Bis 1970

Seine erfolgreichste Zeit hatte der Verein gleich nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges. Die Mannschaft gewann die Vizemeisterschaft in der ersten Austragung des wiederaufgenommenen Spielbetriebs der sowjetischen obersten Liga im Jahre 1945. Es folgten drei hintereinander folgende Meistertitel. 1949 wurde das Team erneut Zweiter. In den darauffolgenden beiden Spielzeiten konnte sich die Mannschaft erneut mit dem Meistertitel krönen. Die Geschichte der Fußballabteilung aus dieser Zeit ist eng mit der Eishockeyabteilung des Sportvereines dem HK ZSKA Moskau verknüpft, denn von den Führungsspielern wie Wsewolod Bobrow wurden beide Sportarten parallel betrieben.

Nach den erfolgreichen Zeiten wurden die Olympischen Spiele 1952 in Helsinki dem ZDSA Moskau zum Verhängnis. Die Spieler des Klubs bildeten den Kern der Sbornaja, die nach zähen Verhandlungen erst kurz vor dem olympischen Fußballturnier dem Weltfußballverband FIFA beigetreten war. Auch der Trainer Boris Arkadjew war gleichzeitig in der Nationalmannschaft und beim Armeeklub beschäftigt. Doch bereits im Achtelfinale kam das Aus. Die 1:3-Niederlage im Wiederholungsspiel (die erste Partie endete mit 5:5-Unentschieden) gegen Jugoslawien war aus sportlicher Hinsicht ein nationales Desaster. Da sie ausgerechnet gegen Jugoslawien verloren, war ein weiterer Affront, denn seit 1947 befanden sich beide Länder in einem politischen Konflikt. Die Niederlage hatte für ZDSA und seine Spieler schwerwiegende Konsequenzen. Der sowjetische Machthaber Josef Stalin ließ den Verein am 18. August 1952 auflösen. Für Geheimdienstchef Lawrenti Beria war das olympische Ausscheiden die perfekte Gelegenheit, den erfolgreichen Stadtrivalen zu eliminieren. Als Chef des KGB war er gleichzeitig Ehrenpräsident von FK Dynamo Moskau – dem Verein des Geheimdienstes. Auch für die meisten Spieler von ZDSA war ihre Nationalmannschaftskarriere beendet.

Nach zwei Spielzeiten Abstinenz und nachdem Stalin im Frühling 1953 gestorben war sowie Berija im Dezember gleichen Jahres erschossen wurde, wurde ZDSA Moskau im Jahre 1954 auf Initiative des damaligen sowjetischen Verteidigungsministers Nikolai Bulganin wieder gegründet. Kurze Zeit danach gewann die Mannschaft den sowjetischen Fußballpokal 1955 als im Finale Dynamo Moskau mit dem legendären Torwart Lew Jaschin, der in der Finalpartie vom Platz gestellt wurde, bezwungen wurde. Erst 1970 wurde der nächste Titel gefeiert. In diesem Jahr wurde ZSKA erneut sowjetischer Meister, dabei sammelte die Mannschaft die gleiche Anzahl an Punkten wie auch Dynamo Moskau. Das erste Entscheidungsspiel am 5. Dezember 1970 im usbekischen Taschkent endete torlos. Am nächsten Tag wurde das zweite Entscheidungsspiel nach 1:3-Rückstand noch mit 4:3 gegen Dynamo gewonnen. Die Mannschaft von ZSKA hatte sich durch den Gewinn der Meisterschaft für die erste Runde des Europapokals der Landesmeister qualifiziert. Zuerst wurde Galatasaray Istanbul ausgeschaltet, anschließend schied ZSKA gegen den belgischen Vertreter Standard Lüttich aus.

1971 bis 1991

1984, als von 68 möglichen lediglich 19 Punkte erkämpft wurden, musste der Verein den erstmaligen Abstieg in seiner Geschichte in die Zweitklassigkeit verkraften, wo ZSKA zwei Spielzeiten verbrachte. 1987 folgte der zweite Abstieg. Erneut konnte sich ZSKA nach zwei Saisons in der Perwaja Liga zurückkämpfen, sicherte sich sofort die Vizemeisterschaft und gewann sogar die letzte Austragung der Fußballmeisterschaft der Sowjetunion im Jahre 1991. Durch den Meistertitel aus der Saison 1991 qualifizierte sich ZSKA Moskau für die erste Runde der UEFA Champions League 1992/93, wo die isländische Mannschaft von Víkingur Reykjavík bezwungen wurde. Anschließend wurde in der zweiten Runde der spanische Spitzenverein FC Barcelona besiegt. Die Gegner in der Gruppe A waren der spätere Gewinner der laufenden Champions League Olympique Marseille, die Glasgow Rangers und der FC Brügge. Als Gruppenvierter mit nur zwei Unentschieden bei vier Niederlagen konnte ZSKA Moskau nicht an die Leistungen aus den Begegnungen mit dem FC Barcelona anknüpfen und schied aus dem Wettbewerb aus.

1992 bis 2004

Der PFK ZSKA Moskau war nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion einer der Gründungsmitglieder der neugeschaffenen russischen Obersten Liga. In den ersten sechs Spielzeiten belegte die Mannschaft die Plätze im Tabellenmittelfeld. In der Saison 1998 wurde die erste Vizemeisterschaft und in der nächsten Spielzeit der dritte Rang erkämpft. In den darauffolgenden beiden Spielzeiten belegte ZSKA Moskau erneut Plätze im gesicherten Mittelfeld der Tabelle. In der Saison 2002 gewann die vom Russen Waleri Gassajew trainierte Mannschaft erneut die Vizemeisterschaft. 2003 wurde der erste Meisterschaftsgewinn in der russischen Eliteliga gefeiert. Danach wurde der Cheftrainer Waleri Gassajew überraschend entlassen. Als sein Nachfolger wurde der Portugiese Artur Jorge verpflichtet. Unter dem neuen Trainer konnte das Team nicht an die Leistungen aus der Meistersaison anknüpfen. Somit wurde bereits im Juli 2004 als ZSKA auf den fünften Tabellenplatz abgerutscht war Artur Jorge nach nur einer achtmonatiger Amtszeit wieder entlassen. Unter dem zurückgekehrten Waleri Gassajew konnte ZSKA 2004 noch den Vizemeistertitel gewinnen.

Seit 2005

In der Saison 2005 war die Mannschaft über die Qualifikation zur UEFA Champions League in die Endrunde der Königsklasse gelangt, belegte nach der Vorrunde den dritten Platz und nahm deshalb anschließend am UEFA-Pokal teil. Der Einzug ins Finale war jedoch von schweren Ausschreitungen der ZSKA-Fans im Rückspiel des Halbfinals gegen den FC Parma (3:0) überschattet. Der Torwart von Parma, Luca Bucci, war von einem Feuerwerkskörper aus der ZSKA-Fankurve verletzt worden und musste später ausgewechselt werden. Der europäische Fußballverband UEFA entschied, das Ergebnis anzuerkennen, ZSKA jedoch mit einer Europapokal-Partie unter Ausschluss der Öffentlichkeit (ein weiteres Heimspiel zur Bewährung) zu bestrafen. Der Verein musste zudem eine Geldstrafe in Höhe von 65.000 Euro entrichten.

Anschließend, am 18. Mai 2005 gewann die Mannschaft als erste russische Mannschaft überhaupt einen europäischen Pokal, den UEFA-Pokal 2004/05 im José-Alvalade-Stadion zu Lissabon, Portugal, gegen Sporting Lissabon mit 3:1. Danach verlor die Mannschaft am 26. August 2005 das Supercup-Spiel gegen den englischen Club FC Liverpool im Stade Louis II, Monaco, mit 1:3 n. V. In diesem Jahr holte sich ZSKA den zweiten russischen Meistertitel in der Premjer-Liga und den russischen Pokal.

Die Mannschaft von ZSKA hatte sich durch den Gewinn der Meisterschaft 2005 für die dritte Qualifikationsrunde zu der UEFA Champions League 2006/07 qualifiziert und kam gegen MFK Ružomberok weiter. Nach der Gruppenphase belegte ZSKA den dritten Platz und war somit für die Runde der letzten 32 im UEFA-Pokal qualifiziert, schied dort jedoch gegen den israelischen Vertreter Maccabi Haifa aus. In der Saison 2006 holte ZSKA das nationale Triple, denn die Mannschaft gewann alle drei nationalen Titelkämpfe: die Meisterschaft, den Pokal und den russischen Supercup.

ZSKA war als russischer Meister für die UEFA Champions League 2007/08 qualifiziert. Nach der Gruppenphase belegte ZSKA mit nur einem einzigen Unentschieden bei fünf Niederlagen den vierten und letzten Platz und schied aus. In der russischen Meisterschaft 2007 wurde ZSKA Dritter, gewann jedoch den russischen Supercup.

In der ersten Saisonhälfte 2008 spielte ZSKA weit unter den Erwartungen und belegte zur Saisonpause sogar nur den enttäuschenden siebten Platz. Nach der Europameisterschaft stellte Waleri Gassajew, der zu dieser Zeit seinen Rücktritt zum Saisonende bekanntgab, die Spieltaktik auf vier Verteidiger um und ließ den jungen Alan Dsagojew spielen, der als eines der größten Talente im russischen Fußball galt. Dadurch beendete ZSKA seine Negativserie und zeigte fortan effektiven Fußball. Zum Meistertitel reichte es aber nicht mehr, und ZSKA holte die Vizemeisterschaft hinter Rubin Kasan. Im UEFA-Pokal 2008/09 war ZSKA die einzige Mannschaft, die aus vier Gruppenspielen zwölf Punkte holen konnte. Danach war die Mannschaft bis ins Achtelfinale vorgestoßen, wo sie dem späteren UEFA-Pokal-Sieger Schachtar Donezk aus der Ukraine nach einem 1:0-Heimerfolg und anschließender 0:2-Auswärtsniederlage unterlegen war. Außerdem gewann das Team zum dritten Mal den russischen Pokal.

Im Januar 2009 übernahm der Brasilianer Zico den Chef-Trainerposten bei ZSKA. Zur Saisonhälfte 2009 belegte der Verein lediglich den vierten Platz. Am Ende der Saison 2009 reichte es mit Platz fünf gerade noch für die Teilnahme an der UEFA Europa League 2010/11. Infolgedessen wurde im September 2009 der brasilianische Chef-Trainer wegen Erfolglosigkeit entlassen. Noch im selben Monat wurde der Spanier Juande Ramos als sein Nachfolger unter Vertrag genommen und bereits am 26. Oktober ebenfalls entlassen wurde. Der Club gewann zum vierten Mal den russischen Supercup und wurde zum fünften Mal russischer Pokalsieger. Die Mannschaft hatte sich zudem für das Viertelfinale der Champions League qualifiziert, wo beide Spiele gegen den späteren Gewinner Inter Mailand jeweils mit 0:1 verloren gingen.

Als neuer Chef-Trainer wurde im Oktober 2009 der Russe Leonid Sluzki vorgestellt. In der nationalen Meisterschaft des Jahres 2010 wurde die Mannschaft Vizemeister. Im russischen Pokal schied das Team bereits im Sechzehntelfinale gegen den Zweitligisten Ural Swerdlowsk Oblast aus. In der Europa League schaffte es ZSKA Moskau bis ins Achtelfinale, wo die Mannschaft dem FC Porto nach zwei Niederlagen (0:1 und 1:2) unterlegen war.

Durch die Vizemeisterschaft aus der Saison 2010 qualifizierte sich der Verein für die Gruppenphase der UEFA Champions League 2011/12. Die Gegner in der Gruppe B waren Inter Mailand, Trabzonspor und der OSC Lille. Als Gruppenzweiter hinter den Mailändern schaffte die Mannschaft den Sprung ins Achtelfinale und traf dort auf den spanischen Spitzenverein Real Madrid, dem ZSKA mit 1:1 und 1:4 unterlag. In der russischen Meisterschaft 2011/12 konnte ZSKA nur den dritten Platz erreichen. ZSKA hat sich zum 100-jährigen Vereinsjubiläum den sechsten Erfolg im russischen Pokal geschenkt, als am 22. Mai 2011 im Endspiel der Zweitligist Alania Wladikawkas mit 2:1 besiegt wurde.

In der Saison 2012/13 nahm ZSKA Moskau an der Qualifikation für die UEFA Europa League 2012/13 teil, wo sie allerdings gegen den schwedischen Vertreter AIK Solna nach 1:0 und 0:2 in der Play-off-Runde ausschieden. Am Ende der Saison stand ZSKA jedoch als Meister Russlands fest. Es war der elfte Meistertitel der Clubgeschichte. Auch der nationale Pokalwettbewerb konnte gewonnen werden.

ZSKA nahm an der UEFA Champions League 2013/14 teil. Der Verein schied nach der Gruppenphase gegen Bayern München, Manchester City und Viktoria Pilsen mit nur einem Sieg bei fünf Niederlagen als Tabellenletzter aus dem Wettbewerb aus. In der heimischen Premjer-Liga konnte dagegen der zweite Meistertitel hintereinander gefeiert werden, nachdem Zoran Tošić am letzten Spieltag den entscheidenden Treffer gegen Lokomotive Moskau zum zehnten Sieg im Ligabetrieb in Folge erzielt hatte.

In der Saison 2015/16 gelang ZSKA über Sparta Prag und Sporting Lissabon der Einzug in die Gruppenphase der Champions League. Mit PSV Eindhoven, Manchester United und VfL Wolfsburg vervollständigte ZSKA die Gruppe B des Wettbewerbs, schaffte aber als Tabellenletzter den Einzug ins Achtelfinale nicht. In der heimischen Premjer-Liga 2015/16 startete der Verein mit sechs hintereinander folgenden Siegen, wobei die ersten vier Partien ohne einen einzigen Gegentreffer kassiert zu haben gewonnen wurden. Am Ende der Saison wurde der Armeeclub mit zwei Punkten Vorsprung auf den Zweitplatzierten Rostow Meister. Dadurch nahm ZSKA an der Gruppenphase der Champions League 2016/17 teil. Gegner in der Gruppe E waren AS Monaco, Bayer 04 Leverkusen und Tottenham Hotspur. ZSKA konnte keine einzige Partie für sich entscheiden und schied folglich als Tabellenletzter aus. Nach dem letzten Gruppenspiel gegen Tottenham und nach einer Negativserie in der Liga hat der langjährige Cheftrainer Leonid Sluzki den Verein auf eigenen Wunsch verlassen. Zu seinem Nachfolger wurde der Weißrusse Wiktar Hantscharenka ernannt.

In der Premjer-Liga 2016/17 wurde ZSKA Zweiter und startete in der dritten Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League 2017/18, wobei zuerst AEK Athen und anschließend in den Play-offs BSC Young Boys bezwungen wurden. In der Gruppe A traf Moskau auf Benfica Lissabon, Manchester United sowie auf den FC Basel und wurde Tabellendritter. Dadurch spielte ZSKA in der UEFA Europa League 2017/18 weiter und kam bis ins Viertelfinale, wo sie am FC Arsenal scheiterten.

Am Ende der Saison Premjer-Liga 2017/18 qualifizierte sich der ZSKA Moskau als Vizemeister für die Champions League 2018/19. Der Verein schied nach der Gruppenphase gegen Real Madrid, AS Rom und Viktoria Pilsen als Tabellenletzter aus dem Wettbewerb aus.