Orthocoronavirinae

Coronavirus (schematisch)

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Riboviria
Reich: Orthornavirae
Phylum: Pisuviricota
Klasse: Pisoniviricetes
Ordnung: Nidovirales
Unterordnung: Cornidovirineae
Familie: Coronaviridae
Unterfamilie: Orthocoronavirinae
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssRNA linear
Baltimore: Gruppe 4
Symmetrie: helikal
Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
Orthocoronavirinae
Links
NCBI Taxonomy: 2501931
ViralZone (Expasy, SIB): 785 (Coronavirinae)
ICTV Taxon History: 201901847

Orthocoronavirinae ist eine Virusunterfamilie innerhalb der Familie Coronaviridae, die weitestgehend mit dieser übereinstimmt. Die Viren innerhalb dieser Unterfamilie werden (fach)umgangssprachlich Orthocoronaviren und veraltet und zweideutig auch bloß Coronaviren genannt.

Auch alle Coronaviren, die den Menschen infizieren, gehören zu den Orthocoronaviren. Darunter auch SARS-CoV-2, das Virus, das für die aktuelle COVID-19-Pandemie verantwortlich ist.

Beschreibung

Bis heute (Stand 2020) entspricht die Beschreibung der Unterfamilie Orthocoronavirinae nahezu vollständig der der übergeordneten Familie Coronaviridae. Das liegt daran, dass die einzige Schwestergruppe – die Unterfamilie der Letoviren (Letovirinae) – nur wenig erforscht ist und nur eine einzige Art – Microhyla letovirus 1 – enthält. Neben strukturellen und statistischen Unterschieden im Virusgenom bei computergestützten Analysen (vgl. Bioinformatik) besteht der wesentlichste Unterschied zwischen den beiden Unterfamilien Orthocoronavirinae und Letovirinae vor allem darin, dass die Letoviren die ersten Coronaviren sind, die Amphibien infizieren.

Benennung

Etymologie

Der Name der Unterfamilie Orthocoronavirinae setzt sich aus dem Vorsatz „Ortho-“ (griechisch ὀρθός orthós, deutsch ‚recht, richtig, aufrecht‘) und dem früheren Namen dieser Unterfamilie Coronavirinae zusammen. „Orthocoronaviren“ bedeutet soviel wie: „richtige, eigentliche, klassische oder echte Coronaviren“. Das entspricht der zuvor gebrauchten umgangssprachlichen Bezeichnung: „echte Coronaviren“ (englisch true coronaviruses), für die Viren dieser Gruppe, bevor die Gruppe den jetzigen Namen erhielt.

Diese Virengruppe wurde zunächst als Gattung unter dem Namen Coronavirus geführt (bis 2008). Durch den Aufstieg in den Rang einer Unterfamilie wurde die Endung in „-virinae“ geändert. Die Herkunft des Namensbestandteils „corona“ wird genauer im Abschnitt Etymologie im Artikel zur Familie Coronaviridae erläutert.

Die Namenserweiterung „Ortho-“ beendete 2018 gewisse Mehrdeutigkeiten, die innerhalb der Familie Coronaviridae aufgrund dessen bestanden, dass der gleiche Wortstamm „Corona-“ für mehrere ineinanderliegende Gruppen verwendet worden war. Näheres unter Taxonomische Hintergründe.

Verwendete Namen

Aus dem Taxonnamen Orthocoronavirinae ergibt sich systematisch die Sammelbezeichnung (englisch collective name) „Orthocoronaviren“ für Viren dieser Unterfamilie. Besonders im Englischen wird diese Art der Sammelbezeichnung auch „Vernakularname“ (englisch vernacular name) genannt.

Die Sammelbezeichnung „Orthocoronaviren“ ist noch verhältnismäßig jung im Vergleich zum seit den 1960er Jahren gebrauchten Namen „Coronaviren“. Obwohl der ältere Name „Coronaviren“ zweideutig sowohl die Viren der ganzen Familie als auch nur der Unterfamilie (früher: Gattung) bezeichnet, ist er weiter auch für nur die Viren der Unterfamilie im Gebrauch.

Aus diesen Gründen existieren grundsätzlich immer noch zwei Vernakularnamen für die Viren dieser Gruppe. Einmal der doppeldeutige Name „Coronaviren“ (englisch coronaviruses). Dieser findet sich in Literatur bis 2018 und häufig auch noch nach 2018. Und dann der eindeutige Name „Orthocoronaviren“ als taxonomische Sammelbezeichnung seit 2018. Der eigentlich korrekte und eindeutige englische Vernakularname "coronavirids" findet allerdings auch heute noch nur gelegentlich Verwendung, dieser ist analog der Bezeichnung nanovirids des ICTV für die Familie Nanoviridae, sowie hominids bzw. camelids für die Familien der Hominiden respektive Cameliden gebildet.

Wegen der Namensähnlichkeit zwischen Familie und Unterfamilie kommt es allenthalben auch zur Falschschreibung des Unterfamiliennamens in der Form: Orthocoronaviridae.

Systematik

Äußere Systematik

Die Unterfamilie Orthocoronavirinae besitzt aktuell nur eine Schwester-Unterfamilie in der Familie Coronaviridae. Diese heißt Letovirinae und ersetzte 2018 die damalige Schwester-Unterfamilie Torovirinae (heute Familie Tobaniviridae mit der neuen(!) Unterfamilie Torovirinae).

Familie Unterfamilie
Coronaviridae
Letovirinae
Orthocoronavirinae

Innere Systematik

Auszug aus der systematischen Darstellung nach ICTV. Eine ausführlichere Darstellung findet sich im Artikel über die Familie Coronaviridae im Abschnitt über die innere Systematik.

Unterfamilie Orthocoronavirinae
Gattung Alphacoronavirus
Untergattung Colacovirus
Spezies Bat coronavirus CDPHE15
Untergattung Decacovirus
Spezies Bat coronavirus HKU10
Spezies Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
Untergattung Duvinacovirus
Spezies Human coronavirus 229E
Untergattung Luchacovirus
Spezies Lucheng Rn rat coronavirus
Untergattung Minacovirus
Spezies Mink coronavirus 1
Untergattung Minunacovirus
Spezies Miniopterus bat coronavirus 1
Spezies Miniopterus bat coronavirus HKU8
Untergattung Myotacovirus
Spezies Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
Untergattung Nyctacovirus
Spezies Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013
Spezies Pipistrellus kuhlii coronavirus 3398
Untergattung Pedacovirus
Spezies Porcine epidemic diarrhea virus
Spezies Scotophilus bat coronavirus 512
Untergattung Rhinacovirus
Spezies Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (mit Stamm Enterisches Schweine-Alphacoronavirus, SADS-CoV)
Untergattung Setracovirus
Spezies Human coronavirus NL63
Spezies NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
Untergattung Soracovirus
Spezies Sorex araneus coronavirus T14
Untergattung Sunacovirus
Spezies Suncus murinus coronavirus X74
Untergattung Tegacovirus
Spezies Alphacoronavirus 1 (*)
Gattung Betacoronavirus
Untergattung Embecovirus
Spezies Betacoronavirus 1 (mit Stamm Humanes Coronavirus OC43)
Spezies China Rattus coronavirus HKU24
Spezies Human coronavirus HKU1
Spezies Murine coronavirus (*)
Spezies Myodes coronavirus 2JL14
Untergattung Hibecovirus
Spezies Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
Untergattung Merbecovirus
Spezies Hedgehog coronavirus 1
Spezies Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)
Spezies Pipistrellus bat coronavirus HKU5
Spezies Tylonycteris bat coronavirus HKU4
Untergattung Nobecovirus
Spezies Eidolon bat coronavirus C704
Spezies Rousettus bat coronavirus GCCDC1
Spezies Rousettus bat coronavirus HKU9
Untergattung Sarbecovirus
Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (mit SARS-CoV-2)
Gattung Gammacoronavirus
Untergattung Brangacovirus
Spezies Goose coronavirus CB17
Untergattung Cegacovirus
Spezies Beluga whale coronavirus SW1
Untergattung Igacovirus
Spezies Avian coronavirus (*, mit Stamm Infectious bronchitis virus, IBV)
Spezies Avian coronavirus 9203
Spezies Duck coronavirus 2714
Gattung Deltacoronavirus
Untergattung Andecovirus
Spezies Wigeon coronavirus HKU20
Untergattung Buldecovirus
Spezies Bulbul coronavirus HKU11 (*)
Spezies Common moorhen coronavirus HKU21
Spezies Coronavirus HKU15
Spezies Munia coronavirus HKU13
Spezies White-eye coronavirus HKU16
Untergattung Herdecovirus
Spezies Night heron coronavirus HKU19

Taxonomische Hintergründe

Die taxonomische Benennung und Einordnung der Orthocoronaviren fand immer vor dem Hintergrund der taxonomischen Gesamtorganisation der Virenfamilie Coronaviridae statt und kann dort nachgelesen werden.

Anmerkungen

  1. ↑ Das ICTV benutzt diese Konstruktion dort zur Unterscheidung von den "nanoviruses", d. h. den Mitgliedern der Gattung Nanovirus innerhalb dieser Familie. Ähnlich findet man "geminivirids" und "genomovirids" für die Geminiviridae respektive Genomoviridae im ICTV-akzeptierten Vorschlag 2019.012DA.v1 (ZIP: docx, xlsx) von Krupovic et al. (2019) zum Phylum Cressdnaviricota.

Einzelnachweise

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 ICTV Master Species List 2019.v1. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): ICTV Files. Revision 2019. EC 51, Berlin Juli 2019, MSL #35 (englisch, Volltext [XLSX; 629 kB; abgerufen am 7. August 2020]).
  2. 1 2 J. Ziebuhr, R.S. Baric, S. Baker, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya: 2017.012_015S.A.v1.Nidovirales. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2018a, Juli. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18. Februar 2017, Proposal-Code 2017.012_015S (ictvonline.org [ZIP; 5,1 MB; abgerufen am 7. Mai 2020]).
  3. ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Coronavirinae“: heute „Orthocoronavirinae“.).
  4. 1 2 3 Raoul J. de Groot, John Ziebuhr, Leo L. Poon, Patrick C.Woo, Pierre Talbot, Peter J.M. Rottier, Kathryn V. Holmes, Ralph Baric, Stanley Perlman, Luis Enjuanes, Alexander E. Gorbalenya: Revision of the family Coronaviridae. Proposal. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2009, Juni. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2008, Proposal-Code 2008.085-126V (englisch, ictvonline.org [PDF; 175 kB; abgerufen am 5. Mai 2020]).
  5. 1 2 H. J. Vetten, A.-L. Haenni: Taxon-specific suffixes for vernacular names. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 151, Juni 2006. Springer-Verlag, 23. März 2006, ISSN 0304-8608, S. 1249–1250, doi:10.1007/s00705-006-0743-x, PMID 16721512, PMC 7086949 (freier Volltext) – (englisch).
  6. ↑ How to write virus and species names? In: ICTV-Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 6. April 2020, abgerufen am 8. August 2020 (englisch).
  7. ↑ Gideon J. Mordecai, Ian Hewson (Verf.); Emily S. Bailey, Alexander Culley (Gutachter): Coronaviruses in the Sea. Mini Review. In: Andrew S. Lang (Hrsg.): Frontiers in Microbiology. Band 11, Ausgabe Juli 2020, Artikelnr. 1795, 24. Juli 2020, S. 2, doi:10.3389/fmicb.2020.01795 (englisch, Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “Orthocoronavirus-like sequences”
  8. ↑ Jamie A. Mawhinney, Catherine Wilcock, Hasan Haboubi, Shahbaz Roshanzamir: Neurotropism of SARS-CoV-2: COVID-19 presenting with an acute manic episode. Case report. In: BMJ Case Reports. Band 13, Nr. 6, Ausgabe Juni 2020, Artikelnr. e236123, 14. Juni 2020, doi:10.1136/bcr-2020-236123, PMID 32540882, PMC 7298665 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 201 kB; abgerufen am 7. August 2020] Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “the orthocoronavirus subfamily”
  9. ↑ Virology: Coronaviruses. In: Nature. Band 220, 16. November 1968, ISSN 1476-4687, S. 650, doi:10.1038/220650b0 (englisch, Volltext [PDF; 1,8 MB; abgerufen am 18. Juni 2020] Erstmeldung über Entdeckung der Coronaviren).
  10. ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020]).
  11. ↑ Sarah Young: Orthocoronavirinae: What does it mean and which other viruses are in the subfamily? In: The Independent. 18. Juni 2020, abgerufen am 7. August 2020 (englisch, doppeldeutige Wortverwendung, Familie vs. Unterfamilie): „Each of the coronaviruses belong to an overarching sub-family […] called "orthocoronavirinae" […]. The term "orthocoronavirinae" represents a "sub-family" of the [family of the] coronaviruses […].“
  12. ↑ Hayder M. Al-Kuraishy, Ali I. Al-Gareeb: From SARS-CoV to nCoV-2019: Ruction and Argument. Brief Report. In: Archives of Clinical Infectious Diseases. Band 15 (COVID-19), Ausgabe April 2020, Artikelnr. e102624, 1. April 2020, Abstract und 1. Background, doi:10.5812/archcid.102624 (englisch, Volltext [PDF; 2,6 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren nur zur Unterfamilie.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs constitute the subfamily Orthocoronavirinae, in the family Coronaviridae.”
  13. ↑ Ariane J. Brown, John J. Won, Rachel L. Graham, Kenneth H. Dinnon III., Amy C. Sims, Joy Y. Feng, Tomas Cihlar, Mark R. Denison, Ralph S. Baric, Timothy P. Sheahan: Broad spectrum antiviral remdesivir inhibits human endemic and zoonotic deltacoronaviruses with a highly divergent RNA dependent RNA polymerase. In: Antiviral Research. Band 169, Ausgabe September 2019, Artikelnr. 104541. Elsevier, 21. Juni 2019, ISSN 0166-3542, Abstract, doi:10.1016/j.antiviral.2019.104541, PMID 31233808, PMC 6699884 (freier Volltext) – (englisch, Falsche Bezeichnung von Orthocoronavirinae als Familie, falsche Zuordnung von Abkürzung „CoV“ (gehört zur Familie, nicht Unterfamilie) usw.): “The […] Orthocoronavirinae (CoV) family […].”
  14. ↑ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 2, Ausgabe Februar 2019, Artikelnr. 174. MDPI, 20. Februar 2019, doi:10.3390/v11020174, PMID 30791586, PMC 6409556 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 2,2 MB; abgerufen am 7. August 2020] Es wird die Unterfamilie beschrieben (= vier Gattungen etc.) und allen Coronaviren zugeordnet.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus.”
  15. ↑ Yi Fan, Kai Zhao, Zheng-Li Shi, Peng Zhou: Bat Coronaviruses in China. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 3, Ausgabe März 2019, Artikelnr. 210. MDPI, 2. März 2019, doi:10.3390/v11030210, PMID 30832341, PMC 6466186 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 1,9 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren zur Unterfamilie.): Coronavirus Taxonomy[. …] Coronaviruses (CoVs) belong to the subfamily Orthocoronavirinae in the family Coronaviridae […].
  16. ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Korrekte“ doppeldeutige Wortverwendung von „Coronaviren“ vor Existenz von Orthocoronavirinae.): “[…] a sister group to all known coronaviruses, but still within the Coronavirinae.”
  17. ↑ Ravi Shankar Singh, Abhishek Kumar Singh, Kamla Kant Shukla, Amit Kumar Tripathi: COVID-19 Pandemic: Evidences from Clinical Studies, in: J Comm Pub Health Nursing 6(4):251, 21. September 2020, ISSN 2471-9846
  18. ↑ Thomas, JE; Gronenborn, B; Harding, RM; Mandal, B; Grigoras, I; Randles, JW; Sano, Y; Timchenko, T; Vetten, HJ; Yeh, HH; Ziebell, H; ICTV Report Consortium: ICTV Virus Taxonomy Profile: Nanoviridae, in: The Journal of General Virology, 12. Januar 2021. doi:10.1099/jgv.0.001544, PMID 33433311
  19. ↑ How Llamas Wally and Winter Are Helping Scientists Find Effective COVID-19 Treatments, auf SciTechDaily vom 5. Mai 2021
  20. ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020] Falschschreibung mit »d« statt »n«.): “Coronaviridae is classified into two subfamilies, namely, Letovirinae and Orthocoronavirinae. […] Orthocoronaviridae is further classified […] (ICTV 2018).”
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