1903 bis 1945

Am 13. Mai 1903 wurde der Fußball-Klub der Firma Carl Zeiß Jena gegründet. Ihm gehörten anfangs ausschließlich Angestellte der Firma Carl Zeiss an. Zum 1. Juli 1904 wurde die Mitgliedschaft der Allgemeinheit zugängig gemacht.

In der Gau-Meisterschaft Ostthüringen war der Klub dominierend. Zwischen 1909 und 1933 gewann er zwölfmal die Meisterschaft Ostthüringens. Nach Gründung der Gauliga Mitte 1933 wurde der 1. SV Jena viermal (1935, 1936, 1940 und 1941) Meister der Gauliga Mitte. In dieser Zeit hatte er mehrere Nationalspieler in seinen Reihen. Der erste Jenaer Auswahlspieler war Willy Krauß, der am 26. März 1911 mit der deutschen Nationalmannschaft 6:2 gegen die Schweiz gewann.

1945 bis 1991

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden in der Sowjetischen Besatzungszone alle Vereine verboten. 1946 wurde die SG Ernst-Abbe Jena gegründet. Mehrere Namensänderungen folgten. 1949 spielte die Mannschaft als BSG Carl Zeiss Jena gegen Horch Zwickau um einen Platz in der neuen Ostzonen-Liga, der späteren DDR-Oberliga. Beide Mannschaften waren im Pokalhalbfinale unterlegen und mussten den dritten Platz ausspielen, da dieser zur Teilnahme an der Ostzonen-Liga berechtigte. Nach zwei Unentschieden setzte sich Zwickau im zweiten Wiederholungsspiel durch.

1952 stieg Jena in die DDR-Oberliga auf. Nachdem die Mannschaft wieder in die Liga abgestiegen war, entwickelte sich der Verein nach dem erneuten Aufstieg 1956 zu einer Größe im DDR-Fußballsport.

1958 wurde Georg Buschner Cheftrainer im Klub, der seit 1954 SC Motor Jena hieß. Am 7. Oktober 1960 besiegte der Verein im Pokalfinale den SC Empor Rostock und wurde zum ersten Mal FDGB-Pokalsieger. Damit war der Verein erstmals für einen Europapokalwettbewerb qualifiziert. Die europäische Premiere am 16. Oktober 1961 in Linz endete mit einem 2:2 gegen den walisischen Verein Swansea Town. Erst im Halbfinale gegen Atlético Madrid schied Jena aus. 1963 wurde Buschners Mannschaft DDR-Meister – ein Erfolg, den er 1968 und 1970 wiederholte.

Am 20. Januar 1966 wurde schließlich der FC Carl Zeiss Jena im Jenaer Volkshaus neu gegründet. In den 1970er Jahren stellte Jena zahlreiche Spieler der DDR-Nationalmannschaft, darunter Peter und Roland Ducke, Konrad Weise, Lothar Kurbjuweit sowie Hans-Ulrich Grapenthin.

1970 wurde Georg Buschner zum Trainer der Nationalmannschaft berufen, zunächst ein Jahr lang parallel zu seiner Trainerfunktion beim FC Carl Zeiss, bevor ihn 1971 Hans Meyer im Verein ablöste. Zu DDR-Zeiten war der Oberligist ein Leistungszentrum; hier sollte über zielgerichtete Förderung der Anschluss an den internationalen Spitzensport vorangetrieben werden.

Größter Erfolg der bisherigen Vereinsgeschichte war das Erreichen des Endspiels im Europapokal der Pokalsieger im Jahre 1981, das gegen Dinamo Tiflis in Düsseldorf mit 1:2 verloren wurde. Auf dem Weg dahin hatten die Jenaer den AS Rom, FC Valencia, Newport County sowie Benfica Lissabon ausgeschaltet.

Nach 1981 blieben die großen Erfolge der beiden vorangegangenen Jahrzehnte aus. Höhepunkte waren dritte Plätze in der Meisterschaft und die Finalteilnahme im Pokal 1988. Im Europapokal schieden die Jenaer spätestens in der zweiten Runde aus. Am 9. November 1988 spielte der FC Carl Zeiss zum bisher letzten Mal auf europäischer Ebene (1:3-Niederlage bei Sampdoria Genua). Insgesamt bestritt der FC Carl Zeiss 87 Europapokalspiele, 50 davon im UEFA-Cup. Die Statistik weist 39 Siege, 17 Unentschieden und 31 Niederlagen aus.

Im August 1990 wurde der FC Carl Zeiss Jena e. V. zwei Monate vor dem Beitritt der DDR zur Bundesrepublik Deutschland neu ins Vereinsregister eingetragen. In der letzten DDR/NOFV-Oberliga-Saison 1990/91 qualifizierte sich der Klub mit Platz 6 für die 2. Bundesliga. In der Ewigen Tabelle der DDR-Oberliga nimmt der FC Carl Zeiss Jena den Spitzenplatz ein.

1991 bis 2010

In der ersten Zweitliga-Saison 1991/92 belegte Carl Zeiss Jena mit Trainer Klaus Schlappner nach 32 Punktspielen den fünften Platz. Im DFB-Pokal 1992/93 und 1993/94 schied man gegen Bayer 04 Leverkusen (0:2) bzw. Rot-Weiss Essen (5:6 nach Elfmeterschießen) jeweils im Viertelfinale aus. 1994 konnte Hans Meyer bei seinem zweiten Engagement als Jenaer Cheftrainer den Abstieg in die Regionalliga Nordost nicht verhindern. Sein Nachfolger Eberhard Vogel führte den Verein in der Folgesaison zurück in die 2. Liga. 1998 erreichte der FC Carl Zeiss Jena nochmals das DFB-Pokal-Viertelfinale (1:2 gegen den MSV Duisburg), stieg jedoch erneut aus der Zweiten Liga ab. 2001 folgte der Abstieg in die Staffel Süd der Oberliga Nordost. 2005, im vierten Amateuroberligajahr, gelang dem FC Carl Zeiss mit Heiko Weber als Trainer erstmals der Staffelsieg. Mit zwei Siegen in den Relegationsspielen gegen den Nordstaffel-Zweiten MSV Neuruppin wurde der Aufstieg in die Regionalliga Nord schließlich perfekt gemacht. In der folgenden Saison 2005/06 erkämpfte sich der FC Carl Zeiss Jena den Aufstieg in die Zweite Liga, zusammen mit Rot-Weiss Essen.

Nahezu während der gesamten Zweitliga-Saison 2006/07 befand sich der FC Carl Zeiss Jena im Abstiegskampf. Wegen der prekären Lage wurden Cheftrainer Heiko Weber und Co-Trainer Marco Kämpfe am 11. April 2007 beurlaubt. Neuer Cheftrainer wurde Frank Neubarth, unter dem der Verein bis zum Saisonschluss ungeschlagen blieb. Am letzten Spieltag sicherte sich der FC Carl Zeiss Jena den Klassenerhalt in der Zweiten Liga durch ein 2:1 beim FC Augsburg. Am 17. September 2007 trennte sich der Verein von Neubarth, nachdem die Zeiss-Elf nach dem fünften Spieltag auf den vorletzten Tabellenplatz gerutscht war. Drei Tage später wurde der ehemalige Bundesligaprofi Valdas Ivanauskas als neuer Trainer vorgestellt, der jedoch bereits am 22. Dezember 2007 durch den ehemaligen Trainer der Jenaer A-Junioren-Mannschaft, Henning Bürger, ersetzt wurde.

Bei der Mitgliederversammlung im September 2007 wurde die Ausgliederung der ersten und zweiten Mannschaft in die FC Carl Zeiss Jena Fußball Spielbetriebs GmbH beschlossen.

Das russische Unternehmen Alpha Invest Group Corporation bot 2007 bis zu 25 Millionen Euro für 49 Prozent der Vereinsanteile. Hinter dem Unternehmen, das unter anderem einen eigenen Geschäftsführer einsetzen wollte, stand der laut Nowaja gaseta zeitweise von Russland polizeilich gesuchte Oligarch Michail Guzerijew. Die DFL lehnte den sich anbahnenden Kontrakt schließlich ab.

Während die erste Mannschaft in der Saison 2007/08 den Abstieg aus der Zweiten Bundesliga nicht vermeiden konnte und bereits nach dem 32. Spieltag als Teilnehmer an der neuen 3. Liga feststand, machte sie im DFB-Pokalwettbewerb umso mehr von sich reden. Nacheinander schaltete man Titelverteidiger 1. FC Nürnberg (in der zweiten Runde nach Elfmeterschießen), Arminia Bielefeld (Achtelfinale) und im Viertelfinale in Stuttgart den deutschen Meister VfB Stuttgart, erneut nach einem Elfmeterschießen, aus. Damit zog der Verein erstmals in ein DFB-Pokal-Halbfinale ein, unterlag dort allerdings bei Borussia Dortmund – mit 80.708 Zuschauern das bis dato bestbesuchte Pokalspiel – mit 3:0.

Am 11. Mai 2008 trat zuerst Aufsichtsratschef Michael Meier zurück, einen Tag später folgten Präsident Rainer Zipfel und Schatzmeister Gerald Glöckner. Sie zogen die Konsequenzen aus dem Abstieg. Bei einer Aufsichtsratssitzung am 22. Mai 2008 wurde Peter Schreiber zum neuen Präsidenten gewählt.

Die Zeit von Henning Bürger als Trainer währte nur kurz, am 14. September 2008 wurde er als bereits vierter Trainer binnen eineinhalb Jahren entlassen. Am 25. September übernahm René van Eck. Trotz Talfahrt in der Liga erreichte Jena nach Siegen über die beiden Zweitligamannschaften 1. FC Kaiserslautern und FSV Frankfurt auch im DFB-Pokalwettbewerb 2008/09 das Achtelfinale. In diesem schied man gegen den FC Schalke 04 aus. Aufgrund des ausbleibenden Erfolges in der 3. Liga und akuter Abstiegsgefahr gab der Klub am Abend des 23. März 2009 die Entlassung von René van Eck und Sportdirektor Carsten Linke bekannt. Trainer wurde Marc Fascher, der einen Vertrag bis zum 30. Juni 2009 erhielt. Durch ein 2:2 beim SV Sandhausen sicherte sich Jena am letzten Spieltag den Klassenerhalt.

Obwohl mit Marc Fascher das Ziel Klassenerhalt geschafft worden war, wurde er Ende Mai entlassen und durch seinen Vorgänger René van Eck, der noch auf der Gehaltsliste des Klubs stand, ersetzt. Hartmut Beyer wurde am 29. November 2009 zum Präsidenten gewählt. Unter van Eck erreichte die 1. Mannschaft in der Saison 2009/10 den 5. Platz.

2010 bis heute

Für die dritte Saison in Folge in der Dritten Liga wurde Jürgen Raab am 1. Juni 2010 als Cheftrainer und Nachfolger von René van Eck vorgestellt, aber bereits am 6. Oktober wurde Raab beurlaubt. Vom 12. Oktober 2010 bis zum 20. April 2011 war Wolfgang Frank Cheftrainer der Thüringer. Nach dessen Entlassung übernahm wieder Heiko Weber den Trainerposten und erreichte den Klassenerhalt.

Ab 18. Mai 2011 war Rainer Zipfel wieder Präsident, da Hartmut Beyer zum Saisonende 2010/11 zurückgetreten war.

Nachdem der Verein am 15. Spieltag der 3. Fußball-Liga 2011/12 auf den letzten Tabellenplatz abgerutscht war, wurde Weber am 30. Oktober 2011 entlassen. Am 7. November übernahm Petrik Sander die Trainergeschäfte, ohne Erfolg – zum Ende der Saison stand für den FC Carl Zeiss Jena der zweite Gang in die Viertklassigkeit fest.

Am 4. Spieltag der Regionalliga-Saison 2013/14 wurden Petrik Sander und sein Assistent Thomas Hoßmang beurlaubt, weil man das ausgegebene Ziel Wiederaufstieg gefährdet sah. Nachdem Marco Kämpfe zwei Spiele als Interimstrainer fungiert hatte, wurde am 9. September 2013 Andreas Zimmermann als Trainer präsentiert, dessen zum Saisonende endender Vertrag aber nicht verlängert wurde, da er bereits bei Rot-Weiß Oberhausen unterschrieben hatte. Am 14. April 2014 wurde Andreas Zimmermann von seinen Aufgaben entbunden und durch Lothar Kurbjuweit ersetzt. Der FCC beendete die Viertliga-Saison auf Platz 3, nach Platz 2 im Vorjahr.

Präsident Zipfel hatte im Februar angekündigt, dass er für keine weitere Amtszeit zur Verfügung stehe. Anfang April 2014 wurde Lutz Lindemann zum neuen Präsidenten berufen.

Am 16. Mai 2014 verpflichtete der Verein den Belgier Patrick van Kets von Standard Lüttich als Cheftrainer für die Regionalliga-Saison 2014/15. Der ehemalige FCC-Profi Karsten Hutwelker sollte sein Assistent werden. Van Kets sagte jedoch rund zwei Wochen nach seiner Verpflichtung ab, löste seinen Vertrag auf und an seiner Stelle leitete unverändert Kurbjuweit das Training der Mannschaft. Ab dem 7. Januar 2015 wurde Jena von Volkan Uluç trainiert, der am 19. Dezember 2014 verpflichtet worden war, aber deutlich das Ziel Aufstieg verfehlte.

Am 30. April 2015 gab die Saalfelder Metal-Band Heaven Shall Burn bekannt, fortan auf unbestimmte Zeit als Trikotsponsor zu agieren. Mit einer Sondergenehmigung lief der Verein zudem im Heimspiel gegen den 1. FC Magdeburg mit schwarzen Rock-’n’-Roll-Trikots auf. Am 22. Juli 2015 verlängerte der FC Carl Zeiss den Vertrag mit Heaven Shall Burn als Sponsor der Heimtrikots, zudem wurde Sea Shepherd als neuer Sponsor der Auswärtstrikots vorgestellt.

Der 7. Tabellenplatz im Endklassement der viertklassigen Regionalliga Nordost 2015/16 war ein Jahr darauf die bis dahin schlechteste Liga-Platzierung der Ersten Herrenmannschaft seit der Neueintragung des Vereins 1990 und damit trennten sich die Wege von Carl Zeiss und Trainer Uluç.

Mit Beginn der Regionalliga-Saison 2016/17 beförderte der Verein Mark Zimmermann, den Interimstrainer der Jahre 2008 und 2010, zum Cheftrainer. Er hatte zuvor die U19 trainiert und führte die Erste Mannschaft auf Anhieb zur Meisterschaft der Regionalliga, die am 28. April 2017 – drei Spieltage vor Schluss – nach einem 1:1 gegen RB Leipzig II feststand. In den Spielen um den Aufstieg zur 3. Liga gewann Jena das Hinspiel beim FC Viktoria Köln mit 3:2, verlor das Rückspiel mit 0:1 und stieg aufgrund der Auswärtstorregel in die 3. Liga auf.

Im Juni 2017 beschloss man eine Kooperation mit dem FF USV Jena, vor allem im Nachwuchsbereich. Am 18. Januar 2019 stieg der Verein mit dem Fan-Song Wir woll’n Jena siegen sehen um den technischen Direktor des Vereins Sebastian Treml und Musiker der FGS Musikschule auf Platz 37 der deutschen Download-Charts ein. Am 19. Januar 2019 wurde während der Mitgliederversammlung erneut die Metalcore-Band aus Saalfeld/Saale, Heaven Shall Burn, als Mini-Sponsor des Vereines vorgestellt.

Zwischen dem 1. und dem 6. Spieltag der Drittligasaison 2019/20 musste der FCC nur Niederlagen hinnehmen und egalisierte so den vorherigen Liga-Negativrekord, nach acht Spieltagen wurde mit nur einem Zähler auf dem Punktekonto ein Negativrekord aller bisherigen 3.-Liga-Saisons aufgestellt und weil die Mannschaft auch noch nach zehn Spieltagen sieglos war, wurde der seit Dezember 2018 amtierende Trainer Lukas Kwasniok interimistisch durch Christian Fröhlich ersetzt. Zum 12. Spieltag wurde Rico Schmitt als neuer Cheftrainer vorgestellt. Am 5. Februar 2020 wurde Schmitt entlassen und René Klingbeil übernahm, auf Interims-Basis, den Cheftrainer-Posten. Aufgrund der fehlenden Trainerlizenz wurde Klingbeil am 27. Februar 2020 zum „Teamchef“, Kenny Verhoene wurde zum Cheftrainer berufen und Tobias Werner unterschrieb gegen Saisonende als neuer Sportdirektor beim FC Carl Zeiss. Den dritten Abstieg des Vereins in die Viertklassigkeit, d. h. in die Fußball-Regionalliga, konnten sie nicht mehr verhindern, doch Verhoenes Nachfolger Dirk Kunert führte die Erste Mannschaft zum souveränen Gewinn des Thüringer Landespokals im August 2020 sowie ein Jahr später zum Finalsieg gegen den FC An der Fahner Höhe

Nach 12 Ligaspielen in der Saison 2021/22 ersetzte der bisherige Videoanalyst und FCC-U19-Coach Andreas Patz den gebürtigen Berliner Dirk Kunert als Cheftrainer. Patz führte den FCC auf Platz 2 der Regionalliga und gewann den Landespokal 2022, so dass als Erfolge der unterklassigen Jahre von 2010 bis 2022 insgesamt acht Landespokalsiege zu Buche stehen. Im November 2022 wurde Patz von seinen Aufgaben entbunden, zu diesem Zeitpunkt stand die Mannschaft im Mittelfeld der Tabelle. Kurz darauf verließ Werner auf eigenen Wunsch den Posten des Sportdirektors.

Kader 1. Herrenmannschaft 2023/24

Stand: 24. Juli 2023

Trainerstab

Stand: 24. Juli 2023