Die Saison 2006/07 der Oberliga Nordost war die 16. Spielzeit der Fußball-Oberliga Nordost und die 13. als vierthöchste Spielklasse in Deutschland. Wie in der Vorsaison 2005/06 bestanden die beiden Staffeln (Nord und Süd) aus jeweils 16 Mannschaften. Auch die Auf- und Abstiegsregelungen blieben die gleichen wie in der Vorsaison. Demnach stiegen die jeweils Erstplatzierten der beiden Staffeln in die Regionalliga auf. Außerdem gab es zwei feste Absteiger pro Staffel sowie zwei Relegationsspiele zwischen den jeweils drittletzten der beiden Staffeln zur Ermittlung eines fünften Absteigers in die Verbandsligen bzw. in die Landesligen (in Sachsen und Thüringen).

Staffel Nord

In dieser Saison kam kein Regionalliga-Absteiger in die Nordstaffel, so wurde diese nur durch die drei Aufsteiger aus den Verbandsligen verstärkt. Aus der Berlin-Liga qualifizierte sich der Lichterfelder FC für die Oberliga, aus der brandenburgischen Verbandsliga kam der SV Germania 90 Schöneiche dazu und aus der Verbandsliga Mecklenburg-Vorpommern stieg nach nur einem Jahr Abwesenheit der FC Schönberg 95 auf.

Der SV Babelsberg 03 wurde mit elf Punkten Vorsprung souverän Herbstmeister der Nordstaffel vor Tennis Borussia Berlin mit 31 Zählern und F.C. Hansa Rostock II mit 28 Punkten. Auf den Abstiegsrängen überwinterten der MSV Neuruppin mit acht Punkten und der FV Motor Eberswalde mit zehn Punkten. Auf dem Relegationsplatz stand zur Halbzeit der Saison der punktgleiche BFC Dynamo mit neun Toren Vorsprung vor Eberswalde.

Am Ende der Saison war der Vorsprung Babelsbergs zwar auf sechs Punkte geschrumpft, doch die Meisterschaft war zu keinem Zeitpunkt der Saison gefährdet. Schon seit dem zweiten Spieltag standen die Potsdamer auf dem ersten Platz. Somit konnte der Verein den Aufstieg in die Regionalliga feiern, nachdem er in den letzten drei Saisons zweimal Dritter und einmal Zweiter geworden war.

Der FC Schönberg qualifizierte sich zwar sportlich für die Folgesaison 2007/08, beantragte für diese aber aus finanziellen Gründen keine Lizenz und stand damit als erster Absteiger fest. Davon profitierte der SV Yeşilyurt Berlin, der eigentlich in der Relegation gegen den drittletzten der Südstaffel um den Verbleib in der Oberliga gespielt hätte und diesen nun direkt erreichte. Der MSV Neuruppin, trat nun anstelle Yeşilyurts in der Relegation an anstatt direkt abzusteigen.

Staffel Süd

Zu Saisonbeginn kam der Regionalligaabsteiger Chemnitzer FC in die Südstaffel. Aus der sächsischen Landesliga stieg der FSV Zwickau auf. Der SV Dessau 05 kam aus der Verbandsliga Sachsen-Anhalt dazu und aus der Landesliga Thüringen qualifizierte sich die zweite Mannschaft des FC Carl Zeiss Jena für die Oberliga.

Herbstmeister der Südstaffel wurde der FC Eilenburg mit einem Punkt Vorsprung vor Energie Cottbus II und dem Chemnitzer FC mit jeweils 32 Punkten. Eilenburg war am 15 Spieltag an Cottbus vorbeigezogen, nachdem die Lausitzer bis dahin durchgehend auf dem ersten Platz standen. Auf den Abstiegsrängen überwinterten der FC Rot-Weiß Erfurt II mit acht Punkten und der VfB Auerbach mit zehn Punkten. Auf dem Relegationsplatz stand zur Saisonmitte der FV Dresden-Nord mit dreizehn Punkten.

Am Saisonende sicherte sich die zweite Mannschaft Cottbus’ die Meisterschaft und damit den Aufstieg in die Regionalliga mit vier Punkten Vorsprung auf den Chemnitzer FC. Die Cottbuser hatten vom 19. Spieltag an wieder durchgehend auf dem Aufstiegsplatz gestanden. Dritter wurde der Herbstmeister Eilenburg mit zwei Punkten Rückstand auf die zweitplatzierten Westsachsen. Nach zwei Jahren Zugehörigkeit stieg die zweite Mannschaft des FC Rot-Weiß Erfurt mit nur neunzehn Punkten ab, nachdem sie schon seit dem fünften Spieltag einen Abstiegsplatz belegt hatten. Als zweiter Absteiger musste der Vorjahresaufsteiger SV Dessau 05 mit 26 Punkten die Oberliga wieder verlassen. Mit dem FC Carl Zeiss Jena II spielte ein weiterer Vorjahresaufsteiger in der Relegation gegen den Drittletzten der Nordstaffel um den Verbleib in der Liga.

Zum Ende der Saison benannte sich der FV Dresden-Nord in SC Borea Dresden um.

Relegation

Die Relegationsspiele um den Klassenerhalt bestritten der MSV Neuruppin aus der Nord- und der FC Carl Zeiss Jena II aus der Süd-Staffel. Nach dem 0:0 im Hinspiel in Neuruppin und dem 2:2 im Rückspiel in Jena hätte der MSV Neuruppin zwar auf Grund der Auswärtstorregel den Klassenerhalt geschafft, doch der Verein verzichtete nach der Saison auf die Teilnahme an der Oberliga zur 2007/08. Dadurch konnten die Thüringer doch noch den Klassenerhalt feiern.