Phylum „Abditibacteriota“

• Klasse Abditibacteria

• Ordnung Abditibacteriales

• Familie Abditibacteriaceae

Phylum „Acidobacteria“

• Klasse „Acidobacteriia“

• Ordnung Acidobacteriales

• Familie Acidobacteriaceae

• Ordnung Bryobacterales

• Familie Bryobacteraceae

• Klasse Blastocatellia

• Ordnung Blastocatellales

• Familie Arenimicrobiaceae
• Familie Blastocatellaceae
• Familie Pyrinomonadaceae

• Klasse Holophagae

• Ordnung Acanthopleuribacterales

• Familie Acanthopleuribacteraceae

• Ordnung Holophagales

• Familie Holophagaceae

• Ordnung Thermotomaculales

• Familie Thermotomaculaceae

• Klasse Thermoanaerobaculia

• Ordnung Thermoanaerobaculales

• Familie Thermoanaerobaculaceae

• Klasse Vicinamibacteria

• Ordnung Vicinamibacterales

• Familie Vicinamibacteraceae

Phylum „Actinobacteria“

• Klasse Acidimicrobiia

• Ordnung Acidimicrobiales

• Unterordnung „Acidimicrobineae“

• Familie Acidimicrobiaceae
• Familie Iamiaceae

• Klasse Actinobacteria

• Ordnung Acidothermales

• Familie Acidothermaceae

• Ordnung Actinomycetales

• Unterordnung Actinomycineae

• Familie Actinomycetaceae

• Unterordnung Actinopolysporineae

• Familie Actinopolysporaceae

• Unterordnung Catenulisporineae

• Familie Actinospicaceae
• Familie Catenulisporaceae

• Unterordnung Corynebacterineae

• Familie Corynebacteriaceae
• Familie Dietziaceae
• Familie Mycobacteriaceae
• Familie Nocardiaceae
• Familie Segniliparaceae
• Familie Tsukamurellaceae

• Unterordnung Glycomycineae

• Familie Glycomycetaceae

• Unterordnung Jiangellineae

• Familie Jiangellaceae

• Unterordnung Micromonosporineae

• Familie Micromonosporaceae

• Unterordnung Propionibacterineae

• Familie Nocardioidaceae
• Familie Propionibacteriaceae

• Unterordnung Pseudonocardineae

• Familie Pseudonocardiaceae

• Unterordnung Streptomycineae

• Familie Streptomycetaceae

• Unterordnung Streptosporangineae

• Familie Nocardiopsaceae
• Familie Streptosporangiaceae
• Familie Thermomonosporaceae

• Ordnung Actinopolysporales

• Familie Actinopolysporaceae

• Ordnung Bifidobacteriales

• Familie Bifidobacteriaceae

• Ordnung Catenulisporales

• Familie Actinospicaceae
• Familie Catenulisporaceae

• Ordnung Cryptosporangiales

• Familie Cryptosporangiaceae

• Ordnung Frankiales (alternativ: Motilibacterales)

• Familie Frankiaceae
• Familie Motilibacteraceae

• Ordnung Geodermatophilales

• Familie Antricoccaceae
• Familie Geodermatophilaceae

• Ordnung Glycomycetales

• Familie Glycomycetaceae

• Ordnung Jatrophihabitantales

• Familie Jatrophihabitantaceae

• Ordnung Jiangellales

• Familie Jiangellaceae

• Ordnung Kineosporiales

• Familie Kineosporiaceae

• Ordnung Micrococcales

• Familie Beutenbergiaceae
• Familie Bogoriellaceae
• Familie Brevibacteriaceae
• Familie Cellulomonadaceae
• Familie Demequinaceae
• Familie Dermabacteraceae
• Familie Dermacoccaceae
• Familie Dermatophilaceae
• Familie Intrasporangiaceae
• Familie Jonesiaceae (inklusive ehemaliger Sanguibacteraceae)
• Familie Kytococcaceae
• Familie Microbacteriaceae
• Familie Micrococcaceae
• Familie Ornithinimicrobiaceae
• Familie Promicromonosporaceae
• Familie Rarobacteraceae
• Familie Ruaniaceae
• Familie Tropherymataceae
• Familie Yaniellaceae

• Ordnung Micromonosporales

• Familie Micromonosporaceae

• Ordnung Mycobacteriales (alternativ: Corynebacteriales)

• Familie Corynebacteriacea
• Familie Dietziaceae
• Familie Gordoniaceae
• Familie Lawsonellaceae
• Familie Mycobacteriaceae
• Familie Nocardiaceae
• Familie Segniliparaceae
• Familie Tsukamurellaceae

• Ordnung Nakamurellales

• Familie Nakamurellaceae

• Ordnung Propionibacteriales

• Familie Actinopolymorphaceae
• Familie Kribbellaceae
• Familie Nocardioidaceae
• Familie Propionibacteriaceae

• Ordnung Pseudonocardiales

• Familie Pseudonocardiaceae

• Ordnung Sporichthyales

• Familie Sporichthyaceae

• Ordnung Streptosporangiales

• Familie Streptomycetaceae

• Klasse Coriobacteriia

• Ordnung Coriobacteriales

• Unterordnung „Coriobacterineae“

• Familie Atopobiaceae
• Familie Coriobacteriaceae

• Ordnung Eggerthellales

• Familie Eggerthellaceae

• Klasse Nitriliruptoria

• Ordnung Egibacterales

• Familie Egibacteraceae

• Ordnung Egicoccales

• Familie Egicoccaceae

• Ordnung Euzebyales

• Familie Euzebyaceae

• Ordnung Nitriliruptorales

• Familie Nitriliruptoraceae

• Klasse Rubrobacteria

• Ordnung Gaiellales

• Familie Gaiellaceae

• Ordnung Rubrobacterales

• Unterordnung „Rubrobacterineae“

• Familie Rubrobacteraceae

• Ordnung Solirubrobacterales

• Familie Baekduiaceae
• Familie Conexibacteraceae
• Familie Paraconexibacteraceae
• Familie Parviterribacteraceae
• Familie Patulibacteraceae
• Familie Solirubrobacteraceae

• Klasse Thermoleophilia

• Ordnung Thermoleophilales

• Familie Thermoleophilaceae

Phylum „Aminicenantes“

• Familie „Saccharicenantaceae“

Phylum „Aquificae“

• Klasse Aquificae

• Ordnung Aquificales

• Familie Aquificaceae
• Familie Desulfurobacteriaceae
• Familie Hydrogenothermaceae

Phylum Atribacterota

• Klasse Atribacteria

• Ordnung Atribacterales

Phylum „Armatimonadetes“

• Klasse Armatimonadia

• Ordnung Armatimonadales

• Familie Armatimonadaceae

• Klasse Chthonomonadetes

• Ordnung Chthonomonadales

• Familie Chthonomonadaceae

• Klasse Fimbriimonadia

• Ordnung Fimbriimonadales

• Familie Fimbriimonadaceae

Phylum „Bacteroidetes“

• Klasse Bacteroidia

• Ordnung Bacteroidales

• Familie Bacteroidaceae
• Familie Balneicellaceae
• Familie Lentimicrobiaceae
• Familie Marinifilaceae
• Familie Marinilabiliaceae
• Familie Odoribacteraceae
• Familie Porphyromonadaceae
• Familie Prevotellaceae
• Familie Prolixibacteraceae
• Familie Rikenellaceae

• Ordnung Marinilabiliales

• Familie Salinivirgaceae

• Klasse Chitinophagia

• Ordnung Chitinophagales

• Familie Chitinophagaceae
• Familie Hymenobacteraceae

• Klasse Cytophagia

• Ordnung Cytophagales

• Familie Bernardetiaceae
• Familie Catalimonadaceae
• Familie Cyclobacteriaceae
• Familie Cytophagaceae
• Familie Flammeovirgaceae
• Familie Microscillaceae
• Familie Mooreiaceae
• Familie Persicobacteraceae
• Familie Thermonemataceae

• Klasse Flavobacteria

• Ordnung Flavobacteriales

• Familie Blattabacteriaceae
• Familie Crocinitomicaceae
• Familie Cryomorphaceae
• Familie Flavobacteriaceae
• Familie Ichthyobacteriaceae
• Familie Schleiferiaceae

• Klasse Saprospiria

• Ordnung Saprospirales

• Familie Saprospiraceae

• Klasse Sphingobacteriia

• Ordnung Sphingobacteriales

• Familie Crenotrichaceae
• Familie Filobacteriaceae
• Familie Sphingobacteriaceae

Phylum „Balneolaeota“

• Klasse Balneolia

• Ordnung Balneolales

• Familie Balneolaceae
• Familie Soortiaceae

Phylum „Caldiserica“

• Klasse Caldisericia

• Ordnung Caldisericiales

• Familie Caldisericiaceae

Phylum „Calditrichaeota“

• Gattung Calorithrix

Phylum „Chlamydiae“

• Klasse Chlamydiae

• Ordnung Chlamydiales

• Familie „Actinochlamydiaceae“
• Familie Chlamydiaceae
• Familie „Criblamydiaceae“
• Familie Parachlamydiaceae
• Familie „Parilichlamydiaceae“
• Familie „Piscichlamydiaceae“
• Familie „Rhabdochlamydiaceae“
• Familie Simkaniaceae
• Familie Waddliaceae

Phylum „Chlorobi“

• Klasse „Chlorobia“

• Ordnung Chlorobiales

• Familie Chlorobiaceae

• Klasse Dehalococcoidia

• Ordnung Dehalococcoidales

• Familie Dehalococcoidaceae

• Klasse Ignavibacteria

• Ordnung Ignavibacteriales

• Familie Ignavibacteriaceae
• Familie „Melioribacteraceae“

Phylum „Chloroflexi“

• Klasse Anaerolineae

• Ordnung Anaerolineales

• Familie Anaerolineaceae

• Klasse Ardenticatenia

• Ordnung Ardenticateniales

• Familie Ardenticateniaceae

• Klasse Caldilineae

• Ordnung Caldilineales

• Familie Caldilineaceae

• Klasse Chloroflexia

• Ordnung Chloroflexales

• Unterordnung Chloroflexineae

• Familie Chloroflexaceae
• Familie Oscillochloridaceae

• Unterordnung Roseiflexineae

• Familie Roseiflexaceae

• Ordnung Herpetosiphonales

• Familie Herpetosiphonaceae

• Ordnung Kallotenuales

• Familie Kallotenualaceae

• Klasse Dehalococcoidia

• Ordnung Dehalococcoidales

• Familie Dehalococcoidaceae

• Klasse Ktedonobacteria

• Ordnung Ktedonobacterales

• Familie Ktedonobacteraceae
• Familie Thermosporotrichaceae

• Ordnung Thermogemmatisporales

• Familie Thermogemmatisporaceae

• Klasse „Limnocylindria“

• Gattung „Aquidulcis“

• Klasse Tepidiformia

• Ordnung Tepidiformales

• Familie Tepidiformaceae

• Klasse Thermoflexia

• Ordnung Thermoflexales

• Familie Thermoflexaceae

• Klasse Thermomicrobia

• Unterklasse Sphaerobacteridae

• Ordnung Sphaerobacterales

• Unterordnung „Sphaerobacterineae“

• Familie Sphaerobacteraceae

• Ordnung Thermomicrobiales

• Familie Thermomicrobiaceae

Phylum „Chrysiogenetes“

• Klasse Chrysiogenetes

• Ordnung Chrysiogenales

• Familie Chrysiogenaceae

Phylum „Coprothermobacterota“

• Klasse Coprothermobacteria

• Ordnung Coprothermobacterales

• Familie Coprothermobacteraceae

Phylum „Cryosericota“

• Klasse „Cryosericia“

• Ordnung „Cryosericales“

• Familie „Cryosericaceae“

Phylum „Cyanobacteria“

• Klasse Cyanophyceae

• Ordnung Chroococcales

• Familie Chroococcaceae

• Gattung Chroococcus

• Ordnung Chroococcidiopsidales

• Familie „Aliterellaceae“
• Familie Chroococcidiopsidaceae

• Ordnung „Gloeobacterales“

• Familie Gloeobacteraceae

• Ordnung Gloeomargaritales

• Familie Gloeomargaritaceae

• Ordnung Nostocales

• Familie „Aphanizomenonaceae“
• Familie Calotrichaceae
• Familie Capsosiraceae
• Familie Chlorogloeopsidaceae
• Familie „Fortieaceae“
• Familie Gloeotrichiaceae
• Familie Godleyaceae
• Familie „Hapalosiphonaceae“
• Familie Heteroscytonemataceae
• Familie Nostocaceae
• Familie Rhizonemataceae
• Familie „Rivulariaceae“
• Familie „Scytonemataceae“
• Familie Stigonemataceae
• Familie „Symphyonemataceae“
• Familie Tolypothrichaceae

• Ordnung Oscillatoriales

• Familie „Borziaceae“
• Familie Coleofasciculaceae
• Familie Cyanothecaceae
• Familie Desertifilaceae
• Familie Gomontiellaceae
• Familie Homoeotrichaceae
• Familie Microcoleaceae
• Familie „Oscillatoriaceae“
• Familie Phormidiaceae
• Familie „Pseudonostocaceae“

• Ordnung Pleurocapsales

• Familie „Dermocarpellaceae“
• Familie Hydrococcaceae
• Familie Pleurocapsaceae
• Familie Xenococcaceae

• Ordnung Order Spirulinales

• Familie Spirulinaceae

• Ordnung „Synechococcales“

• Familie Acaryochloridaceae
• Familie „Chamaesiphonaceae“
• Familie Coelosphaeriaceae
• Familie Heteroleibleiniaceae
• Familie Leptolyngbyaceae
• Familie „Merismopediaceae“
• Familie Oculatellaceae
• Familie Prochloraceae
• Familie Pseudanabaenaceae
• Familie Romeriaceae
• Familie Schizotrichaceae
• Familie Synechococcaceae

Phylum „Deferribacteres“

• Klasse Deferribacteres

• Ordnung Deferribacterales

• Familie Calditrichaceae
• Familie Deferribacteraceae

Phylum „Deinococcus-Thermus“

• Klasse Deinococci

• Ordnung Deinococcales

• Familie Deinococcaceae
• Familie Trueperaceae

• Ordnung Thermales

• Familie Thermaceae

• Ordnung Trueperales

• Familie Trueperaceae

Phylum „Dictyoglomi“

• Klasse Dictyoglomia

• Ordnung Dictyoglomales

• Familie Dictyoglomaceae

Phylum „Elusimicrobia“

• Klasse Elusimicrobia

• Ordnung Elusimicrobiales

• Familie Elusimicrobiaceae

• Klasse Endomicrobia

• Ordnung Endomicrobiales

• Familie Endomicrobiaceae

Phylum „Fibrobacteres“

• Klasse Chitinispirillia

• Ordnung Chitinispirillales

• Familie Chitinispirillaceae

• Klasse Chitinivibrionia

• Ordnung Chitinivibrioniales

• Familie Chitinivibrioniaceae

• Klasse Fibrobacteres

• Ordnung Fibrobacterales

• Familie Fibrobacteraceae

Phylum „Firmicutes“

• Klasse Bacilli (alternativ: Firmibacteria oder Teichobacteria)

• Ordnung Caryophanales (alternativ: Bacillales)

• Familie Alicyclobacillaceae
• Familie Bacillaceae
• Familie Caryophanaceae (alternativ: Planococcaceae)
• Familie Listeriaceae
• Familie Paenibacillaceae
• Familie Pasteuriaceae
• Familie Sporolactobacillaceae
• Familie Staphylococcaceae
• Familie Thermoactinomycetaceae

• Ordnung Lactobacillales

• Familie Aerococcaceae
• Familie Carnobacteriaceae
• Familie Enterococcaceae
• Familie Lactobacillaceae
• Familie Leuconostocaceae
• Familie Streptococcaceae

• Klasse Clostridia

• Ordnung Clostridiales (alternativ: Eubacteriales)

• Familie Caldicoprobacteraceae
• Familie „Catabacteriaceae“
• Familie Christensenellaceae
• Familie Defluviitaleaceae
• Familie Eubacteriaceae
• Familie Gracilibacteraceae
• Familie Heliobacteriaceae
• Familie Lachnospiraceae
• Familie Oscillospiraceae (alternativ: Ruminococcaceae)
• Familie Peptococcaceae
• Familie Peptoniphilaceae
• Familie Peptostreptococcaceae
• Familie Proteinivoraceae
• Familie Symbiobacteriaceae
• Familie Syntrophomonadaceae
• Familie Vallitaleaceae
• Familie „Xylanivirgaceae“

• Ordnung Halanaerobiales

• Familie Halanaerobiaceae
• Familie Halobacteroidaceae

• Ordnung Natranaerobiales

• Familie Natranaerobiaceae

• Ordnung Thermoanaerobacterales

• Familie Thermoanaerobacteraceae
• Familie Thermodesulfobiaceae
• Familie Zhaonellaceae

• Ordnung Thermosediminibacterales

• Familie Tepidanaerobacteraceae
• Familie Thermosediminibacteraceae

• Klasse Erysipelotrichia

• Ordnung Erysipelotrichales

• Familie Coprobacillaceae
• Familie Erysipelotrichaceae
• Familie Turicibacteraceae

• Klasse Limnochordia

• Ordnung Limnochordales

• Familie Limnochordaceae

• Klasse „Natranaerobiia“

• Familie „Natranaerofabaceae“

• Klasse Negativicutes

• Ordnung Acidaminococcales

• Familie Acidaminococcaceae

• Ordnung Selenomonadales

• Familie Selenomonadaceae
• Familie Sporomusaceae

• Ordnung Veillonellales

• Familie Veillonellaceae

• Klasse Thermolithobacteria

• Ordnung Thermolithobacterales

• Familie Thermolithobacteraceae

• Klasse Tissierellia

• Ordnung Tissierellales

• Familie Gottschalkiaceae

• Klasse „Tissierellia“

• Familie Gottschalkiaceae
• Familie Tissierellaceae

Phylum „Fusobacteria“

• Klasse Fusobacteriia

• Ordnung Fusobacteriales

• Familie Fusobacteriaceae
• Familie Leptotrichiaceae

Phylum „Gemmatimonadetes“

• Klasse Gemmatimonadetes

• Ordnung Gemmatimonadales

• Familie Gemmatimonadaceae

• Klasse Longimicrobia

• Longimicrobiaceae

Phylum „Kiritimatiellaeota“

• Klasse Kiritimatiellae

• Ordnung Kiritimatiellales

• Familie Kiritimatiellaceae

• Klasse Tichowtungiia

• Ordnung Tichowtungiales

• Familie Tichowtungiaceae

Phylum „Krumholzibacteriota“

• Klasse „Krumholzibacteria“

• Ordnung „Krumholzibacteriales“

• Familie „Krumholzibacteriaceae“

Phylum „Lentisphaerae“

• Klasse Lentisphaeria

• Ordnung Lentisphaerales

• Familie Lentisphaeraceae

• Ordnung Victivallales

• Familie Victivallaceae

• Klasse Oligosphaeria

• Ordnung Oligosphaerales

• Familie Oligosphaeraceae

Phylum „Margulisbacteria“

• Klasse „Termititenacia“

• Ordnung „Termititenacales“

• Familie „Termititenacaceae“

Phylum „Mcinerneyibacteriota“

• Klasse „Mcinerneyibacteria“

• Ordnung „Mcinerneyibacteriales“

• Familie „Mcinerneyibacteriaceae“

Phylum „Melainabacteria“

• Klasse „Melainabacteria“

• Ordnung „Gastranaerophilales“

• Gattung „Gastranaerophilus“

Phylum „Nitrospinae“

• Gattung „Candidatus Nitromaritima“

Phylum „Nitrospira“

• Klasse „Nitrospira“

• Ordnung „Nitrospirales“

• Familie „Nitrospiraceae“

Phylum „Parcubacteria“

• Gattung „Sonnebornia“

Phylum „Parcunitrobacteria“

• Klasse „Parcunitrobacteria“

• Ordnung „Parcunitrobacterales“

• Familie „Parcunitrobacteraceae“

Phylum „Peregrinibacteria“

• Klasse „Peribacteria“

• Ordnung „Peribacterales“

• Familie „Peribacteraceae“

Phylum „Planctomycetes“

Synonym: „Planctobacteria“

• Klasse Phycisphaerae

• Ordnung Phycisphaerales

• Familie Phycisphaeraceae

• Ordnung Sedimentisphaerales

• Familie Anaerohalosphaeraceae
• Familie Sedimentisphaeraceae

• Ordnung Tepidisphaerales

• Familie Tepidisphaeraceae

• Klasse Planctomycetia (alternativ: Planctomycea, vorher: Planctomycetacia)

• Ordnung Gemmatales

• Familie Gemmataceae

• Ordnung Isosphaerales

• Familie Isosphaeraceae

• Ordnung Pirellulales

• Familie Lacipirellulaceae
• Familie Pirellulaceae
• Familie Thermoguttaceae

• Ordnung Planctomycetales

• Familie Gemmataceae
• Familie Isosphaeraceae
• Familie Planctomycetaceae

Phylum Pseudomonadota

Phylum „Rhodothermaeota“

• Klasse Rhodothermia

• Ordnung Rhodotermales

• Familie Rhodothermaceae
• Familie Rubricoccaceae
• Familie Salinibacteraceae
• Familie Salisaetaceae Park

Phylum „Spirochaetae“

• Klasse Spirochaetes

• Ordnung Brachyspirales

• Familie Brachyspiraceae

• Ordnung Brevinematales

• Familie Brevinemataceae
• Familie „Longinemaceae“

• Ordnung Leptospirales

• Familie Borreliaceae
• Familie „Pillotinaceae“
• Familie Sphaerochaetaceae
• Familie Spirochaetaceae
• Familie Treponemataceae
• Familie Leptospiraceae

• Ordnung Spirochaetales

• Familie Borelliaceae
• Familie „Pillotinaceae“
• Familie Sphaerochaetaceae
• Familie Spirochaetaceae
• Familie Treponemataceae

Phylum „Synergistetes“

• Klasse Synergistia

• Ordnung Synergistales

• Familie Synergistaceae

Phylum „Tenericutes“

• Klasse Mollicutes

• Ordnung Acholeplasmatales

• Familie Acholeplasmataceae

• Ordnung Anaeroplasmatales

• Familie Anaeroplasmataceae

• Ordnung Entomoplasmatales

• Familie Entomoplasmataceae
• Familie Spiroplasmataceae

• Ordnung Haloplasmatales

• Familie Haloplasmataceae

• Ordnung Mycoplasmatales

• Familie Mycoplasmataceae

• Ordnung Mycoplasmoidales

• Familie Metamycoplasmataceae
• Familie Mycoplasmoidaceae

Phylum „Thermodesulfobacteria“

• Klasse Thermodesulfobacteria

• Ordnung Thermodesulfobacteriales

• Familie Thermodesulfobacteriaceae

Phylum „Thermomicrobia“

• Klasse Thermomicrobia

• Ordnung Sphaerobacterales

• Familie Sphaerobacteraceae

• Ordnung Thermomicrobiales

• Familie Thermomicrobiaceae

Phylum „Thermotogota“

Alternativ: „Synthermota“ oder „Thermotogaeota“

• Klasse Thermotogae

• Ordnung Kosmotogales

• Familie Kosmotogaceae

• Ordnung Mesoaciditogales

• Familie Mesoaciditogaceae

• Ordnung Petrotogales

• Familie Petrotogaceae

• Ordnung Thermotogales

• Familie Fervidobacteriaceae
• Familie Thermotogaceae

Phylum „Verrucomicrobia“

(in der GTDB: Verrucomicrobiota)

• Klasse Opitutae

• Ordnung Opitutales

• Familie Opitutaceae

• Ordnung Puniceicoccales

• Familie Puniceicoccaceae

• Klasse Terrimicrobia

• Ordnung Terrimicrobiales

• Familie „Chthoniobacteraceae“
• Familie Terrimicrobiaceae

• Ordnung Verrucomicrobiae

• Klasse Verrucomicrobiae

• Ordnung Verrucomicrobiales

• Familie Akkermansiaceae
• Familie Rubritaleaceae
• Familie Verrucomicrobiaceae

Phyla bestätigter Gruppen

• Phylum Firmicutes: Die Stellung vieler Mitglieder dieses Phylums ist derzeit schlecht zu klären. Dabei spielt nicht nur historischer Ballast eine Rolle, sondern auch die eingeschränkten Möglichkeiten der phylogenetischen Analyse. Während einige Mitglieder aus nachvollziehbaren Gründen nur vollkommen falsch klassifiziert waren, kann man in einigen Bereichen weitgehende Änderungen nicht ausschließen. Diese betrifft unter anderem auch das Phylum Deferribacteres. Mit der fortschreitenden Analyse ganzer Genome wird möglicherweise weiter Klarheit geschaffen.
  • Klasse „Bacilli“
    • Ordnung Bacillales
      • Familie Caryophanaceae: Sonstige Gründe
  • Klasse „Clostridia“
    • Ordnung Clostridiales
      • Familie Oscillospiraceae: Die Typusgattung ist der Familie der Ruminococcaceae zugeordnet.
• Phylum Proteobacteria
  • Klasse Gammaproteobacteria: Die Stellung vieler Mitglieder dieses Phylums ist derzeit schlecht zu klären. Dabei spielt nicht nur historischer Ballast eine Rolle, sondern auch die eingeschränkten Möglichkeiten der phylogenetischen Analyse.
  • Klasse Deltaproteobacteria: Die Familie der Syntrophorhabdaceae ist dieser Klasse zugeordnet, aber bisher noch keiner Ordnung oder Unterordnung.
• Phylum Tenericutes: Dieses Phylum wurde zusätzlich zur Information der Sequenzen des 16S rRNA Gens durch Unterschiede weiterer phylogenetischer Marker und seine besonderen Eigenschaften von den Firmicutes abgegrenzt. Die Sequenzen des 16S rRNA Gens zeigen direkte Verwandtschaft zur Klasse/Ordnung der „Erysipelotrichi“.
• Phylum Verrucomicrobia
  • Klasse
    • Ordnung
      • Familie Xiphinematobacteriaceae: Ein Typstamm konnte nicht isoliert werden (syntrophe Bakterien, Parasiten, Endosymbionten oder andere Gründe), daher nicht als Art, sondern als Candidatus definiert. Nach den derzeitigen Regeln des ICSB gibt es dafür keinen validierten Platz in der Taxonomie. Vorläufig kein Eintrag.
• Phylum „Calditrichaeota“: Eine weitere Einteilung in Ordnung und Familie fehlt derzeit (Dezember 2018) noch.

Kandidatengruppen aus Metagenomanalysen

Metagenomanalysen aus verschiedenen Habitaten zeigen, dass die Systematik der kultivierbaren Bakterien auch mit den oben genannten Methoden immer noch ein sehr unvollständiges Bild des gesamten Spektrums liefert. Kleine Formen von Bakterien (und Archaeen) mit langsamem Stoffwechsel blieben bisher unberücksichtigt, machen aber einen großen Anteil im Boden wie auch in den Ozeanen und Süßgewässern aus. Unter Berücksichtigung der vorläufigen Ergebnisse dieser Analysen wurde ein erheblich erweiterter Stammbaum vorgeschlagen. Es wird vermutet, dass es diese 15 % der gesamten bakteriellen Diversität ausmachen und aus mehr als 35 bis 70 verschiedenen Phyla bestehen.

• „Microgenomates“ / OP11

Es wurde ursprünglich angenommen, dass die „Mikrogenomates“ ein einzelnes Phylum bilden. Tatsächlich gibt es aber Hinweise, dass diese Gruppe über 11 bakterielle Phyla umfasst, einschließlich „Curtissbacteria“, „Daviesbacteria“, „Levybacteria“, „Gottesmanbacteria“, „Woesebacteria“, „Amesbacteria“, „Shapirobacteria“, „Roizmanbacteria“, „Beckwithbacteria“, „Collierbacteria“ und „Pacebacteria“. Nach neueren Untersuchungen stehen die „Woykebacteria“ basal in den „Microgenomates“. Die Gruppe wurde ursprünglich mit dem Akronym OP11 nach dem Fundort Obsidian Pool (44,6101° N, 110,4388° W44.61006-110.4388) im Yellowstone-Nationalpark benannt.

• „Parcubacteria“ / OD1

Auch die Gruppe der „Parcubacteria“ wurde ursprünglich als ein einziges Phylum von Kandidaten mit einer 16S-rRNA von weniger als 100 Nukleotiden beschrieben. Inzwischen steht aber eine viel größere Vielfalt an solchen 16S rRNA-Sequenzen aus Genomanalysen unkultivierter Organismen zur Verfügung. Man schätzt daher, dass diese Gruppe aus bis zu 28 bakteriellen Phyla bestehen könnte. Passend dazu sind jetzt bereits über 14 Phyla innerhalb dieser Gruppe der Parcubakterien beschrieben worden, einschließlich „Kaiserbacteria“, „Adlerbacteria“, „Campbellbacteria“, „Nomurabacteria“, „Giovannonibacteria“, „Wolfebacteria“, „Jorgensenbacteria“, „Yanofskybacteria“, „Azambacteria“, „Moranbacteria“, „Uhrbacteria“ und „Magasanikbacteria“. Nach neueren Untersuchungen gehören etliche weitere Kandidatenphyla zu dieser Gruppe, wie die „Brownbacteria“, die „Hugbacteria“ und die „Azambacteria“ (letztere sind offenbar nicht monophyletisch und wurden daher aufgespalten); die Gruppe selbst wurde aufgeteilt in vier größere (und weitere kleinere) Untergruppen „Parcubacteria 1“ bis „Parcubacteria 4“.

• Ca. Eremiobacterota / Eremiobacteraeota / WPS-2

Vertreter der zu dieser Gruppe gehörenden Klasse Eremiobacter(i)ia wurden bei Metagenomanalysen von Proben auf der Vulkaninsel Hunga Tonga-Hunga Haʻapai gefunden, bevor diese durch einen Ausbruch im Januar 2022 weitestgehend zerstört wurde.

• „Patescibacteria“ / CPR

CPR (englisch Candidate Phyla radiation) ist ein beschreibender Begriff, der sich auf eine monophyletische Gruppe (Klade) von Kandidaten-Phyla innerhalb der Domäne der Bakterien bezieht.

Da die CPR-Mitglieder bisher bis auf wenige Ausnahmen nicht kultivierbar sind, können sie nicht formell in die bakterielle Taxonomie aufgenommen werden. Für eine Reihe von provisorischen oder Kandidatennamen besteht jedoch bereits eine allgemeine Übereinkunft.

Die „Patescibacteria“ wurden ursprünglich als Superphylum vorgeschlagen, um die Gruppen der „Microgenomates“ (OP11), „Parcubacteria“ (OD1) und „Gracilibacteria“ (GNO2/BD1-5) zusammenzufassen.

Neuere phylogenetische Analysen zeigen, dass der letzte gemeinsame Vorfahre dieser Taxa derselbe Knoten ist wie der der CPR.

Die „Peregrinibacteria“ scheinen eher mit den „Gracilibacteria“ eine gemeinsame Klade innerhalb von CPR zu bilden, als den „Parcubacteria“ anzugehören.

Die „Saccharibacteria“ (TM7) könnten ähnlich eher mit den „Berkelbacteria“ eine gemeinsame Klade bilden, als den „Parcubacteria“ anzugehören. Das anfangs benutzte für diese Gruppe benutzte Akronym TM7 leitet sich ab von „Torf, Mittlere Schicht“. Dies ist die erste Gruppe der CPR, bei denen die Isolation von Vertretern gelang.

Die „Dojkabacteria“ (WS6) und die „Katanobacteria“ (WWE3) könnten in beide in einer basalen Position (d. h. ohne weitere Zuordnung) noch CPR angehören. WS ist Akronym für Wurtsmith contaminated aquifer.

• „Wirthbacteria“

„Wirthbacteria“ ist ein vorgeschlagenes Bakterienphylum, der nur eine bekannte Stichprobe aus dem Aquifer des Kaltwassergeysirs Crystal Geyser, der Spezies „Wirthibacter wanneri“. Dieses Bakterium steht in einer basalen Position zur CPR-Gruppe (Candidate Phyla Radiation), wird aber nicht als Teil dieser Gruppe angesehen. Diese Bakterien wurden durch Genomanalyse identifiziert und konnten bisher noch nicht kultiviert werden. Sie weisen einige Merkmale wie die Mitglieder der CPR-Gruppe auf wie z. B. geringe Größe, fehlende Atmungsketten, reduzierter Stoffwechsel, niedrige Nukleotid- und Aminosäuresynthese usw., und stehen dieser Gruppe daher nahe. Die letzten drei genannten Merkmale erschweren die Kultivierung dieser Bakterien.

• „Planctobacteria“ / PVC

Die „Planctobacteria“ (auch als PVC-Gruppe bezeichnet, benannt nach den Mitgliedsphyla „Planctomycetes“, „Verrucomicrobia“ und „Chlamydiae“) umfasst insgesamt folgende Phyla: „Chlamydiae“, „Lentisphaerae“, „Omnitrophica“, „Planctomycetes“, „Poribacteria“ und „Verrucomicrobia“.

• „Sphingobacteria“ / FCB

Die „Sphingobacteria“ (auch als FCB-Gruppe bezeichnet, benannt nach den Mitgliedsphyla „Fibrobacteres“, „Chlorobi“ und „Bacteroidetes“) umfassen folgende Phyla: „Bacteroidetes“, „Calditrichaeota“, „Chlorobi“ inklusive des möglichen Synonyms „Ignavibacteriae“, „Cloacimonetes“, „Fibrobacteres“, „Gemmatimonadetes“, „Latescibacteria“, „Marinimicrobia“ und „Zixibacteria“.

Die Bezeichnung „Sphingobacteria“ (s. l. ein Synonym FCB-Gruppe, s. s. ein Synonym für Bacteroidetes) ist zu unterscheiden von der Klasse „Sphingobacteriia“, einem Mitglied der „Bacteroidetes“ und damit Teil der FCB-Gruppe.

• „Terrabacteria“

Das vorgeschlagene Superphylum „Terrabacteria“ umfasst die Phyla „Actinobacteria“, „Armatimonadetes“ (OP10), „Cyanobacteria“, „Deinococcus–Thermus“, „Chloroflexi“ und „Firmicutes“.

• „Proteobacteria“

Es wurde vorgeschlagen, dass einige Mitgliedsklassen aus bisherigen Phylum „Proteobacteria“ als eigenständige Phyla anzuerkennen, was die „Proteobacteria“ in den Rang eines Superphylums erheben würde. Zudem bildet das bisherige Phylum der Deltaproteobakteria keine konsistente monophyletische Abstammungslinie mit den anderen Klassen der „Proteobakteria“.

• „kryptische Superphyla“

Mehrere Kandidaten-Phyla („Microgenomates“, „Omnitrophica“, „Parcubacteria“ und „Saccharibacteria“) und mehrere akzeptierte Phyla („Elusimicrobia“, „Caldiserica“ und „Armatimonadetes“) wurden vorgeschlagen, in den Rang von Superphyla zu erheben, die fälschlicherweise als Phyla beschrieben wurden, weil Regeln zur Definition eines Bakterienphylums fehlen (und erst recht eines Superphylums), oder weil aufgrund einer ursprünglich mangelnden Sequenzvielfalt in den Gendatenbanken zu dem Zeitpunkt, als das betreffende Phylum etabliert wurde. So wird z. B. vorgeschlagen, dass der zunächst als Phylum vorgeschlagene Kandidat „Parcubacteria“ in Wirklichkeit ein Superphylum ist, das 28 untergeordnete Phyla umfasst, mit vier größeren Untergruppen „Parcubacteria 1“ bis „Parcubacteria 4“ (s. o.). Ebenso ist das Phylum „Elusimicrobia“ in Wirklichkeit eher ebenfalls ein Superphylum, das 7 untergeordnete Phyla umfasst. Die CPR-Gruppe wäre dann konsequenterweise in den Rang eines Reichs oder wenigstens Unterreichs (en. infrakingdom) zu erheben.

Liste von CPR und Verwandte

Anbei eine vorläufige Systematik der vorgeschlagenen Phyla von CPR und naher Verwandter. Die Zuordnung zu Microgenomates, Parcubacteria und weitere folgt dabei Jaffe (2020).

• „Wirthbacteria“ [es] [en] - Schwestertaxon zu CPR

• „Microgenomates“ (OP11) [en] – nach Brown et al. (2015), bis auf „Blackburnbacteria“, „Chisholmbacteria“ und „Woykebacteria“:

• „Amesbacteria“
• „Beckwithbacteria“
• „Blackburnbacteria“ (RIF35)
• „Chisholmbacteria“ (RIF36)
• „Collierbacteria“
• „Curtissbacteria“
• „Daviesbacteria“
• „Gottesmanbacteria“
• „Levybacteria“
• „Pacebacteria“
• „Roizmanbacteria“
• „Shapirobacteria“
• „Woesebacteria“
• „Woykebacteria“

Den „Microgenomates“ nahestehend:

• „Dojkabacteria“ (WS6) – basal
• „Katanobacteria“ (WWE3) [en] – fast basal

• „Parcubacteria“ (OD1) – nach Brown et al. (2015), Fig. S2a, und – markiert mit [*] – Anantharaman et al. (Okt. 2016), bis auf „Brownbacteria“, „Hugbacteria“, „Gribaldobacteria“ und „Torokbacteria“:

• „Parcubacteria 1“

• „Buchananbacteria“ (RIF37) [*]
• „Falkowbacteria“
• „Jacksonbacteria“ (RIF38) [*]
• „Kerfeldbacteria“ (RIF4) [*]
• „Komeilibacteria“ (RIF6) [*] (gelegentliche Fehlschreibung als „Komelilbacteria“)
• „Kuenenbacteria“
• „Magasanikbacteria“
• „Uhrbacteria i“ (offenbar polyphyletisch, gesplittet, ad-hoc-Nummerierung hier)
• „Uhrbacteria ii“

Den „Parcubacteria 1“ nahestehend:

• „Doudnabacteria“ (SM2F11) [*]

Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:

• „Veblenbacteria“ (RIF39) [*]

• „Parcubacteria 2“

• „Gribaldobacteria“
• „Nealsonbacteria“ (RIF40) [*]
• „Staskawiczbacteria“ (RIF20) [*]
• „Spechtbacteria“ (RIF19) [*]
• „Terrybacteria“ (RIF13) [*]
• „Wildermuthbacteria“ (RIF21) [*]

• „Parcubacteria 3“

• „Brennerbacteria“ (RIF18) [*]
• „Colwellbacteria“ (RIF41) [*]
• „Harrisonbacteria“ (RIF43) [*]
• „Jorgensenbacteria“
• „Liptonbacteria“ (RIF42) [*]
• „Wolfebacteria“

• „Parcubacteria 4“

• „Adlerbacteria“
• „Campbellbacteria i“ (offenbar polyphyletisch, gesplittet, ad-hoc-Nummerierung hier)
• „Campbellbacteria ii“
• „Kaiserbacteria“
• „Lloydbacteria“ (RIF45) [*]
• „Nomurabacteria“ [en]
• „Taylorbacteria“ (RIF16) [*]
• „Vogelbacteria“ (RIF14) [*]
• „Yonathbacteria“ (RIF44) [*]
• „Zambryskibacteria“ (RIF15) [*]

Den „Parcubacteria 4“ nahestehend:

• „Giovannonibacteria“
• „Ryanbacteria“ (RIF10) [*]
• „Sungbacteria“ (RIF17) [*]
• „Tagabacteria“ (RIF12) [*]

Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:

• „Andersenbacteria“ (RIF9) [*]
• „Niyogibacteria“ (RIF11) [*]
• „Portnoybacteria“ (RIF22) [*]

• Nicht-klassifizierte „Parcubacteria“:

• „Azambacteria i“ [*] (offenbar polyphyletisch, gesplittet, Nummerierung der Autoren)
• „Azambacteria ii“ [*]
• „Moranbacteria“ (OD1-I)
• „Torokbacteria“
• „Yanofskybacteria“

Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:

• „Brownbacteria“
• „Hugbacteria“
• „Parcunitrobacteria“

• Saccharibacteria-Berkelbakteria-Klade – nach Jaffe et al.(2020), bis auf „Lindowbacteria“:

• „Berkelbacteria“ (ACD58) [en]
• „Howlettbacteria“
• „Kazanbacteria“ (3B-28)
• „Saccharibacteria“ (TM7) [en]

ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:

• „Lindowbacteria“ (RIF2)

• Gracilibacteria-Absconditabacteria-Peregrinibacteria-Klade – nach Jaffe et al.(2020), bis auf „Fertabacteria“:

• „Abawacabacteria“
• „Absconditabacteria“ (SR1)
• „Gracilibacteria“ (GN02, BD1-5) [en]
• „Peregrinibacteria“ (PER)
• „Peribacteria“

Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:

• „Fertabacteria“ [en]