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Caudoviricetes | ||||||||||
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Caudoviricetes (von lateinisch cauda ‚Schwanz‘) ist eine Klasse von Viren, die Bakterien und Archaeen als Wirte nutzen und eine Kopf-Schwanz-Struktur besitzen, weshalb die Mitglieder der Caudoviricetes einerseits als Bakteriophagen klassifiziert, andererseits gelegentlich informell als Schwanzviren bezeichnet werden. Die Klasse umfasste bis zum März 2022 nur eine einzige vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Ordnung, Caudovirales. Diese Ordnung war 1998 von Hans-Wolfgang Ackermann aufgrund von EM-Aufnahmen der Virionen als Supergruppe aller geschwänzten Bakteriophagen vorgeschlagen worden, was in der Folge vom ICTV bestätigt wurde. Die klassische Unterteilung dieser Gruppe in Familien erfolgte ebenfalls hauptsächlich aufgrund der genauen Morphologie des am Kapsid sitzenden Schwanzstückes:
- Myoviren (englisch myoviruses, ehemalige Familie Myoviridae): Morphotyp A: langes kontraktiles Schwanzstück
- Siphoviren (en. siphoviruses, ehemalige Familie Siphoviridae): Morphotyp B: langes nicht-kontraktiles Schwanzstück
- Podoviren (en. podoviruses, ehemalige Familie Podoviridae): Morphotyp C: kurzes nicht-kontraktiles Schwanzstück.
In zunehmendem Maße erlangen aber Gen- und Genom- bzw. Proteom-Vergleiche für die Taxonomie an Bedeutung. Es zeigte sich dabei, dass diese drei traditionellen morphologisch begründeten Familien nicht monophyletisch waren. Dies hatte zur Folge, dass Genomsequenzen (sog. Contigs) aus der Metagenomik im bestehenden System – mit fehlender Information über die Morphologie – nicht zugeordnet werden konnten.
Um dieses Problem zu lösen, hatte das ICTV zunächst verschiedene Gruppen aus diesen herkömmlichen Familien – zunächst formell noch innerhalb der damaligen Ordnung Caudovirales – in neue geschaffene Familien verschoben, darunter die Ackermannviridae, Autographiviridae, Chaseviridae, Demerecviridae und Herelleviridae.
Im März 2021 resultierten diese Bestrebungen in dem Vorschlag einer kompletten Reorganisation der Klasse unter Abschaffung der bisherigen Ordnung Caudovirales; sowie der Auflösung der damaligen polphyletischen Familien (Myoviridae, Podoviridae und Siphoviridae), wobei diese durch neue monophyletische Familien ersetzt werden und nur noch informall als nicht-taxonomische Gruppen zur morphologischen Klassifizierung (Morphotypen) bestehen bleiben.
Diesen Vorschlag hat das ICTV dann im März 2022 vollständig umgesetzt. Die Ordnung Caudovirales wurde aufgelöst. Der Klade der aus der Metagenomik identifizierten crAss-like phages wurde dabei gemäß Vorschlag der Rang einer Ordnung Crassvirales gegeben und noch weitere Ordnungen eingerichtet. Neben den oben genannten bereits aus den herkömmlichen drei Familien (Morphotypen) ausgegliederten Familien wurden dabei weitere Familien definiert, etliche Unterfamilien verblieben aber zunächst noch ohne Familienzuordnung.
Genom
Das Genom der Caudoviricetes ist unsegmentiert (monopartit), d. h. es besteht aus einem einzigen Molekül einer (gewöhnlich) doppelsträngigen DNA mit einer Größe von 18 bis 500 kBp (Kilobasenpaare). Es ist bei den klassischen Myo-, Sipho- und Podoviren linear, kann aber (wie bei den Crassvirales, en. crAss-like phages) auch als eine ringförmig geschlossene (zirkuläre) DNA vorliegen.
Neben den üblichen Nukleotiden des genetischen Codes besitzen die Caudoviricetes auch modifizierte, z. B. glykosylierte Basen (d. h. mit angehängten zusätzlichen Zuckerresten) oder 5-Hydroxymethylcytosin an Stelle von Cytosin. Die DNA befindet sich in einem 45 bis 170 nm im Durchmesser großen ikosaedrischen Kapsid aus meist 72 Kapsomeren; das Schwanzstück kann bis zu 230 nm lang sein.
Das Genom kodiert für 27 bis über 600 Gene, deren Anordnung stark variiert. Das Genom kann von einzelsträngigen Lücken durchbrochen sein und im linearen Fall kovalent gebundene terminale Proteine besitzen. Im Bakterium können diese Caudoviricetes in das Nukleoid integrieren (Prophage) oder als lineares bzw. zirkuläres Plasmid in der Zelle verbleiben. Die Anzahl der isolierten Genome ist verhältnismäßig hoch, da die Caudoviricetes einem ständigen genetischen Austausch zwischen viralem und bakteriellem Genom wie auch dem horizontalen Austausch als Plasmid zwischen Bakterien unterliegen (siehe horizontaler Gentransfer). Es entsteht so eine Vielzahl von so genannten „Mosaiktypen“.
Verbreitung
Die Caudoviricetes sind stammesgeschichtlich sehr alte Viren mit großen Populationsvarianten und weltweiter Verbreitung. Man schätzt, dass sich etwa 1031 Virionen der Caudoviricetes in der Biosphäre befinden, die aneinandergelegt einer Strecke von 2×108 Lichtjahren entsprächen. Die Caudoviricetes machen den überwiegenden Anteil des Virioplanktons in den Meeren und Gewässern aus.
Systematik
Mit Stand Ende April 2023 kennt das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) die folgende Familien und Unterfamilien (ergänzt um einige Vorschläge in doppelten Anführungszeichen), wobei etliche Gattungen, Unterfamilien und Familien noch ohne Zuordnung sind:
Klasse Caudoviricetes
- Ordnung Crassvirales – Klade crAss-like phages mit zirkulärem Genom, ursprünglich als Mitglieder der ehemaligen Familie Podoviridae vorgeschlagen.
- Familie Crevaviridae
- Unterfamilie Coarsevirinae
- Unterfamilie Doltivirinae
- Familie Intestiviridae
- Unterfamilie Churivirinae
- Unterfamilie Crudevirinae mit Gattung Carjivirus (Prototyp-Spezies Carjivirus communis, früher Carjivirus crAssphage mit Phage cr5_ERR589774 und Spezies C. hominis)
- Unterfamilie Obtuvirinae
- Familie Steigviridae
- Unterfamilie Asinivirinae
- Familie Suoliviridae
- Unterfamilie Bearivirinae
- Unterfamilie Boorivirinae
- Unterfamilie Loutivirinae
- Unterfamilie Oafivirinae
- Unterfamilie Uncouvirinae
- Familie Crevaviridae
- Ordnung Juravirales (Wirte: Ammoniak-oxidierende marine Archaeen der Klasse Nitrososphaeria)
- Familie Yangangviridae
- Gattung Mathaucavirus mit Spezies M. yangshanense
- Gattung Nohelivirus mit Spezies N. yangshanense
- Gattung Senitvirus mit Spezies S. yangshanense
- Familie Yanlukaviridae
- Gattung Sweetvirus mit Spezies S. yangshanense
- Familie Yangangviridae
- Ordnung Kirjokansivirales (Archaeen-Viren der Halobacteria mit Kopf-Schwanz-Struktur)
- Familie Graaviviridae (früher Flexireviridae)
- Familie Haloferuviridae
- Familie Pyrstoviridae
- Familie Shortaselviridae
- Ordnung Magrovirales (Magroviren)
- Familie Aoguangviridae
- Gattung Aobingvirus, mit Spezies A. yangshanense
- Familie Aoguangviridae
- Ordnung Methanobavirales (Archaeen-Viren der Methanbildner mit Kopf-Schwanz-Struktur, Siphoviren)
- Familie Anaerodiviridae
- Familie Leisingerviridae (früher zu Siphoviridae)
- Nakonvirales
- Ahpuchviridae
- Ekchuahviridae
- Ordnung Thumleimavirales (Archaeen-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur)
- Familie Druskaviridae (veraltet Queuoviridae, Siphoviren)
- Familie Hafunaviridae (Myoviren, ehem. Myoviridae)
- Familie Halomagnusviridae (Myoviren)
- Familie Soleiviridae (Myoviren)
- ohne Ordnungszuweisung (Stand Ende 2022):
- Morphotyp A: Myoviren (englisch myoviruses)
- Familie Ackermannviridae
- Unterfamilie Aglimvirinae
- Unterfamilie Cvivirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (7 Gattungen)
- Familie Chaseviridae
- Unterfamilie Cleopatravirinae
- Unterfamilie Nefertitivirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (0 Gattungen)
- Familie Kyanoviridae (45 Gattungen)
- Familie Peduoviridae (52 Gattungen, ehemalige Myoviridae-Unterfamilie Peduovirinae)
- Familie Straboviridae
- Unterfamilie Emmerichvirinae
- Unterfamilie Tevenvirinae
- Unterfamilie Twarogvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (14 Gattungen)
- Familie Vertoviridae (2 Gattungen)
- Familie Winoviridae (2 Gattungen)
- keiner Familie zugeordnet
- Unterfamilie Ceeclamvirinae
- Unterfamilie Eucampyvirinae
- Unterfamilie Gorgonvirinae
- Unterfamilie Kantovirinae
- Unterfamilie Ounavirinae
- Unterfamilie Stephanstirmvirinae
- Unterfamilie Vequintavirinae
- Familie Ackermannviridae
- Morphotyp B: Siphoviren (englisch siphoviruses)
- Familie Assiduviridae (3 Gattungen)
- Familie Casjensviridae
- Familie Demerecviridae
- Unterfamilie Ermolyevavirinae
- Unterfamilie Markadamsvirinae
- Unterfamilie Mccorquodalevirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (5 Gattungen)
- Familie Drexlerviridae
- Unterfamilie Braunvirinae
- Unterfamilie Rogunavirinae
- Unterfamilie Tempevirinae
- Unterfamilie Tunavirinae
- Familie Duneviridae
- Familie Forsetiviridae, ehemalige Unterfamilie Bclasvirinae
- Familie Herelleviridae
- Unterfamilie Bastillevirinae
- Unterfamilie Brockvirinae
- Unterfamilie Jasinkavirinae
- Unterfamilie Spounavirinae
- Unterfamilie Twortvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (8 Gattungen)
- Familie Madisaviridae
- ohne zugewiesene Unterfamilie
- Gattung Clampvirus
- Spezies Clampvirus HHTV1 (mit Stamm HHTV-1)
- Gattung Clampvirus
- ohne zugewiesene Unterfamilie
- Familie Mesyanzhinovviridae
- Unterfamilie Bradleyvirinae
- Unterfamilie Rabinowitzvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (1 Gattung)
- Familie Naomviridae (1 Gattung)
- Familie Orlajensenviridae
- Unterfamilie Pelczarvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (0 Gattungen)
- Familie Saparoviridae (Archaeenviren)
- ohne zugewiesene Unterfamilie
- Gattung Halohivirus
- Spezies Halohivirus HHTV2 (mit Stamm HHTV-2)
- Gattung Samsavirus
- Spezies Samsavirus HCTV2 (mit Stämmen HCTV-2 und HHTV2)
- Gattung Halohivirus
- ohne zugewiesene Unterfamilie
- Familie Verdandiviridae
- Gattung Dolusvirus mit Spezies D. pacificense (Stamm Lokiarchaeia virus VerdaV4) und D. shimokitaense (Stamm Lokiarchaeia virus VerdaV1)
- Gattung Tonitrusvirus mit Spezies T. shimokitaense (Stamm Thorarchaeia virus VerdaV2)
- Familie Vilmaviridae
- Unterfamilie Lclasvirinae
- Unterfamilie Mclasvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (2 Gattungen)
- Familie Zierdtviridae
- Unterfamilie Emilbogenvirinae
- Unterfamilie Toshachvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (0 Gattungen)
- „Suviridae“
- ohne zugewiesene Unterfamilie oder Gattung
- Spezies „Halomonas phage vB_HmeY_H4907“
- ohne zugewiesene Unterfamilie oder Gattung
- keiner Familie zugeordnet
- Unterfamilie Andrewesvirinae
- Unterfamilie Arquatrovirinae
- Unterfamilie Azeredovirinae
- Unterfamilie Bclasvirinae
- Unterfamilie Boydwoodruffvirinae
- Unterfamilie Bronfenbrennervirinae
- Unterfamilie Chebruvirinae
- Unterfamilie Dclasvirinae
- Unterfamilie Deejayvirinae
- Unterfamilie Dolichocephalovirinae
- Unterfamilie Gclasvirinae
- Unterfamilie Gochnauervirinae
- Unterfamilie Gracegardnervirinae
- Unterfamilie Guernseyvirinae
- Unterfamilie Gutmannvirinae
- Unterfamilie Hendrixvirinae
- Unterfamilie Langleyhallvirinae
- Unterfamilie Mccleskeyvirinae
- Unterfamilie Nclasvirinae
- Unterfamilie Nymbaxtervirinae
- Unterfamilie Pclasvirinae
- Unterfamilie Queuovirinae
- Unterfamilie Ruthgordonvirinae
- Unterfamilie Skryabinvirinae
- Unterfamilie Trabyvirinae
- Unterfamilie Tybeckvirinae
- Unterfamilie Weiservirinae
- Morphotyp C: Podoviren (englisch podoviruses)
- Familie Autographiviridae
- Unterfamilie Beijerinckvirinae
- Unterfamilie Colwellvirinae
- Unterfamilie Corkvirinae
- Unterfamilie Krylovirinae
- Unterfamilie Melnykvirinae
- Unterfamilie Molineuxvirinae
- Unterfamilie Okabevirinae
- Unterfamilie Slopekvirinae
- Unterfamilie Studiervirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (70 Gattungen)
- Familie Guelinviridae
- Unterfamilie Denniswatsonvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (2 Gattungen)
- Familie Pachyviridae (3 Gattungen)
- Familie Rountreeviridae
- Unterfamilie Rakietenvirinae
- Unterfamilie Sarlesvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (2 Gattungen)
- Familie Pervagoviridae
- Familie Salasmaviridae
- Unterfamilie Northropvirinae
- Unterfamilie Picovirinae
- Unterfamilie Tatarstanvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (5 Gattungen)
- Familie Schitoviridae
- Unterfamilie Enquatrovirinae
- Unterfamilie Erskinevirinae
- Unterfamilie Fuhrmanvirinae
- Unterfamilie Humphriesvirinae
- Unterfamilie Migulavirinae
- Unterfamilie Pontosvirinae
- Unterfamilie Rhodovirinae
- Unterfamilie Rothmandenesvirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (22 Gattungen)
- Familie Zobellviridae
- Unterfamilie Cobavirinae
- ohne zugewiesene Unterfamilie (6 Gattungen)
- keiner Familie zugeordnet
- Unterfamilie Beephvirinae
- Unterfamilie Eekayvirinae
- Unterfamilie Sepvirinae
- Vorschläge ohne zugewiesene Familien- oder Unterfamilienzuordnung
- Gattung „Alteavirus“ (mögliche Schwesterklade der Schitoviridae)
- Familie Autographiviridae
- für die ehemalige Ordnung Caudovirales vorgeschlagene Familien von prokaryotischen dsDNA-Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau ohne zugewiesenen Morphotyp
- Familie Aggregaviridae
- Familie „Flandersviridae“
- Familie „Gratiaviridae“
- Familie „Quimbyviridae“
- Familie „Saltoviridae“
- Gattungen ohne Familienzuordnung
- Gattung Lilyvirus
- Gattung „Chungbukvirus“ – war früher den Siphoviridae zugeordnet, weicht laut ICTV erheblich von diesen ab und hat Gemeinsamkeiten mit den Myoviridae; sie wird mit ihren Spezies vom ICTV aktuell nicht gelistet (wg. unvollständiger Genom-Daten).
- Spezies „Pseudomonas-Virus Ptobp6g“ (Typus) (mit „Pseudomonas-Phage phi_Pto-bp6g“)
- Spezies ohne Gattungszuordnung
- Spezies „Streptococcus-Phage ω1“ (alias „Pneumococcus phage ω1“, auch „ω-1“)
- Morphotyp A: Myoviren (englisch myoviruses)
- ohne Zuordnung zu einer Ordnung oder einer der drei obigen Morphotypen:
- Familie Helgolandviridae
- Gattung Leefvirus
- Spezies Polaribacter-Virus Leef (wiss. Leefvirus Leef)
- Gattung Leefvirus
- Familie Madisaviridae
- Gattung Clampvirus
- Spezies Clampvirus HHTV1 (früher Halovirus HHTV-1)
- Gattung Clampvirus
- Familie Molycolviridae
- Gattung Mollyvirus – zu unterscheiden von der vorgeschlagenen Gattung „Mollivirus“ (Mimiviridae)
- Spezies Maribacter-Virus Colly (wiss. Mollyvirus colly)
- Spezies Maribacter-Virus Molly (wiss. Mollyvirus molly)
- Gattung Mollyvirus – zu unterscheiden von der vorgeschlagenen Gattung „Mollivirus“ (Mimiviridae)
- Klade „Gubaphagen“: Camarillo-Guerrero, Almeida et al. beschreiben 2019/2020 die Ergebnisse ihrer Metagenomanalysen der menschlichen Darmflora hinsichtlich Bakteriophagen. Sie machen dabei eine neue Klade, genannt „Gubaphagen“ (englisch Gut Bacteroidales phage, „Gubaphage clade“) (mit zwei Gattungen, G1 – infiziert Bacteroides und G2 – infiziert Parabacteroides) aus, die nach den crAssphagen die zweithäufigsten Viren (d. h. Bakteriophagen) in dieser Umgebung darstellen. Die Merkmale der Gubaphagen erinnern dabei an die von „p-crAssphage“. Wegen der Ähnlichkeiten mit den crAssphagen sind dies wahrscheinlich ebenfalls Mitglieder der Caudoviricetes (oder gar Crassvirales?).
- Gattung „Pyrovirus“ – Wirte: Bakterien der Aquificae
- Spezies „Thermocrinis Octopus Spring virus“ (TOSV), Isolat OS3173 – Wirt: Thermocrinis (Aquificae), Fundort: Octopus Spring (Yellowstone-Nationalpark), nicht zu verwechseln mit Toskana-Virus (TOSV)
- Spezies „Thermocrinis Great Boiling Spring virus“ (TGBSV), Isolat GBS41 – Wirt: Thermocrinis (Aquificae), Fundort: Great Boiling Spring (GBS), Nevada
- Spezies „Aquificae Joseph’s Coat Spring Virus“ (AJCSV), Isolat JC39 − Fundort: Joseph’s Coat Spring und Calcite Spring
- Spezies „Aquificae Conch Spring Virus“ (ACSV), Isolat Conch37 – Fundort: [Iron] Conch Spring im Shoshone Geyser Basin (Yellowstone-Nationalpark)
- ohne Zuordnung zu einem Taxon oder einer (oben genannten) Klade:
- „Hydrogenobaculum phage HP1“ naher verwandt mit der vorgeschlagenen Gattung „Pyrovirus“
- „Escherichia-Phage P4“ ist ein Satellitenvirus, das den Coliphagen P2 (Myoviren, Gattung Peduovirus) als Helfervirus benötigt, d. h. ein Satellitenphage.
- Familie Helgolandviridae
Galerie
- Teseptimavirus, Autographiviridae
- Pseudomonas-Virus gh1, Autographiviridae
- Tequintavirus, Demerecviridae
- Tunavirus, Drexlerviridae
- Clostridium-Phage CPS2, Guelinviridae
- Okubovirus, Herelleviridae
- Twortvirus, Herelleviridae
- Nodensvirus spm2 Synechococcus-Phage S-PM2, Kyanoviridae
- Escherichia phage T4, Straboviridae
- Phikzvirus, Myoviren
- Schizotequatrovirus, Straboviridae
- Lederbergvirus, Podoviren
- Bruynoghevirus, Podoviren
- Phage CSA13, Rountreeviridae
- Salasvirus, Salasmaviridae
- Bacillus-Virus Goe4, Salasmaviridae
- Roseovarius-Virus RPP1, Schitoviridae
- Staphylococcus-aureus-Phage 3A, Schitoviridae
- Escherichia-Phage λ, Siphoviren
- Lentibacter-Virus ICBM1, Zobellviridae
- Lentibacter-Virus ICBM2, Zobellviridae
Anmerkungen
- ↑ Im Oktober 2023 das tiefste je gefundene Virus (Marianengraben). Wirt: Halomonas meridiana H4907.
Literatur
- C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego / London 2004.
- Bernard N. Fields, David M. Knipe, Peter Howley (Hrsg.): Fields Virology. 4. Auflage. Philadelphia 2001.
Weblinks
Maßgebliche Instanz ist das International Committee on Taxonomy of Viruses, viele der anderen Datenbanken haben derzeit (12. April 2022) dessen aktuellen Stand der Master Species List (MSL) #37, freigegeben Ende März 2022, noch nicht eingepflegt:
- ICTV: Taxonomy inklusive Browser.
- NCBI Taxonomy Bowser: Caudoviricetes (Liste); Details: Caudoviricetes (class) – Ordnungen, Familien und Unterfamilien bzw. Gattungen.
- SIB: Double Stranded DNA Viruses §Head-Tail viruses.
- Virusmap: Caudovirales
Einzelnachweise
- 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
- ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
- 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2021.v1, New MSL including all taxa updates since the 2020 release, March 2022 (MSL #37)
- 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
- ↑ NCBI: Bacillus phage Gamma (species)
- 1 2 3 4 5 Dann Turner, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy, in: MDPI Viruses Band 13, Nr. 3, Section Bacterial Viruses, 18. März 2021, 506, doi:10.3390/v13030506
- ↑ crAss-like phages/viruses (clade) NCBI
- ↑ crAss-like phages. SIB. Double Strand DNA Viruses. ViralZone
- ↑ Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: The crAss-like Phage Group: How Metagenomics Reshaped the Human Virome. In: Trends in Microbiology, Band 28, Nr. 5, 28. Februar/1. Mai 2020, S. 349–359, doi:10.1016/j.tim.2020.01.010
- ↑ A. N. Shkoporov, S. R. Stockdale, E. M. Adriaenssens, N. Yutin, E. V. Koonin, B. E. Dutilh, M. Krupovic, R. A. Edwards, I. Tolstoy, C. Hill: 2020.039B.Ud.v1.Crassvirales.docx (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im März 2023. Suche in Webarchiven.) Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis., 2020.039B.Ud.v1.Crassvirales.xlsx (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im März 2023. Suche in Webarchiven.) Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis., Proposal: Create one new order (Crassvirales) including six new families, ten new subfamilies, 78 new genera and 279 new species. 6. Dezember 2020
- ↑ Andrey N. Shkoporov et al. (crAss-like phages Study Group): Proposal 2021.022B. Create one new order (Crassvirales) including four new families, ten new subfamilies, 42 new genera and 73 new species (Caudoviricetes). Stand: 13. Mai 2021.
- ↑ NCBI: uncultured crAssphage (species)
- ↑ Ajeng K. Pramono, Hirokazu Kuwahara, Takehiko Itoh, Atsushi Toyoda, Akinori Yamada, Yuichi Hongoh: Discovery and Complete Genome Sequence of a Bacteriophage from an Obligate Intracellular Symbiont of a Cellulolytic Protist in the Termite Gut. In: Microbes and Environments. 32. Jahrgang, Nr. 2, 2017, ISSN 1342-6311, S. 112–117, doi:10.1264/jsme2.ME16175, PMID 28321010, PMC 5478533 (freier Volltext) – (englisch).
- ↑ CrAssphage: Previously Unknown Ancient Gut Virus Lives in Half World’s Population, auf: sci-news vom 11. August 2014 (englisch)
- 1 2 Yuguang Zhou, Mart Krupovic, Yulin Wang: Create two new orders, Juravirales and Magrovirales, including two and one new families of marine archaeal viruses, respectively. Proposal 2022.003A, Oktober 2022. Memento im Webarchiv vom 8. März 2023.
- 1 2 3 Y. Liu et al. (ICTV Archaeal Viruses Subcommittee): Proposal 2021.001A (zip:docx). Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses. Oktober 2020.
- ↑ Rafael Laso-Pérez, Fabai Wu, Antoine Crémière, Daan R. Speth, John S. Magyar, Mart Krupovic, Victoria J. Orphan: Create three new orders and 5 new families of viruses associated with methanotrophic archaea. Vorschlag 2022.001A vom Mai 2022. Memento im Webarchiv vom 8. März 2023.
- ↑ SIB: Ackermannviridae, auf: ViralZone
- 1 2 Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018–2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee. In: Archives of Virology, 165, 11. März 2020, S. 1253–1260, doi:10.1007/s00705-020-04577-8, PDF (PDF)
- ↑ B. Rihtman et al. (ICTV Bacterial Viruses Subcommittee): Proposal 2021.056B. Create one new family Naomiviridae including one new genus (Caudoviricetes)
- ↑ ICTV: The Master Species List: A Spreadsheet of Current Taxonomy, §ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx). 8. April 2023.
- ↑ S. Medvedeva, J. Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, T. Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: (zip:docx): Create one new order, ‘Atroposvirales’ and two new families, ‘Verdandiviridae’ and ‘Skuldviridae’ for classification of viruses of Asgardarchaeota. Oktober 2021.
- 1 2
Yue Su, Wenjing Zhang, Yantao Liang, Hongmin Wang, Yundan Liu, Kaiyang Zheng, Ziqi Liu, Hao Yu, Linyi Ren, Hongbing Shao, Yeong Yik Sung, Wen Jye Mok, Li Lian Wong, Yu-Zhong Zhang, Andrew McMinn, Min Wang: Identification and genomic analysis of temperate Halomonas bacteriophage vB_HmeY_H4907 from the surface sediment of the Mariana Trench at a depth of 8,900 m. In: ASM Journals: Microbiology Spectrum (Bacteriophages), 20. September 2023; doi:10.1128/spectrum.01912-23 (englisch). Dazu:
- Tessa Koumoundouros: Deepest Bacteria-Infesting Virus Ever Found Pulled From The Mariana Trench. Auf: sciencealert vom 1. Oktober 2023.
- ↑ NCBI: Halomonas phage vB_HmeY_H4907 (species).
- 1 2 Luis Fernando Camarillo Guerrero: Integrative Analysis of the Human Gut Phageome Using a Metagenomics Approach. Doktorarbeit, Gonville & Caius College, University of Cambridge, August 2020, doi:10.17863/CAM.63973.
- 1 2 ICTV: Proposals ratification list 2021 (Memento des vom 11. April 2021 im Internet Archive) Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.
- ↑ ICTV: Bacterial and archaeal virus proposals (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im März 2023. Suche in Webarchiven.) Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis. (zip): 2020.146B.R.Schitoviridae.xlsx
- 1 2 3 Sean Benler, Natalya Yutin, Dmitry Antipov, Mikhail Raykov, Sergey Shmakov, Ayal B. Gussow, Pavel Pevzner, Eugene V. Koonin: Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes (PDF) auf: bioRxiv, Preprint vom 7. Oktober 2020, doi:10.1101/2020.10.07.330464
- ↑ ICTV: 2018.139B.Ud.v1.Saltoviridae.xlsx, ICTV Proposals: Saltoviridae, vom 27. August 2018
- ↑ ICTV: ICTV Taxonomy history: Chungbukvirus, ICTV Taxonomy History
- ↑ NCBI: Pseudomonas virus Ptobp6g (species)
- ↑ NCBI: Pseudomonas phage phiPto-bp6g (no rank) NCBI
- ↑ Jean-Gerard Tiraby, E. Tiraby, M. S. Fox: Pneumococcal bacteriophages. In: Virology Band 68, Dezember 1975, S. 566–569, doi:10.1016/0042-6822(75)90300-1, PMID 844.
- ↑ Rubens López López: Streptococcus pneumoniae and its bacteriophages: one long argument. In: Int. Microbiol. 7. Jahrgang, Nr. 3, 2004, S. 163–71, PMID 15492930 (englisch). freier Volltext (PDF) Memento im Web-Archiv, 9. August 2017
- ↑ Rubens López, Ernesto García: Recent trends on the molecular biology of pneumococcal capsules, lytic enzymes, and bacteriophage, Oxford Academic FEMS Microbiology Reviews. Band 28, Nr. 5, 1. November 2004, S. 554–580, doi:10.1016/j.femsre.2004.05.002 (Freier Volltext).
- ↑ NCBI: Polaribacter phage Leef (species)
- ↑ NCBI: Halovirus HHTV-1 (species)
- ↑ NCBI: Maribacter phage Colly (species)
- ↑ NCBI: Maribacter phage Molly (species)
- ↑
Luis Fernando Camarillo-Guerrero, Alexandre Almeida, Guillermo Rangel-Pineros, Robert D. Finn, Trevor D. Lawley: Massive expansion of human gut bacteriophage diversity. In: Cell Resource, Band 184, Nr. 4, S. 1098–1109.e9, 18. Februar 2021, doi:10.1016/j.cell.2021.01.029. PrePrint vom 3. September 2020: bioRxiv, Europe PMC, doi:10.1101/2020.09.03.280214. Dazu:
- Martin Vieweg: Tausende Virenarten der Darmflora entdeckt. wissenschaft.de, 18. Februar 2021 (deutsch)
- Daniel Lingenhöhl: Virobiom: Darm beherbergt zehntausende unbekannte Virenarten. spektrum.de vom 19. Februar 2021 (deutsch)
- Peter Dockrill: Scientists Find 140,000 Virus Species in The Human Gut, And Most Are Unknown. sciencealert, 28. Februar 2021 (englisch)
- Biologists Find Almost 143,000 Bacteriophage Species in Human Gut. sci-news, 19. Februar 2021 (englisch)
- Scientists identify more than 140,000 virus species in the human gut. ScienceDaily, 18. Februar 2021 (englisch)
- 1 2 Marike Palmer, Brian P. Hedlund, Simon Roux, Philippos K. Tsourkas, Ryan K. Doss, Casey Stamereilers, Astha Mehta, Jeremy A. Dodsworth, Michael Lodes, Scott Monsma, Tijana Glavina Del Rio, Thomas W. Schoenfeld, Emiley A. Eloe-Fadrosh, David A. Mead: Diversity and Distribution of a Novel Genus of Hyperthermophilic Aquificae Viruses Encoding a Proof-Reading Family-A DNA Polymerase. In: Frontiers in Microbiology: Sec. Extreme Microbiology, Extremophiles: Microbial Genomics and Taxogenomics, Band 11, 12. November 2020, Nr. 583361 (eCollection 2020); doi:10.3389/fmicb.2020.583361, PMID 33281778, PMC 7689252 (freier Volltext), ResearchGate. Siehe insbesondere on image to zoom&p=PMC3&id=7689252_fmicb-11-583361-g001.jpg Fig. 1 und Supplement Data Sheet 1 (PDF).
- ↑ Rafael R. de la Haba, André Antunes,, Brian P. Hedlund: Editorial: Extremophiles: Microbial genomics and taxogenomics. In: Frontiers in Microbiology: Sec. Extreme Microbiology, Extremophiles: Microbial Genomics and Taxogenomics, Band 13, 2. August 2022; doi:10.3389/fmicb.2022.984632, PMID 35983330, PMC 9379316 (freier Volltext).
- ↑ Luke J. McKay, Olivia D. Nigro, Mensur Dlakić, Karen M. Luttrell, Douglas B. Rusch, Matthew W. Fields, William P. Inskeep: Sulfur cycling and host-virus interactions in Aquificales-dominated biofilms from Yellowstone’s hottest ecosystems. In: Nature: The ISME Journal, Band 16, 14. Oktober 2021, S. 842–855; doi:10.1038/s41396-021-01132-4.
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- ↑ Josephs Coat Springs (Quellen) und Joseph’s Coat Spring (Zeltplatz). Auf: Mapcarta (de).
- ↑ Calcite Springs Overlook in Yellowstone National Park. Auf: ProArtInc.
- ↑ Calcite Springs. Auf: Mapcarta (de).
- ↑ Shoshone Geyser Basin, North Group - page 2. Auf: Volcanic Springs.
- ↑ Renata Filipa Cruz de Matos: Enterococcus faecalis V583 prophages: Dynamic interactions and contribution to bacterial pathogenic traits (PDF; 10 MB) Dissertation, Universidade Nova de Lisboa (UNL), Juli 2013.
- ↑ NCBI: Phage P4 satellite (no rank)
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