder etwas längerer linker Hangquellabfluss mündet. Im Gleichlauf mit der Badstraße läuft er daraufhin unter der auf hoher Brücke querenden Bahnstrecke Nürnberg–Würzburg hindurch.

Unterlauf

Danach stehen der Ortsteil Am Wasserhäuschen und die Schwarzmühle am rechten Ufer gegenüber dem aus einer höherliegenden Quelle gespeiste Freibad Terrassenbad Markt Einersheim. Wenig weiter abwärts folgt ihm bis zur Mündung nahe die Gemeindegrenze zu den nördlichen Gebietsteilen der Stadt Iphofen. Tal und Bach beginnen etwas zu mäandrieren, er durchfließt das Gelände der Steinmühle, über der wieder zwei Quellen auf dem Abhang des oberen Mündungssporns Schäfersbergs (293 m ü. NHN) austreten. Auf dem letzten Abschnitt passiert er nacheinander vier Weiher ebenfalls an der linken, Einersheimer Seite. Dann mündet der Moorseebach aus seinem inzwischen etwa 50 Meter in die umgebende Landschaft eingetieften Tal östlich der Iphöfer Vogtsmühle von rechts auf etwa 250 m ü. NHN in den mittleren Breitbach, der hier im Zuge seines großen Bogens von Nordwest- auf Westlauf wechselt.

Der Moorseebach hat auf einer Länge von 5,2 km ein absolutes Gefälle von etwa 76 Höhenmetern und damit ein mittleres Sohlgefälle von etwa 15 ‰.