Gründung (1945–1946)

Der am 16. August 1946 gegründete Verein unterstand zur Zeit des kommunistischen Regimes wie alle Sportvereine Albaniens dem Staat. Partizani wurde dabei der albanischen Armee untergeordnet und somit vom Verteidigungsministerium kontrolliert. Daher war es üblich, gute Spieler anderer Mannschaften zum Militär einzuziehen, damit diese für Partizani auflaufen konnten.

FK Partizani Tirana wurde am 4. Februar 1946 kurz nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs offiziell gegründet. Ein Jahr zuvor, 1945, hatten jedoch bereits die Teams von zwei Militärdivisionen an der ersten Meisterschaft nach dem Kriegsende teilgenommen. Die beiden Mannschaften Ylli Shkodra und Liria Korça wurden nach Ende der Saison als Vereine aufgelöst. Ihre besten Spieler wechselten nach Tirana, um sich der Ushtria anzuschließen, was wörtlich übersetzt „Die Armee“ bedeutete. Ushtria bestritt am 13. Januar 1946 in Tirana bei starkem Regen sein erstes Freundschaftsspiel gegen den amtierenden Meister KS Vllaznia Shkodra, das in einem torlosen Unentschieden endete. Es trat in markanten roten Trikots mit den Initialen jedes Spielers auf der Brust an. Im folgenden Monat, am 4. Februar, wurde Ushtria in einen ordentlichen Sportverein verwandelt, der zu Ehren der albanischen Partisanen benannt wurde, die für die Befreiung des Landes gekämpft hatten. In der Anfangszeit rekrutierte Partizani Spieler der Skanderbeg-Mittelschule und der albanischen Militärakademie sowie Spieler anderer Clubs, die von den regierenden Kommunisten angewiesen wurden, für Partizani zu spielen.

Am 7. April bestritt der Verein sein erstes offizielles Spiel unter dem Namen Partizani, das gegen den anderen Hauptstadtclub 17 Nëntori ausgetragen wurde. Partizani gewann das Spiel 2:0. Da der Verein nicht an der albanischen Meisterschaft 1946 teilnahm, unternahm er stattdessen eine Tour durch Albanien, um Freundschaftsspiele gegen einige der größten Vereine des Landes zu spielen. Die Bilanz der neun Spiele waren 26 erzielte Toren und 9 Gegentreffer. Dabei schoss Qamil Teliti elf Tore als bester Torschütze Partizanis.

Frühe Dominanz (1947–1964)

Partizani nahm 1947 zum ersten Mal an der nationalen Meisterschaft teil. Bereits beim Debüt konnte der Club in der höchsten Spielklasse antreten. Partizani gewannen 14 Spiele, hatte ein Unentschieden und verloren ein Spiel und wurden gleich Meister knapp vor Vllaznia Shkodra, das die letzten beiden Meisterschaften gewonnen hatte. In der folgenden Saison beschloss der albanische Fußballverband, das Format der Meisterschaft zu ändern, und teilte die Mannschaften je nach geografischer Lage in zwei Gruppen ein, wobei Gruppe A Mannschaften aus dem Norden und Gruppe B Mannschaften aus dem Süden des Landes umfasste. Partizani wurde in Gruppe A platziert, die sie punktegleich mit Vllaznia Shkodra gewannen. Aufgrund eines besseren Torverhältnisses war Partizani der Gruppensieger und spielte am 25. August 1947 das Meisterschaftsfinale gegen Flamurtari Vlora. Das Finale in Tirana gewann Partizani mit 6:2 – der zweite Titel in Folge. Partizani gewann zudem 1948 den Pokalfinal.

Später spielten die beiden albanischen Fußballlegenden Loro Boriçi und Panajot Pano bei Partizani.

Privatisierung

Mitte der 1990er wurde Partizani als erstes albanisches Team privatisiert. Allerdings musste zur Klärung der Besitzfrage vor ein Gericht gezogen werden, und der Verein geriet infolgedessen in wirtschaftliche Probleme. Während vor Gericht gestritten wurde, landete der Verein in der Saison 1999/2000 auf dem letzten Platz und musste absteigen. Albert Xhani gewann den Rechtsstreit und übernahm auch die Präsidentenrolle im Verein.

2009 beendete Partizani die Meisterschaft auf dem 10. Platz. Das Relegationsspiel gegen Kastrioti Kruja ging verloren. Die Kategoria e parë 2009/10 beendete der Hauptstadtclub hinter drei anderen Absteigern auf dem 5. Platz. In der folgenden Saison der zweithöchsten Liga wurde Partizani letzter, nachdem Xhani seine Finanzspritzen eingestellt hatte. Nach einer Saison in der dritten Liga wurde Partizani 2012/13 Vizemeister der zweiten Liga, mitunter unter einer neuen Clubführung.

2021 nahm Partizani an der erstmaligen Austragung der UEFA Europa Conference League teil, schied dabei jedoch in der zweiten Qualifikationsrunde gegen den FC Basel aus. Zwei Jahre später gewann man den 17. Meistertitel in der Geschichte.