Harpoon Block 1

• RGM-84A, Block 1A: Erste Serienversion.
• RGM-84B: Modifizierte Version für die Royal Navy.
• RGM-84C, Block 1B: Das „pop-up“-Manöver wurde aus der Software entfernt, der Flugkörper fliegt sein Ziel über die gesamte Strecke knapp über der Wasseroberfläche an („sea-skimming“).
• RGM-84D, Block 1C: Durch die Verwendung des neuen JP-10-Treibstoffes wurde die Reichweite auf rund 220 km gesteigert. Neben verbesserter ECCM-Ausrüstung kann nun die Flugbahn („pop-up“ oder „sea-skimming“) vor dem Start eingestellt werden. Des Weiteren können nun Wegpunkte festgelegt werden (erfordert AN/SWG-1A-Feuer-Kontroll-System). Der Stückpreis beläuft sich auf rund 720.000 US-Dollar.

• AGM-84E Standoff Land Attack Missile (SLAM), Block 1E: Bei dieser Version handelt es sich eigentlich um eine komplette Neuentwicklung. Statt gegen Seeziele ist dieser Flugkörper für Angriffe auf Landziele ausgelegt. Hierzu wurde der abbildende Infrarotsuchkopf der AGM-65D Maverick und der Datenlink der AGM-62 Walleye in die Zelle der Harpoon eingebaut. Außer dem ersetzten Radarsucher sind fast alle Komponenten mit der Seeziel-Variante identisch. Die Endphasenlenkung erfordert ein manuelles Heranführen an das Ziel. Dazu platziert der Pilot auf seinem Display das Fadenkreuz des Suchers, um der Waffe ihren Auftreffpunkt zuzuweisen. Realisiert wird dies mit einem 2-Weg-Datenlink und dem FLIR-Sensor. Aufgrund dieser Endphasenlenkung lässt sich die SLAM nur von Flugzeugen aus einsetzen. SLAM wurde 2000 durch die SLAM-ER ersetzt.
• RGM-84F, Block 1D: Durch die Verlängerung des Treibstofftanks konnte die Reichweite weiter erhöht werden. Aufgrund der größeren Länge war keine U-Boot-gestützte Version (UGM) möglich. Die geplante Beschaffung wurde vor Produktionsbeginn jedoch aufgrund des Auseinanderbrechens der Sowjetunion gestrichen.
• RGM-84G, Block 1G: Diese Version wird seit 1995 hergestellt und ist eine Block 1C mit neuer Software. Sie verfügt auch über eine überarbeitete Steuerlogik, die es ihr erlaubt, einen fehlgeschlagenen Angriff zu wiederholen, sofern der Treibstoff noch reicht und der Suchkopf den Irrtum erkannt hat. Die 1G-Variante wird produziert, indem Flugkörper der 1C-Version modernisiert werden.

• AGM-84H Stand-off Land Attack Missile – Expanded Response (SLAM-ER): Diese Variante entstand auf Basis der AGM-84E (SLAM). Auffällig sind die sich ausklappenden Tragflächen (ähnlich wie bei der BGM-109 Tomahawk), welche die Reichweite erheblich gesteigert haben. Das neue AN/DSQ-61-Navigationssystem umfasst neben einem INS-Modul auch einen störfesten GPS-Empfänger. Auch wurde die Störfestigkeit des Daten-Link verbessert. Zur Zielerfassung in der Endphase ist ein abbildender Infrarotsuchkopf integriert, welcher resistent gegenüber lasergestützten Gegenmaßnahmen sein soll. Der Sprengkopf (WDU-40/B) hat mit 360 kg eine höhere Durchschlagskraft als der bis dahin verwendete WDU-18/B-Sprengkopf (221 kg). Auch wurde der Gefechtskopf mit Titan verstärkt, um die Effizienz gegen gehärtete Ziele (beispielsweise Bunker) zu erhöhen. Tests haben gezeigt, dass mit der SLAM-ER auch Seeziele bekämpft werden können.
• AGM-84J: Das J – Modell hat als Besonderheit ein INS sowie GPS und verbesserte ECCM-Eigenschaften.
• AGM-84K: Diese Version umfasst diverse interne Verbesserungen bei Hard- und Software für die AGM-84H. Alle momentan existierenden H-Varianten werden auf die K-Version modernisiert.
• AGM-84H/K SLAM-ER ATA: Das letzte aktuelle Update ist die ATA-Version für die H/K-Modelle. Das ATA (Automatic Target Acquisition)-Update ermöglicht es der Waffe, ihr Ziel anhand von Vergleichen der IR-Bilder mit einer internen Datenbank autonom zu identifizieren und anzufliegen. Das Upgrade wurde im Jahr 2002 für die Flotte freigegeben, die aktuellen H/K-Modelle sollen eventuell einem Update unterzogen werden. Nutzer der SLAM-ER ATA sind: Saudi-Arabien (650), Südkorea (47), Türkei (48), Vereinigte Arabische Emirate (300), Vereinigte Staaten (735).
• AGM-84L: Die L – Version weist ein GPS-unterstütztes INS und verbesserte Hardware auf.
• AGM-84N: Die N – Version besitzt einen 2-Wege-Datenlink und die Möglichkeit einen Angriff abzubrechen.

Harpoon Block II

Im Jahr 1996 bot McDonnell Douglas einige Verbesserungen des Harpoon-Designs an. Zunächst wurde das Programm als Harpoon 2000 bezeichnet, später als Harpoon Block 2. Die vorgeschlagenen Verbesserungen umfassten ein gekoppeltes GPS/INS-System, einen Radarsucher mit erweiterten ECCM-Fähigkeiten und den Einbau verschiedener SLAM-Komponenten. Der Flugkörper wurde intern als RGM-84J geführt, allerdings zeigte die United States Navy wenig Interesse und das Projekt wurde vorerst eingefroren. Man entschloss sich bei McDonnell Douglas jedoch, die Weiterentwicklung für den Exportmarkt voranzutreiben. Diese Version erhielt die Bezeichnung RGM-84L. Interessenten dieser Version sind unter anderem Ägypten, die Vereinigten Arabischen Emirate und Taiwan. Südkorea hat bereits die luftgestützte Version (AGM-84L) gekauft. Insgesamt wurden über 320 Lenkwaffen zu einem Stückpreis von rund 200.000 US-Dollar ausgeliefert. Im September 2008 beantragte Indien die Lieferung von 20 AGM-84L. Seit Juli 2009 werden alle Block-2-Harpoons mit einem verbesserten Lenksystem ausgeliefert, das unter anderem die Störfestigkeit des GPS-Empfängers verbessert.

Im Januar 2016 wurde bekannt, dass es der United States Navy bzw. dem Naval Air Systems Command gelungen sei, eine Block-2-Harpoon von einer F/A-18 aus zu starten und durch einen „network-enabled-data-link“-Austausch automatisch in ein sich bewegendes Seeziel zu lenken. Während sich der Flugkörper in der Luft befindet, werden die Zieldaten hierbei kontinuierlich aktualisiert. Mit der Fähigkeit, den Flugkörper von Flugzeugen aus einzusetzen, wird seine Reichweite damit erheblich gesteigert. Ab 2017 soll der Flugkörper in der United States Navy eingerüstet werden.

Auf Basis der Harpoon Block 2 hatte Boeing inzwischen auch eine Variante zur landgestützten Küstenverteidigung entwickelt. Diese wurde auf LKWs montiert und bot eine hohe Mobilität.

Harpoon Block III

Im Frühjahr 2007 ließ die US Navy verlauten, dass sie an einer Weiterentwicklung der AGM-84D interessiert sei. Daher wurde Boeing beauftragt, die Harpoon Block 3 zu entwickeln. Neben den Eigenschaften der Harpoon Block 2 sollte der Flugkörper mit einem neuen Datenlink (Link 16) versehen werden, der es ermöglicht hätte, die Zieldaten während des Fluges zu ändern. Des Weiteren sollten nicht näher genannte Modifikationen durchgeführt werden, welche die Leistung in küstennahen Gewässern verbessern sollten. Durch weitere Anpassungen sollte es zukünftig ebenfalls ermöglicht werden, die Harpoon aus VLS-Systemen zu starten. Alle neuen Systeme sollten so ausgelegt werden, dass sie als Upgrade in bereits existierende Harpoon Lenkwaffen hätten eingebaut werden können. Das Programm wurde im April 2009 gestrichen.