Großherzog von Toskana

Mit der Thronfolge seines Vaters als Kaiser (Leopold II.) des Heiligen Römischen Reiches übertrug ihm dieser am 22. Juli 1790 das Großherzogtum Toskana.

Im folgenden Jahr, 1791, übernahm er selbst die Leitung der Regierungsgeschäfte im Großherzogtum Toskana. Als erster europäischer Souverän schloss Ferdinand III. von Toskana 1792 einen Vertrag mit dem revolutionären Frankreich, das er somit formell anerkannte. In den folgenden Koalitionskriegen musste der Herzog aufgrund des Druckes anderer europäischer Fürstenhäuser gegen Frankreich Stellung beziehen. Am 9. Februar 1795 schloss er jedoch wieder Frieden. Während des Zweiten Koalitionskriegs waren 1799 französische Truppen auch in die Toskana eingedrungen und hatten den Großherzog zur Flucht außer Landes gezwungen. Der Vertrag von Lunéville vom 9. Februar 1801 zwischen Frankreich und dem Kaiser sah in Artikel 5 vor, dass Ferdinand III. auf sein Großherzogtum verzichten müsse, das als Entschädigung an den Herzog von Parma überwechseln sollte.

Im Jahre 1801 verlor daher Ferdinand sein Großherzogtum, behielt aber den Titel Großherzog von Toskana.

Kurfürst von Salzburg

Ferdinand wurde jedoch durch den Vertrag von Paris (26. Dezember 1802) zwischen dem französischen Konsul Napoleon Bonaparte und Ferdinands älterem Bruder, Kaiser Franz II. mit dem neugebildeten Kurfürstentum Salzburg entschädigt, um als Bruder des Kaisers standesgemäß versorgt zu sein. Dieses Staatsgebiet wurde durch Säkularisation aus kirchlichem Besitz, nämlich dem Erzstift Salzburg, der Fürstpropstei Berchtesgaden und Teilen der Bistümer Passau und Eichstätt, gebildet. Am 11. Februar 1803 dankte denn auch der bisherige Souverän in Salzburg, Erzbischof Graf Hieronymus Colloredo, ab. Vier Tage später fand der Besitzwechsel an Ferdinand III. statt, der zudem die Kurfürstenwürde erhielt.

Mit dem Frieden von Preßburg vom 26. Dezember 1805 ging Salzburg Ende 1805 an das Kaisertum Österreich, jedoch ohne Eichstätt und Passau, die beide dem Königreich Bayern angegliedert wurden. Mit dem gleichzeitigen Ende des Heiligen Römischen Reichs wurde auch die Kurfürstenwürde hinfällig, die ein Wahlamt zur Römisch-deutschen Königswürde war, und Salzburg 1806 in ein Herzogtum umgewandelt.

Großherzog von Würzburg

Als Entschädigung wurde Erzherzog Ferdinand von Toskana 1805 das Großherzogtum Würzburg übertragen. In Würzburg zog Ferdinand am 1. Mai 1806 (in die Würzburger Residenz) ein. Er wurde von der Bevölkerung des Großherzogtums bzw. Kurfürstentums Würzburg mit Freude empfangen und sorgte bald für mehr religiöse Freiheit, indem er die bayerischen Gesetze zur Religionsausübung lockerte. Außenpolitisch blieb ihm kaum eine andere Möglichkeit als die enge Anlehnung an Frankreich. Das Großherzogtum wurde nachträglich am 25. September 1806 in den Rheinbund aufgenommen und 1810 noch einmal territorial abgerundet. Erst nach der Völkerschlacht bei Leipzig löste Ferdinand am 26. Oktober 1813 die Verbindung mit Frankreich und schloss sich der alliierten Koalition gegen Napoleon an. Das folgende Jahr brachte noch einmal gravierende Veränderungen für Ferdinand mit sich. Durch den bayerisch-österreichischen Staatsvertrag vom 3. Juni 1814 verlor er seine Besitzungen an das Königreich Bayern und trat Würzburg offiziell am 21. Juni 1814 an Bayern ab.

Großherzog von Toskana

Da das Großherzogtum Toskana nach dem Sturz Napoleons am 30. Mai 1814 im Pariser Friedensvertrag restituiert worden war, konnte Ferdinand schließlich in das von seinem Vater ererbte Großherzogtum zurückkehren, wo er 1824 in Florenz starb. Sein Grab befindet sich in der Krypta der Basilica di San Lorenzo.

Ferdinand galt bei seinen Zeitgenossen als äußerst passiv und entschlussscheu. Er galt als musischer und geachteter Monarch und Vertreter des aufgeklärten Absolutismus.