Erster Akt

Nach der vierteiligen Ouvertüre beklagt Joseph sein Schicksal im ägyptischen Gefängnis. Phanor, sein früherer Kerkergenosse und jetziger Diener Pharaohs besucht ihn. Einige Jahre zuvor hatte Joseph ihm einen Traum richtig gedeutet. Phanor hatte Pharaoh davon erzählt und kommt jetzt in dessen Auftrag, um Joseph um die Deutung eines Traumes Pharaohs zu bitten. Joseph wird aus dem Gefängnis entlassen und zu Pharaoh gebracht. Er deutet den Traum von den sieben satten und den sieben mageren Kühen als eine Prophezeiung für sieben erntereiche Jahre und sieben Jahre mit Hungersnöten. Er rät Pharaoh, während der ersten Jahre ausreichend Vorräte anzulegen und dafür einen weisen Mann einzustellen. Pharaoh ist beeindruckt, ernennt Joseph zum Statthalter und verleiht ihm den nicht eindeutig zu übersetzenden Ehrentitel Zaphnath-Paaneah. Joseph wird im weiteren Verlauf des Oratoriums entsprechend Zaphnath genannt.

Inzwischen hat sich Asenath, die Tochter des Hohepriesters Potiphera, in Joseph verliebt. Ihre Gefühle werden von Joseph erwidert, und er hält erfolgreich bei ihrem Vater und Pharaoh um ihre Hand an. Der erste Akt endet mit der Hochzeit und einem Parademarsch.

Zwischenhandlung vor dem zweiten Akt

Die Geschehnisse zwischen dem ersten und dem zweiten Akt werden im Oratorium nicht erzählt. Das Land hat genug Vorräte für die sieben Hungerjahre gesammelt und wird von Fremden besucht, die dort Korn kaufen möchten. Darunter befinden sich auch Josephs Brüder, die ihn nach all den Jahren nicht mehr erkennen. Joseph dagegen hat sie sehr wohl erkannt. Um seine Vergeltung durchzuführen, beschuldigt er sie der Spionage und befiehlt, den nicht mitgereisten jüngsten Bruder Benjamin zu ihm zu bringen. Simeon, ein anderer Bruder, soll in der Zwischenzeit als Geisel bei ihm bleiben.

Zweiter Akt

Ein Jahr später bejubeln die Ägypter Joseph, der die Hungersnot entschärft hat. Auch Phanor und Asenath stimmen ein und loben zusätzlich seine Bescheidenheit. Sie haben auch bemerkt, dass er über irgendetwas beunruhigt zu sein scheint, und fragen sich nach dem Grund. Im Gefängnis dagegen wartet Simeon immer noch auf die Rückkehr seiner Brüder. Inzwischen bereut er, was sie ihrem Bruder Joseph angetan haben. Joseph lässt ihn zu sich holen. Während er wartet, gedenkt er seiner alten Heimat Hebron und sehnt sich nach seinem Vater Jakob. Als Simeon gebracht wird, wirft er diesem Betrug vor, weil seine Brüder noch nicht zurückgekehrt seien. Nach seiner Familie gefragt, erzählt Simeon erneut, dass sein Bruder Joseph von einem Raubtier gefressen worden sei. Joseph wirft ihm vor, zu lügen. Wegen seiner Fähigkeit weiszusagen, könne Simeon die Wahrheit nicht vor ihm verbergen.

In der nächsten Szene fragt Josephs Frau Asenath ihn nach dem Grund für sein Leiden. Joseph antwortet ausweichend. Das Gespräch wird von Phanor unterbrochen, der die Ankunft seiner Brüder meldet. Auch der jüngste Bruder Benjamin ist dabei. Phanor begrüßt die Brüder und beruhigt sie, dass sie inzwischen für unschuldig befunden worden seien. Dann tritt Joseph hinzu. Die Brüder erkennen ihn immer noch nicht und bitten ihn auch im Namen ihres Vaters um Hilfe für ihr Land. Joseph begrüßt Benjamin besonders herzlich und nennt ihn seinen Sohn. Benjamin ist darüber erstaunt. Er bemerkt auch die Ähnlichkeit zwischen Joseph und ihrem Vater Jakob. Joseph lädt die Brüder zum gemeinsamen Essen ein. Der zweite Akt endet mit einem Gebet der Brüder.

Zwischenhandlung vor dem dritten Akt

Die Geschehnisse vor Beginn des dritten Aktes werden im Libretto des Oratoriums wieder nicht direkt berichtet. Joseph hat einen silbernen Kelch im Gepäck Benjamins verstecken lassen. Die Brüder werden unmittelbar nach ihrer Abreise von seinen Leuten festgenommen und des Diebstahls bezichtigt.

Dritter Akt

Asenath und Phanor unterhalten sich über die Undankbarkeit der Fremden, welche die Großzügigkeit Josephs mit einem Diebstahl gedankt haben. Joseph kommt hinzu und wird von ihnen erneut nach dem Grund seiner Traurigkeit befragt. Asenath vermutet, dass er vielleicht eifersüchtig sein könnte und versichert ihm, dass es dazu keinen Anlass gibt. Joseph verneint das jedoch. Der wahre Grund sei seine Sorge über die Auswirkungen der Hungersnot auf seinen Vater und seine Familie. Trotz all seiner Macht könne er die Vorräte Ägyptens nicht nach Belieben verteilen. Asenath bietet an, persönlich beim König dafür zu bitten, dass seine Familie nach Ägypten ziehen kann. Da bringt Phanor Josephs in Ketten gelegte Brüder und wirft ihnen den Diebstahl des heiligen Pokals vor. Dieser wird zwischen Josephs Abschiedsgeschenken in Benjamins Sack gefunden. Trotz aller Unschuldsbeteuerungen wird Benjamin festgenommen und ins Gefängnis geworfen. Die Brüder bitten weiter bei Joseph um Gnade und Mitleid. Simeon bietet schließlich an, die Strafe Benjamins selbst auf sich zu nehmen, um ihrem Vater nicht die Nachricht vom Tode Benjamins zumuten zu müssen. Von diesem Zusammenhalt ist Joseph schließlich so sehr beeindruckt, dass er sich seinen Brüdern zu erkennen gibt. Sie haben seine Probe bestanden und sind nicht auch an Benjamin zu Verrätern geworden. Nachdem alles verziehen ist, kommt Asenath und bringt eine Nachricht von Pharaoh: Josephs Vater und seine Familie dürfen sich in Ägypten ansiedeln. Das Oratorium endet mit einem Liebesduett von Asenath und Joseph und einem „Alleluia“-Chor.