1992–2000

Der FK Lokomotive Moskau war nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion einer der Gründungsmitglieder der neugeschaffenen russischen Obersten Liga. Bis ins Jahr 2000 wurden stets Plätze im oberen Drittel der Tabelle belegt. In den Spielzeiten 1995, 1999 und 2000 gewann das Team die Vizemeisterschaft. 1994 und 1998 wurde der dritte Tabellenplatz erreicht. Als schlechtestes Abschneiden gilt dabei der sechste Tabellenrang aus der Saison 1996. Aus dieser Zeit stammen auch drei Pokalerfolge (1996, 1997 und 2000). Als Cheftrainer des Vereines war durchgehend Juri Sjomin, der bereits 1986 zu Lokomotive wechselte und wo er 19 Jahre lang bleiben sollte.

2001–2010: Zweifacher russischer Meister

2001 wurde sowohl der vierte Gewinn des russischen Pokals gefeiert als auch erneut der zweite Platz mit vier Punkten Rückstand auf Spartak Moskau am Ende der Saison belegt. Im russischen Pokal 2001/02 schied das Team bereits in der 1/16-finale gegen den FK Elista aus. In der dritten Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League 2001/02 wurde der FC Tirol Innsbruck bezwungen. In der Gruppenphase belegten sie der dritten Tabellenrang hinter Real Madrid, AS Rom und vor dem RSC Anderlecht. Dadurch gelangten sie in die dritte Runde des UEFA-Pokals 2001/02, wo sie Hapoel Tel Aviv unterlegen waren.

2002 wurde der erste Meistertitel errungen und somit die langjährige Hegemonie von Spartak Moskau gebrochen. Da Lokomotive und ZSKA Moskau am Ende der Saison punktgleich an der Tabellenspitze standen, wurde ein Entscheidungsspiel um die Meisterschaft durchgeführt. Am 21. November 2002 gewann Lokomotive Moskau im Dynamo-Stadion mit 1:0 (6 min; Dmitri Loskow) und sicherte sich damit den Meistertitel. Im Pokal 2002/03 schied das Team allerdings bereits im Achtelfinale gegen Anschi Machatschkala nach einer 0:1-Niederlage aus.

Im darauffolgenden Jahr erreichte der Verein nur den vierten Platz in der russischen Meisterschaft. Im Viertelfinale des Pokals 2003/04 musste sich die Mannschaft dem Schinnik Jaroslawl geschlagen geben. In der dritten Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League 2002/03 wurde zunächst der österreichische Vertreter Grazer AK besiegt. Anschließend überstand Lokomotive die erste Gruppenphase als Tabellenzweiter gegen FC Barcelona, FC Brügge und Galatasaray Istanbul. In der zweiten Gruppenphase war die Mannschaft gegen den späteren Pokalgewinner AC Mailand, Real Madrid und Borussia Dortmund bei nur einem einzigen Unentschieden und fünf Niederlagen ohne jegliche Chance aufs Weiterkommen.

2004 konnte Lokomotive den zweiten russischen Meistertitel feiern, als der Titelverteidiger und Lokalrivale ZSKA Moskau einen Punkt weniger sammeln konnte. Zum Abschluss gewann Lok. Moskau mit 2:0 im Auswärtsspiel bei Schinnik Jaroslawl. Aus dem Pokalwettbewerb 2004/05 wurde die Mannschaft im 1/16-finale von Tschernomorez Noworossijsk rausgeworfen.

Die Spielzeit 2005 wurde vom Verein mit dem dritten Platz abgeschlossen. Im Pokal 2005/06 kam das Team nicht über die Viertelfinale hinaus, wo sich Spartak Moskau als stärkere Mannschaft erwies. Am Ende der Saison 2006 wurde wie im Vorjahr der dritte Rang erkämpft. Allerdings konnte der russische Pokal 2006/07 gewonnen werden, als im Finale der FK Moskau mit 1:0 bezwungen wurde. Ende 2006 wurde der ehemalige Trainer Juri Sjomin als neuer Präsident verpflichtet. Der neue Trainer wurde Anatoli Byschowez. 2007 belegte Lokomotive den enttäuschenden siebten Rang, so dass beide (Sjomin und Byschowez) wieder entlassen worden waren. Im Pokal 2007/08 war im 1/16-finale nach einer 0:1-Auswärtsniederlage gegen Ural Swerdlowsk Oblast Endstation. Die nächste Saison 2008 beendete der Verein mit Raschid Rachimow als Cheftrainer erneut auf dem siebten Platz, woraufhin auch er gehen musste. Im Pokal 2008/09 schaffte Lokomotive bis zum Viertelfinale, wo er sich dem späteren Pokalgewinner ZSKA Moskau mit 0:1 geschlagen geben musste. Im Mai 2009 kehrte Juri Sjomin als Cheftrainer zu Lokomotive zurück. In der Saison 2009 belegte das Team den vierten Tabellenplatz. Im russischen Pokal 2009/10 schied die Mannschaft im Sechzehntelfinale gegen SKA-Energija Chabarowsk nach einer 1:2-Auswärtsniederlage aus. Nach dem fünften Tabellenplatz in der Saison 2010 wurde der Trainer Juri Sjomin wieder entlassen.

Seit 2011

Zur Saison 2012/13 wurde der Kroate Slaven Bilić als Nachfolger des Portugiesen José Couceiro, dessen auslaufender Vertrag als Cheftrainer nicht verlängert worden war. Bereits am 17. Juni 2013, nach nur einer Saison in Moskau, in der mit dem neunten Rang die bis dahin schlechteste Platzierung in der russischen Premjer-Liga erzielt wurde, löste Bilić seinen Vertrag auf. Daraufhin wurde er durch Leanid Kutschuk ersetzt, der bereits am 15. September 2014 ebenfalls gehen musste.

Den ersten Titel nach acht Jahren holte Lok 2015 mit dem Gewinn des nationalen Pokalwettbewerbs als im Finalspiel im Astrachaner Zentralstadion nach einem Rückstand noch ein 3:1-Sieg nach Verlängerung gegen den FK Kuban Krasnodar erkämpft wurde. Lok holte diesen Titel damit zum sechsten Mal. Somit war die Mannschaft direkt für die Gruppenphase der UEFA Europa League 2015/16 qualifiziert. Mit Sporting Lissabon, Beşiktaş Istanbul und KF Skënderbeu Korça vervollständigte Lokomotive die Gruppe H des Wettbewerbs und zog als Tabellenerster in das Sechzehntelfinale, wo sie allerdings gegen Fenerbahçe Istanbul ausschied. Im August 2016 kehrte Juri Sjomin erneut als Cheftrainer zu Lokomotive zurück.

Am 2. Mai 2017 gewann Loko seinen siebten russischen Pokal. Dabei wurde im Finale Ural Oblast Swerdlowsk mit 2:0 im Olympiastadion Sotschi besiegt. Dadurch nahm Lokomotive an der Gruppenphase der UEFA Europa League 2017/18 teil. In der Gruppe F traf Moskau auf den FC Kopenhagen, Sheriff Tiraspol sowie den FC Fastav Zlín und erreichte als Tabellenerster das Sechzehntelfinale, wo der OGC Nizza besiegt wurde. Im Achtelfinale schieden die Eisenbahner gegen Atlético Madrid aus.

Am 5. Mai 2018 gewann Loko daheim mit 1:0 gegen Zenit St. Petersburg und sicherte sich somit den dritten russischen Meistertitel. Somit nahm die Mannschaft an der UEFA Champions League 2018/19 teil. Der Verein schied nach der Gruppenphase gegen den FC Porto, FC Schalke 04 und Galatasaray Istanbul mit nur einem Sieg bei fünf Niederlagen als Tabellenletzter aus dem Wettbewerb aus.