Zweite Bundesliga (2003–2004)

Sein erstes Pflichtspiel bestritt Mintál am ersten Spieltag der Saison 2003/04 gegen den Karlsruher SC, der besiegt wurde. Am 4. Spieltag gelang ihm bei einem Unentschieden gegen Energie Cottbus sein erstes Tor. Mit seinen insgesamt 18 Treffern wurde er auf Anhieb Torschützenkönig und trug damit maßgeblich zum Aufstieg des 1. FC Nürnberg in die Erste Bundesliga bei. Mintál wurde von da an auch in der slowakischen Nationalmannschaft Stammspieler.

Rekordtorschützenkönig und erste Verletzung (2004–2005)

In der Saison 2004/05 kam Mintál in allen 34 Spielen zum Einsatz. Sein Bundesliga-Debüt erlebte er am 7. August 2004 mit einem Sieg beim 1. FC Kaiserslautern. Seine ersten Tore erzielte er am dritten Spieltag in Form eines Dreierpacks, dennoch gewann der Gegner Hamburger SV. Einen weiteren Dreierpack schoss Mintál am zwölften Spieltag beim Sieg über Wolfsburg. Am Ende wurde der Slowake mit 24 Treffern Torschützenkönig und hatte damit entscheidenden Anteil am Nichtabstieg des 1. FC Nürnberg. Er vollbrachte also das einzigartige Kunststück, in vier aufeinander folgenden Spielzeiten in drei verschiedenen Ligen (in der Slowakei, in der Zweiten und schließlich in der Ersten Bundesliga) erfolgreichster Torjäger zu sein. Es war außerdem erst das zweite Mal, dass ein Spieler zuerst in der Zweiten und im Folgejahr in der Ersten Bundesliga Torschützenkönig wurde (nach Rudi Völler 1982) und das erste Mal überhaupt, dass dies mit dem gleichen Verein gelang. Mintál ist außerdem sowohl in der Ersten als auch in der Zweiten Bundesliga der bislang einzige Torschützenkönig des 1. FC Nürnberg.

Wie wertvoll Mintál für den 1. FC Nürnberg war, zeigte die Vorrunde der Saison 2005/06, in der er ab dem dritten Spieltag wegen eines Mittelfußbruches pausieren musste, was das Offensivspiel des Clubs massiv beeinträchtigte, auch weil durch Mintáls Ausfall seine kongeniale Zusammenarbeit mit Stürmer Róbert Vittek fehlte. Rechtzeitig zur Vorbereitung auf die Rückrunde kurierte Mintál seine Verletzung allerdings aus und galt damit als wichtiger Hoffnungsträger im Kampf um den Klassenerhalt.

Die zweite Verletzung (2006)

Das Comeback war jedoch nur von kurzer Dauer, da Mintál zum Auftakt der Rückrunde der Saison 2005/06 im Spiel gegen den Hamburger SV schon nach wenigen Minuten den Platz verlassen musste. Mintál hatte einen weiteren Mittelfußbruch erlitten und fiel für den Rest der Saison erneut aus. In der ganzen Spielzeit war er nur auf vier Einsätze und ein Tor gekommen. Am 4. Juli 2006 wurde sein bis Sommer 2008 datierter Vertrag bis zum Ende der Saison 2009/10 verlängert. Sportdirektor Martin Bader meinte dazu: „Marek ist ein wichtiges Element in unserer Zukunft.“

Zu seiner Rückkehr auf das Spielfeld kam er in der Saisonvorbereitung am 1. August 2006 bei einem Testspiel gegen die SpVgg Unterhaching, als er in der sechzigsten Minute eingewechselt wurde, und am 5. August bei einem Freundschaftsspiel des 1. FCN gegen die PSV Eindhoven. In der zweiten Hälfte der zweiten Halbzeit wurde Marek Mintál eingewechselt und konnte ohne erneute Verletzung bis zum Ende des Spiels weiterspielen. Nürnberg siegte mit 3:0.

Am 18. August 2006, dem 2. Spieltag der Bundesligasaison 2006/07 und dem ersten Heimspiel des 1. FC Nürnberg gegen Borussia Mönchengladbach kam er zu einem 28-minütigen Einsatz. Das von den Fans lautstark begrüßte „Phantom“ half dem Club (der 1:0 gewann) zum besten Saisonstart (zwei Siege) seit 1968. Nach 385 Tagen traf er am 2. September beim Spiel der Slowakei gegen Zypern (6:1) auch wieder ins Tor, neben zwei eigenen Treffern fielen nach seinem Zuspiel auch noch drei weitere Tore.

Erneuter Ausfall (2006–2007)

Nach einem Länderspieleinsatz gegen Malta klagte Mintál erneut über Schmerzen im rechten Fuß. Untersuchungen im November 2006 ergaben, dass Mintáls Metallschiene zur Stabilisierung des Fußes nicht korrekt saß und der Bruch deshalb nicht richtig verheilt war. Die Schiene musste entfernt werden und zum dritten Mal in Folge musste der Slowake zum Ausheilen des Mittelfußbruchs eine lange Zwangspause einlegen. Ab dem 13. Spieltag fiel er aus und kehrte am 17. April 2007, fünf Spieltage vor Saisonende, zurück. Er saß im DFB-Pokal-Halbfinal-Heimspiel gegen Eintracht Frankfurt auf der Bank und wurde in den letzten Minuten eingewechselt. Von da an ging es sehr schnell. Am 5. Mai kehrte er in die Bundesliga zurück, stand in den letzten beiden Saisonspielen 90 Minuten auf dem Platz und erzielte dabei am 19. Mai nach 21 Monaten wieder ein Bundesligator.

DFB-Pokal und internationale Einsätze (2007–2008)

Im Finale um den DFB-Pokal gegen den VfB Stuttgart (Endstand: 3:2) am 26. Mai 2007 wurde er zur tragischen Figur, nachdem er kurz nach dem von ihm erzielten 1:1-Ausgleichstor aufgrund eines schweren Fouls von Fernando Meira verletzt ausgewechselt werden musste. Nach einer Untersuchung war er zur Siegerehrung wieder anwesend. Die Diagnosen ergaben einen Innenbandriss und eine Meniskusquetschung. Die Verletzungen heilten jedoch schneller als erwartet. Mintál war bereits beim Trainingsbeginn zur Saison 2007/08 am 26. Juni wieder dabei.

Eine Umfrage unter den Fans, wen sie für den internen Torschützenkönig der neuen Saison halten, gewann Mintál. Mit fünf Toren, die er alle in Heimspielen erzielt hatte, war er am Ende drittbester Schütze; sein wohl spektakulärstes Auftreten hatte er aber im UEFA-Pokal, als er das Heimspiel gegen AZ Alkmaar mit einem Doppelschlag in den letzten Minuten drehte und damit die Grundlage für das spätere Überstehen der Gruppenphase legte, was Nürnberg schließlich mit einem 3:1-Sieg gegen AE Larisa gelang, woran Mintál mit seinem dritten UEFA-Pokal-Tor ebenfalls Anteil hatte. Am 2. Februar 2008 spielte er sein hundertstes Ligaspiel für Nürnberg, das eine 0:2-Auswärtsniederlage gegen den Karlsruher SC wurde und am Ende der Saison stieg Nürnberg wieder in die Zweite Bundesliga ab.

Wieder zweite Liga (2008–2009)

Trotz des nicht gelungenen Klassenerhalts unterschrieb Mintál einen neuen Vertrag bis 2011, der sich bei einer bestimmten Anzahl von Einsätzen noch weiter verlängern sollte. Damals hatten bereits sowohl Mintál als auch der Verein den Wunsch geäußert, den Spieler auch nach seiner aktiven Karriere weiter zu beschäftigen, etwa als Scout oder im Jugendbereich. Am 14. September 2008 schoss er gegen den SV Wehen Wiesbaden in seinem 117. Spiel sein fünfzigstes Ligator für Nürnberg. Am 2. November bekam er beim Spiel gegen den FC Sankt Pauli den ersten Platzverweis (rot) seit seiner Zeit in Nürnberg. Hierfür wurde er vom DFB-Sportgericht „wegen einer Tätlichkeit gegen den Gegner nach einer zuvor an ihm begangenen sportwidrigen Handlung“ für drei Spiele gesperrt. Nach Ende der Sperre saß Mintál noch ein Spiel auf der Bank, da Trainer Michael Oenning inzwischen notgedrungen auf junge Spieler setzen musste und damit die besten Leistungen der Saison erreicht hatte. Am 8. Dezember rückte Mintál verletzungsbedingt wieder in die Startelf und konnte doppelt treffen. Am 9. März saß er im Spiel beim MSV Duisburg wegen schwächerer Form zunächst nur auf der Bank, wurde aber in der 87. Minute eingewechselt, was sein 150. Pflichtspiel für Nürnberg bedeutete. Beim nächsten Heimspiel gegen Rot Weiss Ahlen spielte er wieder über die volle Zeit und konnte drei Tore erzielen. Es war sein dritter Dreierpack für Nürnberg, ein lupenreiner Hattrick ist ihm allerdings nie gelungen. Das Spiel war für Mintál der Beginn eines Laufs, da er in den folgenden vier Spielen vier weitere Tore schoss, womit er in der Torschützenwertung der Saison 2008/09 bis auf einen geteilten dritten Platz vorrückte. Einen Rückschlag erlebte er am 29. Spieltag, als er im Spiel gegen den FSV Frankfurt erneut eine Rote Karte bekam. Laut Schiedsrichter-Assistent soll Mintál, der in der 93. Minute auf einen Eckball bestand, den Vogel gezeigt haben und wurde schließlich „wegen Beleidigung des Schiedsrichter-Assistenten in einem leichteren Fall“ für zwei Spiele gesperrt. Der Slowake erklärte später, er wollte lediglich andeuten, dass ein Gegenspieler den Ball mit dem Kopf berührt hatte. Nach dieser Sperre rückte Mintál am 32. Spieltag gegen den VfL Osnabrück wieder in die Startelf und machte einen Doppelpack. Damit rückte er auf Platz eins der Torschützenliste vor. Mit seinem 16. Treffer am letzten Spieltag gegen den TSV 1860 München verteidigte Mintál diese Position und wurde abermals Torschützenkönig der zweiten Liga.

Am Saisonende erklärte Mintál mit 31 Jahren seinen Rücktritt aus der slowakischen Nationalmannschaft. Schließlich traf er noch in der 37. Minute im Relegationsrückspiel gegen Energie Cottbus zum 2:0 und machte damit den Wiederaufstieg des 1. FC Nürnberg perfekt. Nach der Saison erklärte ihn das Kicker Sportmagazin zum besten offensiven Mittelfeldspieler der Rückrunde.

Nach dem zweiten Aufstieg (2009–2011)

Am 1. August 2009 traf Mintál in der ersten Runde des DFB-Pokals 2009/10 bei einem 3:0-Sieg über Dynamo Dresden. Im ersten Bundesligaspiel der Saison 2009/10 traf er zum 1:2-Endstand gegen den FC Schalke 04, was sein einziges Tor in seinen zwölf Einsätzen der Hinrunde blieb. Zudem hatte er starke Konkurrenz durch İlkay Gündoğan bekommen. Nach der Winterpause stellte der neue Trainer Dieter Hecking auf eine Doppelsechs um, wodurch Mintál seinen Stammplatz zunächst verlor und am 18. Spieltag nur zu einer kurzen Einwechselung kam. Am 20. Spieltag stand er wieder in der Startelf und konnte überzeugen, wodurch er auch in den nächsten zwei Spielen von Anfang an auf dem Platz stand. Im Rest der Saison kam er nur noch zu fünf Einwechselungen und durfte erst am letzten Spieltag wieder einmal durchspielen. Somit kam er auf 1346 Minuten in 22. Einsätzen. In den beiden erfolgreichen Relegationsspielen wurde er jeweils eingewechselt.

Wegen der wenigen Einsätze wurde nach der Saison auch über einen Abgang spekuliert. Mintál erklärte jedoch in einem Zeitungsinterview, in Nürnberg bleiben zu wollen. Ende Mai wurde er in der Slowakei zum Fußballspieler des Jahrzehnts gewählt. Nach einem Zeitungsbericht vom Juli 2010 galt ein Abgang nicht mehr als ausgeschlossen. Von den Clubfans wurde er in der Saisonpause in einer Internetabstimmung mit 46 % der Stimmen zur Mittelfeldlegende des Jahrhunderts gewählt. Damit gehört er auch zur Jahrhundert(+10)elf.

In der Hinrunde der Saison 2010/11 blieb Mintál Ersatzspieler: Er wurde nur sechsmal eingewechselt und kam dabei auf lediglich 47 Minuten Spielzeit. In der Winterpause wurde sein Vertrag nicht verlängert; stattdessen wurde ihm ein Anschlussvertrag angeboten. Mintál erklärte jedoch, seine aktive Karriere noch nicht beenden zu wollen und kündigte daher seinen Abschied an. Es schien ein Wechsel zum amerikanischen Verein Philadelphia Union bevorzustehen, Mintál sagte diesen jedoch ab, nachdem er den Verein vor Ort besucht hatte. So blieb er für die Rückrunde doch in Nürnberg und wurde im Pokal-Viertelfinale gegen den FC Schalke 04 erstmals im neuen Jahr wieder eingesetzt. In der Rückrunde wurde Mintál immerhin wieder elfmal eingewechselt und konnte seine Gesamtspielzeit auf 184 Minuten erhöhen. Er blieb dabei ohne Torerfolg, kam aber auf zwei Vorlagen. Am 5. Mai 2011 bekundete Mintál ein Interesse an einer Rückkehr zu MŠK Žilina. Am 7. Mai fand das letzte Heimspiel der Saison statt. Mintál wurde dabei in der 63. Minute eingewechselt und verabschiedete sich nach Abpfiff emotional von den Fans. Er sagte dabei „Ich möchte mich für die vergangenen acht Jahre bei den Fans bedanken. Ihr seid die besten Fans der Welt. Ihr habt mir immer Kraft gegeben, egal ob es gut oder schlecht lief, ihr habt immer hinter mir gestanden. Das werde ich nie vergessen. Ich liebe euch!“ Am 14. Mai kam Mintál beim letzten Saisonspiel in Hannover zu seinem letzten Einsatz für Nürnberg, als er in der 56. Minute eingewechselt wurde.

Abschiedsspiel mit der Profimannschaft (2012)

Am 21. Juli 2012 ehrte der 1. FC Nürnberg Mintál zum Abschied aus dem Profifußball mit einem Abschiedsspiel. Er war nach Andreas Köpke der zweite Ex-Profi in der Vereinsgeschichte, der ein solches Spiel bekam. Gegner war der deutsche Meister und Pokalsieger von 2012 Borussia Dortmund. Vor Anpfiff wurden mehrere Interviews mit Mintál gezeigt, während des Spiels immer wieder besondere Tore aus der Karriere. Nürnberg gewann mit 4:2, wobei Mintál per Elfmeter sein 131. Tor in der ersten Mannschaft (inklusive Freundschaftsspiele) erzielte. Bei Dortmund fehlten jedoch einige bekannte Spieler, etwa die deutschen Nationalspieler. Das Spiel wurde live im Bayerischen Fernsehen übertragen, das 0:1 von Sebastian Kehl zum Tor des Monats gewählt. Mintál hatte zu dem Abschlussspiel zudem zahlreiche Weggefährten eingeladen, wobei jedoch nicht alle erscheinen konnten. Anwesend waren etwa Michael A. Roth, Hans Meyer, Michael Oenning, Martin Driller, Tomáš Galásek und Dominic Maroh. Auch der Dortmunder Julian Schieber hatte in der Saison 2010/11 bereits mit Mintál in Nürnberg gespielt. Trotz des Abschiedsspiels wurde nicht ganz ausgeschlossen, dass Mintál noch einmal in der ersten Mannschaft aushelfen könnte, was letztlich aber doch nie geschah.

1. FC Nürnberg II (2012–2013)

Am 25. Juli kam Mintál zu seinem ersten Einsatz in der viertklassigen Fußball-Regionalliga Bayern 2012/13. Nürnberg spielte dabei 2:2 gegen den FC Memmingen. Es war der zweite Spieltag, da der Slowake aufgrund seines Abschiedsspiels am ersten Spieltag freigestellt war. Am dritten Spieltag erzielte Mintál zwei Tore und half seinem Verein so zu einem 4:2-Sieg gegen den FC Ingolstadt 04 II im eigenen Stadion vor 349 Zuschauern. Im weiteren Saisonverlauf spielte Mintál fast durchgehend. Am 25. Spieltag kam es nach einer 0:2-Niederlage gegen den TSV Buchbach zu einer Schiedsrichterbeleidigung, wofür der Slowake mit der Roten Karte bestraft wurde. Am 37. Spieltag erzielte Mintál einen Doppelpack, womit er einen 0:2-Rückstand gegen den SV Heimstetten in den letzten Minuten noch zum Unentschieden drehte.

Am 25. Mai, dem letzten Spieltag der Regionalliga, hatte Mintál sein letztes Fußballspiel als Aktiver. Gegner war der TSV 1860 München II, der Meister der Liga. In der 80. Minute wurde der Slowake vor 1395 Zuschauern ausgewechselt und selbst von den Gästefans mit Sprechchören verabschiedet. Insgesamt war er in der Saison auf elf Tore in dreißig Einsätzen gekommen.