Anfänge in der Premjer-Liga (1992–1998)

Infolge des Zusammenbruchs der Sowjetunion und der folgenden Unabhängigkeit Kasachstans trat der FK Qairat Almaty als Gründungsmitglied in der neu geschaffenen Superliga, der höchsten Spielklasse im kasachischen Fußball, an. Hier gelang dem Verein bereits in der ersten Saison der Gewinn des Meistertitels mit einem Punkt Vorsprung auf den Tabellenzweiten und einer Bilanz von 16 Siegen und jeweils fünf Unentschieden und fünf Niederlagen. Durch einen deutlichen 5:1-Pokalfinalerfolg gegen Fosfor Taras gelang im selben Jahr der Gewinn des Doubles.

In den folgenden beiden Spielzeiten konnte Qairat Almaty die Erfolge aus dem Jahr 1992 nicht wiederholen. In der Saison 1993 landete man nach 14 Niederlagen aus 22 Spielen nur im Mittelfeld auf dem elften Platz. Auch im Jahr 1994 reichte es wieder nur zum elften Platz, im kasachischen Pokal musste man sich bereits in der ersten Runde Aktjubinsk mit 1:3 geschlagen geben. Nachdem man die letzten beiden Jahre im sportlichen Mittelmaß verbrachte, gelang es in den nächsten Jahren die Leistungen wieder zu verbessern und in der Austragung des Pokals 1996/1997 wieder einen Titelgewinn zu feiern. In der Saison 1997 gelang auf dem dritten Tabellenplatz sogar wieder eine Platzierung unter den besten drei Mannschaften der Obersten Liga.

Im Jahr 1998 erfolgte eine Teilung des Vereins in zwei Mannschaften mit dem Namen Qairat. Während der von der Armee finanzierte Verein als CSKA Qairat Almaty auftrat und an der Obersten Liga teilnehmen durfte, musste der ursprüngliche Verein, der zwischenzeitlich in SOPFK Qairat Almaty umbenannt und vom Geschäftsmann Bulat Abilow finanziert wurde, in der Ersten Liga (II) antreten. Hier schaffte die Mannschaft aber nach einem Jahr den Wiederaufstieg in die höchste Spielklasse, sodass in den Jahren 1999 und 2000 zwei Mannschaften aus Almaty in der Liga spielten. Der Verein CSKA Qairat Almaty strich schließlich den Namensteil Qairat und trat bis zur Auflösung 2002 als CSKA Almaty in der Ersten Liga an.

Sportliche Erfolge (1999–2005)

Im Jahr 1999 konnte der Aufsteiger der letzten Saison den dritten Platz in der Premjer-Liga erreichen. Auch in der folgenden Spielzeit konnte Almaty wieder einen der vorderen Tabellenplätze erreichen und stand am letzten Spieltag der Saison 2000 auf dem vierten Rang. In der Austragung des Pokals 1999/2000 erreichte Almaty das Finale und konnte sich dort mit einem souveränen 5:0-Sieg gegen Access-Golden Grein durchsetzten und war dadurch zum zweiten Mal zur Teilnahme am Asienpokal der Pokalsieger berechtigt. Dort konnte man zuerst einen 3:1-Sieg gegen Regar TadAZ aus Tadschikistan und anschließend einen 3:2-Sieg gegen Nebitçi Balkanabat aus Turkmenistan erringen. Im Viertelfinale des Wettbewerbs musste man schließlich gegen den iranischen Spitzenklub Esteghlal Teheran antreten, gegen den der kasachische Verein mit einem Ergebnis von 0:3 ausschied.

Nachdem der kasachische Fußballverband Anfang 2002 von der Asian Football Confederation zur UEFA wechselte, durfte Qairat Almaty als letztjähriger Pokalsieger am UEFA-Pokal teilnehmen. In der ersten Qualifikationsrunde des UEFA-Pokals 2002/03 traf die Mannschaft aus Kasachstan in ihrem Europa-Debüt auf FK Roter Stern Belgrad. Im Hinspiel am 15. August 2002 unterlagen die Kasachen dem jugoslawischen Meister mit 0:2. Belgrads Trainer Zoran Filipović sagte über die Leistung von Almaty, „Kairat hatte früh ein paar Chancen, sie verpassten es aber, diese zu verwandeln“. Auch das Rückspiel endete mit einer 0:3-Niederlage, sodass die Mannschaft aus dem Wettbewerb ausschied.

In der Saison 2004 konnte der Verein zum zweiten Mal in der Vereinsgeschichte die kasachische Meisterschaft gewinnen. Im Finale des Pokals musste Almaty gegen den FK Taras antreten, sich aber mit einem Endstand von 0:1 geschlagen geben. Mit dem Gewinn der Meisterschaft war Qairat Almaty zum ersten und bisher einzigen Mal für die Champions League qualifiziert. In der ersten Qualifikationsrunde der Austragung 2005/06 musste das Team gegen den FC Artmedia Bratislava aus der Slowakei antreten. Nachdem das Hinspiel vor heimischem Publikum im Zentralstadion von Almaty mit 2:0 gewonnen wurde, verlor Almaty das Rückspiel nach Verlängerung mit 1:4 und war somit ausgeschieden. Im selben Jahr nahm der Verein auch an der Austragung des GUS-Pokals teil. In der Gruppenphase belegte der kasachische Vertreter vor Dinamo Minsk und Levadia Tallinn den ersten Platz und traf im Viertelfinale auf den litauischen Meister FBK Kaunas, dem man im Elfmeterschießen unterlag.

Finanzielle Schwierigkeiten und Mittelmaß (2006–2012)

Die Saison 2006 beendete Qairat auf dem fünften Tabellenplatz. In der Austragung des UEFA-Pokals 2006/07 verpasste die Mannschaft nur knapp ein Weiterkommen in die nächste Runde. In der ersten Qualifikationsrunde gegen den FC Fehérvár aus Ungarn musste sich das Team im Hinspiel zuerst mit 0:1 geschlagen geben, erreichte aber im Rückspiel einen 2:1-Heimsieg. Da Fehérvár aber das bessere Auswärtstorverhältnis hatte, schied Almaty aus dem Wettbewerb aus. Am Ende der Saison zog sich der bisherige Sponsor des Vereins, das kasachische Eisenbahnunternehmen Kasachstan Temir Scholy, als Geldgeber zurück. Es folgte eine finanzielle Krise, die bis zum Beginn der nächsten Spielzeit andauerte und in deren Folge viele namhafte Spieler wie Samat Smaqow, Andrei Karpowitsch, Kairat Nurdauletow und Farchadbek Irismetow den Verein verließen. So trat Qairat Almaty mit einem jungen und unerfahrenem Team zur Saison 2007 an und schrammte mit einer Bilanz von acht Siegen, drei Unentschieden und 18 Niederlagen nur knapp an einem Abstieg vorbei.

Nach der Saison 2008 musste das Team aufgrund finanzieller Schwierigkeiten zum zweiten Mal in die Erste Liga, die zweithöchste kasachische Spielklasse, absteigen. Am 20. Januar 2009 teilte der Verein dem nationalen Verband mit, dass man aus finanziellen Gründen freiwillig die Premjer-Liga verlassen und stattdessen in der Ersten Liga antreten werde. Dort schaffte die Mannschaft den sofortigen Wiederaufstieg durch den Gewinn der Ersten Liga. Die Saison 2010 war erneut vom Kampf gegen den Abstieg geprägt. Schließlich konnte mit dem zehnten Platz der Klassenerhalt geschafft werden. In diesem Jahr stieg auch das Unternehmen KazRosGas und dessen Besitzer Kairat Boranbajew als Investoren ein. Nach der enttäuschenden Saison 2011, die der Verein auf einem Abstiegsplatz abschloss, wäre der erneute Absturz in die Zweitklassigkeit gefolgt. Qairat konnte dies jedoch durch die Aufstockung der Premjer-Liga von zwölf auf 14 Mannschaften verhindern und verblieb somit in der kasachischen Eliteklasse.

Im Januar 2012 baute KazRosGas seine Aktivitäten beim Verein aus und übernahm die Mehrheit der Anteile an Qairat Almaty. Das Unternehmen hält seitdem 70 Prozent der Anteile, die restlichen 30 Prozent verbleiben im Besitz der Stadt Almaty. Nachdem die Mannschaft unter Trainer Dmitri Ogai nur einen mittelmäßigen Saisonstart hinlegte, wurde er bereits während der laufenden Spielzeit entlassen und im Juni durch den Spanier José Pérez Serer ersetzt. Da aber auch unter dem neuen Trainer Erfolge ausblieben und nur drei Siege in den restlichen Spieltagen erzielt werden konnten, schloss Almaty die Saison auf dem zehnten Rang ab. Ende November präsentierte die Vereinsführung schließlich den dritten neuen Trainer des Jahres. Der ehemalige slowakische Nationaltrainer Vladimír Weiss unterschrieb beim Verein einen Drei-Jahres-Vertrag.

Gegenwart (seit 2013)

Nach einem durchwachsenen Start in die Saison 2013 unter dem neuen Trainer erreichte Almaty nach der Vorrunde auf dem fünften Platz zum ersten Mal seit sechs Jahren wieder die Meisterschaftsrunde. Hier gelang es der Mannschaft sich zum Ende der Spielzeit den dritten Tabellenplatz zu sichern und sich für das nächste Jahr für die Europa League zu qualifizieren.

ZU Beginn der Saison 2014 verpflichtete der Verein unter anderem den kasachischen Nationalspieler Bauyrschan Islamchan von Kuban Krasnodar, der nach der Suspendierung von Samat Smaqow durch den Verein zu einer zentralen Figur im Mittelfeld wurde. Im Juni gelang es Almaty auch, den Ivorer Gerard Gohou zu verpflichten. Dennoch reichte es in der Liga, wie schon im Vorjahr, nur zum dritten Tabellenplatz. Im Pokalwettbewerb hingegen bezwang die Mannschaft im Finale den FK Aqtöbe (4:1) und konnte nach elf Jahren erneut den Gewinn des kasachischen Pokals feiern. Auch international trat Qairat Almaty 2014 wieder in Erscheinung. In der Europa League setzte sich die Mannschaft aus Kasachstan in der ersten Qualifikationsrunde gegen den albanischen Gegner FK Kukësi durch, scheiterte in der zweiten Runde aber an Esbjerg fB aus Dänemark.

In der Saison 2015 schloss Qairat die Vorrunde als beste Mannschaft ab. Obwohl die Mannschaft auch in der Meisterschaftsrunde nur ein Spiel verlor und insgesamt 20 von 32 Spielen gewann, belegte sie nach dem letztjährigen Meister FK Astana nur den zweiten Tabellenplatz. Mit insgesamt 22 Treffern wurde der Stürmer Gerard Gohou Torschützenkönig der Premjer-Liga. Im kasachischen Pokal erreichte Almaty erneut souverän das Finale und traf dort auf den FK Astana, den die Mannschaft durch zwei Treffer des Serben Đorđe Despotović besiegen und so den Pokalsieg aus dem letzten Jahr verteidigen konnte. In der Europa League gelangte der Verein durch Siege gegen Roter Stern Belgrad, den FC Alaschkert Martuni und den FC Aberdeen zum ersten Mal bis zu den Play-offs und traf dort auf Girondins Bordeaux aus Frankreich. Nachdem das Hinspiel in Bordeaux mit einer 0:1-Niederlage endete, erreichte Qairat Almaty beim Rückspiel im heimischen Zentralstadion einen 2:1-Sieg, schied aber wegen der Auswärtstorregel dennoch aus dem Wettbewerb aus. Zum 30. November verließ Trainer Weiss den Verein nach Auslaufen seines Vertrages.

Am 8. März 2016 wurde erstmals der kasachische Supercup unter der Leitung des neuen Trainers Alexander Borodjuk gewonnen. Dabei wurde der Meister 2015, FK Astana, im Elfmeterschießen in der Astana Arena vor 14.500 Zuschauern besiegt. Nach nur drei Spieltagen der Saison 2016, in denen Almaty nur einen Punkt holte, verließ Borodjuk den Verein freiwillig wieder. Neuer Trainer wurde der Georgier Kachaber Zchadadse. Dieser verließ den Verein 2017. 2020 holte der Verein erneut die kasachische Meisterschaft unter dem weißrussischen Trainer Aljaksej Schpileuski, der danach nach Deutschland wechselte. Seit August 2021 wird der Verein von früheren Trainer Gurban Berdiýew, der jetzt Manager genannt wird, betreut.